一、Mi-1.2基因同源序列多态性与烟草抗根结线虫的关系（论文文献综述）
程瑞[1]（2020）在《水稻品种MC174抗线虫基因的定位及抗感品种响应拟禾本科根结线虫的转录组分析》文中研究指明水稻（Oryza sativa L.）在亚洲范围内广泛种植,与人们的生产和生活息息相关。拟禾本科根结线虫（Meloidogyne graminicola）是通过侵入寄主地下部从而造成作物减产的一类土传病害。目前,该病害在中国南方大部分地区均有报道且有逐年扩大的趋势,发掘抗病品种并解释其抗性作为一种防治措施受到越来越多的人关注。近年来,人们筛出一些高抗拟禾本科根结线虫的种质资源并预测了一系列与抗病相关的QTL位点,但如何将抗性品种进行优良品种的培育及主效抗病基因的定位及克隆尚未被报道。本研究从208份水稻种质资源中筛选到4份高抗根结线虫的水稻品种,利用图位克隆的方法通过构建F2（174/Nip）,F2（174/越光）群体来定位抗性品种MC174中的抗病基因。进一步利用RNA-seq技术检测了感病品种Nip和抗病品种MC174接种水稻根结线虫1 d时基因在转录水平上的变化,为抗病水稻中的R基因的克隆及相关互作机制的研究奠定基础,本研究得到以下几点成果:1.通过198份核心种质资源以及10份常规的亚洲栽培种筛选出4个高抗水稻根结线虫的水稻品种（与实验室同学合成完成）,使用筛选出的抗性品种MC174和已知感病品种Nip,越光分别构建F2代定位群体。对定位材料进行遗传分析,发现MC174高抗Mg是由一个主效R基因所调节。使用1448个F2（174/Nip）和1917个F2:3（174/Nip）的单株进行抗病基因的定位,将候选区间定位到分子标记CR20和标记188-3之间,物理距离为140 kb。2.MC174的定位区间与ZH11上的等位基因相近,结合等位测验实验表明MC174和ZH11的抗病基因为等位基因或紧密连锁。对本实验室前期克隆到的抗水稻根结线虫的主效基因C61进行分析,使用多个抗性品种扩增C61基因及其启动子区域,共测序7714 bp,结果发现MC162,MC174上存在C61基因且没有碱基的差异。3.通过对12个水稻品种进行标记测验,得到2对与R基因相关联的分子标记,为后期大规模筛选抗性品种及抗病水稻的育种工作提供有效手段。4.对抗感品种接种水稻根结线虫早期转录组数据分析,发现MC174接种前后共有1329个DEGs,Nip中共有562个DEGs,两者大部分为上调表达。通过GO和KEGG富集分析以及聚类热图分析发现,苯丙氨酸代谢、植物-病原物相互作MAPK信号通路等在抗感品种中被激活,谷胱甘肽代谢、酪氨酸代谢、苯丙烷代谢、黄酮类生物合成以及β-丙氨酸代谢等通路在抗性品种中被富集。另外WRKY,NAC等转录因子以及WAKs,CRKs类受体蛋白激酶等抗病信号通路在抗性品种相对感病品种诱导更显着,表明在线虫侵染早期抗性品种能快速响应病原物的侵入。综上所述,本研究前期筛选出4个抗病种质资源,利用图位克隆的手段对其中一个抗病品种MC174进行抗病基因的定位,最终将候选区间缩小至140 kb处,测序分析发现ZH11、KPM、LD24、MC174和MC162可能由同一基因调控其抗性,利用RNA-seq分析了水稻根结线虫侵染早期抗感品种基因表达量的差异变化情况,探究了线虫侵入早期抗感品种的响应机制,为后续植物与根结线虫互作研究提供了理论基础。
陈莉菁[2]（2020）在《番茄5个抗病基因的检测、聚合及通用引物多重PCR体系的构建》文中研究说明番茄是我国非常受欢迎的园艺作物,也是经济效益最高的蔬菜之一。由于设施栽培的特殊环境及连作障碍的影响,番茄病害的发生变得更加频繁,严重影响番茄品质和产量。常规采用的药剂防治病虫害效果并不理想,可能会使病虫害产生抗药性,而且对生态环境造成严重污染。因此,选育抗多种病害的番茄品种是解决该问题的极有效的方法。本研究采用功能标记辅助选择技术和多基因聚合技术,利用Tm-2a、Cf-9、I-2、Ph-3和Mi-1等5个抗病基因的功能标记对237份番茄材料进行检测,筛选出含有多个抗病基因的番茄材料,并通过人工杂交初步聚合这5个抗病基因。同时,构建通用引物多重PCR体系提高番茄抗病基因的检测效率和节省检测成本,加速抗病育种进程,并对获得的F1代材料进行抗病基因的检测。本研究主要结果如下:（1）利用叶霉病抗病基因Cf-9开发功能标记,并使用已知相应抗感表型的番茄材料进行验证,确定其为可用的功能标记。（2）利用Tm-2a、Cf-9、I-2、Ph-3和Mi-1等5个抗病基因的功能标记对237份番茄材料进行检测,发现所有材料均含有抗病基因,其中只含1个抗病基因的材料有107份;同时含2个抗病基因的材料有70份;含3个抗病基因的材料有23份;含4个抗病基因的材料有7份,分别为11CT387-2M、11CHT164-2、11CT150、11CT271、11CT730、11CT764、11CT774。（3）选取含4个抗病基因的番茄材料,对单果重、果形指数、外表皮厚度、果肉厚和裂果性等重要的果实外观品质进行测定。结合功能标记和外观品质情况,确定小果类型的11CT387-2M×11CT150和大果类型的11CT271×11CT774作为聚合5个抗病基因的组合进行人工杂交。（4）设计了6条通用引物UP1～UP6,并与I-2功能标记的正反引物5’端嵌合形成UP1-I-2～UP6-I-2 6种嵌合引物进行检测。结果表明UP6的特异性、敏感性检测结果均较好,故利用UP6构建了Tm-2a、Cf-9、I-2和Mi-1等4个抗病基因的通用引物多重PCR反应体系。（5）利用番茄抗晚疫病功能标记Ph-3和其余4个抗病基因的通用引物多重PCR体系对2个亲本杂交组合中选择的5个F1代单株进行抗病基因检测,发现其中4个F1单株已初步聚合了这5个抗病基因,可用于后续育种研究。
陈左瑞[3]（2020）在《番茄分离材料抗病分子标记鉴定和多靶点基因编辑育种》文中研究说明将分子生物学成果运用到传统育种中,可提高育种效率,缩短育种年限,加快种质资源创新,实现有目的性的设计育种。分子标记辅助育种及基因编辑育种是分子育种的主要两个方面。本研究首先利用分子标记辅助鉴定和选择番茄育种材料,涉及的分子标记包含多个抗病基因,涉及的育种材料包括各杂交组合的分离世代的单株群体。基因编辑采用的是CRISPR/Cas9技术,开发并改进为多靶点基因编辑;并按照育种目标对部分樱桃番茄育种材料进行了特定基因的基因编辑,以期快速改良品种少数关键性状,获得理想新品种。1. 分子标记辅助育种:利用番茄课题组近年来开发的抗病分子标记对课题组不同世代的分离群体的558单株个体进行分子鉴定,选用的抗性基因标记有Ty1、Ty2、Sw、Mi-1、Mi-3、Bwr12、I-2、cf-9等,果重基因标记Fw11.3。标记检测鉴定结果显示,这批分离材料中Ty-1、Mi-3、Tm-2a、I-2、Cf-9等抗病基因较为常见。同时含黄化曲叶病抗性基因Ty-1、Ty-2的材料为80个,只含单一抗Ty基因品种在田间抗病表现逐年变差,这也驱使育种者聚合多个抗Ty基因。本研究分离材料群体中,含4个及以上纯合抗病基因材料125株单株材料。番茄果重Fw11.3基因对果实大小有调控作用,我们这一标记用于判断我们通过田间筛选保留的樱桃番茄抗病材料是否在后续栽种过程中会出现大果分离株,这也对判别材料纯合与否,指导用来配对杂交组合还是继续自交分离筛选。2. 通过分子标记检测,结合田间植株表型鉴定,包括株型、果型、果实品质等,进一步筛选出了多份有特色的单株可以用于后期进一步筛选或配制杂交组合。3. 樱桃番茄的基因编辑育种;根据理想樱桃番茄株型,要求其具有抗黄化曲叶病毒病、多歧分枝结果多、粉红果等等特性,因此本研究选择三个关键基因——抗番茄黄化曲叶病毒基因ty5、果实粉红yellow和花序无果梗节j2,进行了多靶点基因编辑育种。利用实验室使用p TX编辑载体（可编辑一到两个位点）,对隐性抗病基因——抗番茄黄化曲叶病毒基因ty5进行编辑,构建载体转入感病品种AC中,已获得成功编辑的T0代植株11株.T1代植株室内接种,纯合编辑植株未出现明显病症,生长正常,其余植株严重感染番茄黄化曲叶病病毒病。果实粉红为缺失突变形成的,我们对粉果番茄基因yellow进行编辑,构建载体转入红果樱桃番茄广东红樱中,得到编辑成功的粉果番茄植株8株。对果梗节调控相关基因J2进行编辑,获得无果梗节且多花序的番茄植株。利用改进后的p TX载体（可编辑多个靶点）对番茄开花基因SFT和SSP、抗病ty5、无果梗节j2同时进行编辑,得到多个基因同时被编辑植株6株。针对j2基因编辑过程中,出现了新的表型——花序分支特多,进行了分析。最后,开发了相应的j2、ej2、sb3等分子标记,以筛选合适基因编辑的育种材料。
王星[4]（2019）在《黄瓜-酸黄瓜渐渗系抗南方根结线虫病相关基因及分子调控机理研究》文中指出黄瓜（Cucumis sativus L.）是重要的世界性蔬菜作物,由于其富含较高的营养价值,备受世界各地人们的喜爱。然而,由于其遗传基础狭窄,抗性资源缺乏,极易感染细菌,真菌,病毒及线虫等多种病害,严重制约了黄瓜生产的经济效益。其中根结线虫病是最为顽固的病虫害之一,南方根结线虫（Meloidogyneincognita）作为优势小种,给我国黄瓜生产带来了极大的挑战。目前,还没有具有南方根结线虫抗性的黄瓜栽培品种被报道,而且目前生产上的防控措施都有其严重的局限性。利用野生抗性资源成为了黄瓜抗病育种的关键途径。具有南方根结线虫抗性的黄瓜-酸黄瓜渐渗系IL10-1的成功选育为黄瓜抗病育种提供了重要的材料基础。因此明确其抗病的分子调控机理及关键基因成为抗病育种的首要任务。本研究将通过比较分析抗、感材料（IL10-1、CC3）接种南方根结线虫后的组织结构特征及基因和蛋白质水平的变化,揭示抗病材料IL10-1抗性的组织结构特征、分子调控网络以及核心调控因子。主要研究结果如下:1.IL10-1抗南方根结线虫病的组织结构特征为了明确黄瓜抗南方根结线虫材料IL10-1的组织抗病特征,比较分析了抗、感材料接种南方根结线虫后的表型差异。试验结果发现,在接种南方根结线虫3d后,抗、感材料根系上的根结数目发生显着差异（P<0.05）,IL10-1根系上的根结数目显着少于感病对照。而且随着接种时间的推移,根结数目的差异极为显着（P<0.01）。寄主体内南方根结线虫发育状态分析发现,抗、感材料都不会阻碍南方根结线虫侵入,然而IL10-1中的线虫发育明显迟缓于感病对照CC3。在接种后的第15 d,IL10-1根系没有成雌虫的分化,而感病对照CC3根系内出现一定数量的成雌虫。表明IL10-1抑制了南方根结线虫在其根系内的发育。取食位点生理切片观察发现IL10-1根系内的巨细胞细胞质稀疏,无明显多核,在接种的后期巨细胞发生崩解,而感病对照材料CC3根系内的巨细胞发育正常。综上所述,IL10-1通过抑制巨细胞的发育阻碍了南方根结线虫的发育,从而表现出对南方根结线虫的抗性。2.IL10-1应答巨细胞发育的相关基因鉴定巨细胞的非正常发育导致了 IL10-1对南方根结线虫的抗性,为了鉴定巨细胞非正常发育的相关基因,利用同源克隆方法对抗病材料IL10-1中的抗病相关同源基因进行了比较分析。前人研究发现拟南芥AtMAP65-3在巨细胞发育过程中发挥着积极的作用。全基因组鉴定发现黄瓜中有6个MAP65家族基因。进化及共线性分析发现CsMAP65-3a和拟南芥AtMAP65-3高度同源,表明两者之间可能存在相同或相似的功能。qRT-PCR 比较分析显示,黄瓜CsMAP65-3a基因在抗、感材料接种南方根结线虫后发生差异表达,在抗病材料IL10-1中被抑制表达,而在感病材料CC3中被诱导高表达。原位杂交实验结果发现CsMAP65-3a在感病对照正常发育的巨细胞细胞核及细胞膜中被特异诱导高表达,进一步证实其参与了巨细胞的正常发育。顺式作用元件分析显示CsMAP65-3a的表达可能通过激素（Auxin,SA,ETH）途径调节。综上所述,IL10-1可能通过激素水平的调节抑制了巨细胞发育过程中CsMAP65-3a的表达,从而引起巨细胞的非正常发育。3.转录组学和蛋白质组学联合分析IL10-1抗性的分子调控网络及核心调控因子IL10-1应答南方根结线虫的侵害是一个复杂的过程,涉及多基因多蛋白质的联合调控。本实验利用高通量转录组学和蛋白质组学测序技术分析鉴定了抗、感材料接种南方根结线虫前后的差异表达基因（DEGs）及差异表达蛋白质（DEPs）。功能富集分析发现阳离子转运（cation transport）、物质运输（transport）及细胞运输活性（transporter activity）相关的差异表达基因在IL10-1中被抑制表达,差异表达蛋白的富集分析同样在IL10-1中特异富集到阳离子结合（cationbinding）等GO条目。激素水平的差异表达基因鉴定发现大量生长素（Auxin）合成相关基因在IL10-1接种后被抑制表达,IAA定量分析证实接种南方根结线虫后IL10-1根系内IAA含量降低。差异蛋白的KEGG通路富集分析发现黄酮类化合物代谢途径在IL10-1中被特异富集。有研究表明,黄酮类化合物参与了生长素水平的调控。共表达网络的构建发现脂质转移蛋白（LTP）在IL10-1应答南方根结线虫的侵害过程中处于核心调控位置,差异表达蛋白互作网络分析表明核糖体蛋白（RP）同样处于核心调控位置。综上所述,我们推测IL10-1通过核糖体蛋白调控脂质转移蛋白及其它相关蛋白的合成,进而影响生长素的表达水平,通过激素信号调节了抗性相关基因的表达,从而抑制了巨细胞的发育。
李晓辉[5]（2019）在《烟草抗南方根结线虫病的生理生化反应与分子机制研究》文中指出烟草根结线虫病是危害烟叶生产重要的土传病害,在世界各国普遍发生,其中南方根结线虫对烟草的危害更为严重,每年都会造成巨大的经济损失。在生产中,选育抗病品种是防治根结线虫最经济、有效的方法。因此,鉴定烟草抗病品种,探究烟草对根结线虫的抗性机制具有重要的理论意义和应用价值。本试验在鉴定烟草对南方根结线虫抗性水平基础上,研究了不同抗性烟草（抗病烟草G28和感病烟草长脖黄）在南方根结线虫侵染后的生理生化指标的变化、病理组织观察巨型细胞的形态变化、Small RNA测序鉴定诱导产生的miRNAs、代谢组分析差异代谢途径,以揭示烟草抗南方根结线虫的抗性机制,为根结线虫的防治提供科学依据。本研究的主要结果如下:1.南方根结线虫侵染G28和长脖黄后表现出了明显不同的抗性反应。接种南方根结线虫后,G28的发病率和病情指数均为0;而长脖黄发病率为100%,病情指数为81.75。南方根结线虫侵染长脖黄,在寄主根部产生了大量的根结,须根生长量明显减少,严重影响了根系对水分和营养的吸收,造成烟叶产量降低、品质下降。而G28在南方根结线虫侵染下,没有根结产生,须根生长旺盛。因此,鉴定长脖黄为感病品种,G28为抗病品种。病理组织学观察显示,南方根结线虫侵染抗、感病烟草后造成根部组织细胞的超微结构发生显着的变化。南方根结线虫侵染感病烟草长脖黄后在根部建立取食位点,形成许多多核的巨型细胞,并且细胞质染色较深,细胞代谢旺盛。而在抗病烟草G28中则可以看到空泡和过敏性坏死细胞的产生。2.活性氧代谢和苯丙烷类代谢在烟草对南方根结线虫的抗性反应中扮演着重要角色。在南方根结线虫侵染下,G28中SOD、POD、CAT的活性显着高于长脖黄,并且MDA的含量显着低于长脖黄。表明G28在南方根结线虫胁迫下SOD、POD、CAT活性的提高能够快速清除活性氧的累积,以降低细胞膜脂的过氧化程度。苯丙烷类代谢相关酶PPO、PAL、TAL在线虫侵染后显着升高,并且抗病烟草G28的含量显着高于感病长脖黄。进一步说明,苯丙烷类代谢能够加速植物体内酚类物质、木质素和植保素等抗病次生物质的合成,以增强寄主植物的抗病能力,防止线虫的入侵。3.以烟草品种G28和长脖黄为材料,利用RNA-seq技术进行small RNA测序分析,鉴定根结线虫抗性相关的miRNAs。我们构建了 G28-CK、G28-RKN、Long-CK、Long-RKN 4个小 RNA 文库,分别产生了 30 682 255、24 066 860、26 047 385 和 21 909 545 条 sRNA 序列。这些sRNA序列长度分布在17-35个核苷酸范围内,主要集中在24个核苷酸的最多。将得到的clean reads定位到参考基因组,最终鉴定164个已知保守miRNAs分属于53个miRNA 家族和 1011 个新 miRNAs。4.通过GO功能注释和KEGG富集分析发现,miRNA的靶基因主要参与植物的生长发育、转录因子、植物激素信号转导、植物与病原互作。对筛选得到的9个显着差异表达的已知miRNAs进行qRT-PCR验证,以验证small RNA测序的准确性。在抗病烟草G28中筛选5 个显着差异表达的 miRNAs（miR398、miR399a、miR397、miR408、miR477a 和 miR827）,可以作为烟草抗根结线虫研究的目标,并且在烟草防御南方根结线虫侵染过程中发挥着重要作用。5.以感病烟草长脖黄和抗病烟草G28为材料,采用LC-MS分析技术,探讨受南方根结线虫侵染后寄主在代谢组水平上的变化。通过PCA、OPLS-DA多元统计分析方法进行分类判别和潜在生物标志物的筛选。接种根结线虫后,分别在G28中鉴定了 77个差异代谢物,在长脖黄中鉴定了 87个差异代谢物。结果表明,烟草在与南方根结线虫互作过程中烟草应答反应强烈,代谢产物发生了明显的变化。6.鉴定出的生物标志物包括萜类、类黄酮、生物碱、芳香族氨基酸、磷脂类等植物抗逆境胁迫相关物质。研究结果表明寄主植物在根结线虫侵染后激活初级代谢和次级代谢物质,促进抗病物质的合成以抵抗根结线虫的入侵。差异代谢物的代谢通路富集分析显示,抗病烟草G28在南方根接线虫侵染下,引起氨基酸、激素、苯丙烷、莽草酸、氧化磷酸化和TCA循环等代谢途径产生了显着影响,在寄主与根结线虫互作过程中发挥着重要作用。
丁玉梅[6]（2019）在《黑籽南瓜对枯萎病菌侵染的应答机制及NBS类抗病基因筛选》文中进行了进一步梳理黑籽南瓜（Cucurbita ficifolia Bouche）是南瓜属一年或多年生瓜类作物,对瓜类枯萎病有较强抗性,已作为嫁接砧木有效控制了瓜类枯萎病的发生和危害。中国是全球瓜类生产大国,枯萎病是影响瓜类产量和品质的重要病害之一,为镰孢属尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum）寄生引起的一种真菌土传病害,在世界范围内的瓜类种植区普遍发生,一般使瓜类减产20%60%,而培育抗病品种是防控该病最经济、最有效和环境友好的途径。有关瓜类对枯萎病菌侵染的免疫应答机制及瓜类-枯萎病菌互作的分子机制至今未完全阐明。利用高通量的测序技术,从转录组学和蛋白组学水平上研究黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的分子机制。一方面,可以较系统分析抗性基因和抗性蛋白的差异表达特性,有助于从整体水平上揭示黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的代谢通路、信号传导和分子调控网络,深入解析黑籽南瓜-枯萎病菌互作的分子机制,为阐明瓜类寄主响应枯萎病菌胁迫的抗性机制提供分子生物学基础信息。另一方面,可获得差异基因和差异蛋白表达谱的全景图,有利于筛选和鉴定起关键作用的抗病基因,为瓜类抗枯萎病基因工程育种提供可利用的基因资源。基于此,本研究从黑籽南瓜基因组中克隆NBS类抗病基因同源序列（RGAs）,并分析不同抗性品种中NBS同源片段的表达差异,结合枯萎病症状的表现确定抗性基因表达丰度较高的取样时间。在此基础上,选取抗病材料,利用高通量RNA-Seq技术和iTRAQ技术,通过多点时序比较,构建黑籽南瓜应答枯萎病菌胁迫的差异基因和差异蛋白表达谱,分析黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的代谢通路和分子调控网络;锁定和鉴别黑籽南瓜NBS类关键抗病基因,构建NBS类基因的VIGS沉默载体进行基因功能的初步验证。获得的主要研究结果如下:1.设计NBS类抗病基因保守结构域的简并引物,从黑籽南瓜基因组中分离了8条RGAs,其中HQRGA2（GenBank ID:MG946756）包含NBS类抗病基因的4个保守模块:P-loop、Kinase-2、Kinase-3a和GLPL区,且具有NB-ARC（nucleotide-binding adaptor shared by APAF-1,R proteins and CED-4）结构,为CC-NBS-LRR类抗病基因序列。HQRGA2与部分抗病基因序列的核苷酸相似性达到87%99%,与中国南瓜抗病蛋白基因SQRGA-13的氨基酸同源性较高,达到96.6%,与其余抗病基因同源性在16.6%43.8%之间。Q-PCR分析显示3个黑籽南瓜品种中HQRGA2的表达均受枯萎病菌胁迫（Fusarium oxysporum f.sp.cucumerinum）的诱导,其中感病白皮品种呈多个升-降的表达趋势,中抗花皮品种呈多个降-升的趋势,抗病绿皮品种HQRGA2的表达水平增加迅速且持续能力强,呈增加-降低的表达特点。结合接种后枯萎病出现和发展特征,确定转录组和蛋白组测序取样时间为接种枯萎病菌后48h（无肉眼可见症状的潜伏期）和96h（病症扩展期）。2.以抗病绿皮品种为材料,采用伤根法加灌根法接种枯萎病菌,对接种后48h、96h和对照（伤根加无菌水灌根后48h）的黑籽南瓜叶片进行RNA-Seq高通量测序,用Trinity软件对Clean reads进行组装,组装获得的Unigene在NR、SWISSPROT、KOG、GO、KEGG数据库中比对得到注释结果,FPKM法计算Unigene表达量筛选差异表达基因并进行GO功能和Pathway富集分析,研究黑籽南瓜响应枯萎病病原菌侵染过程中同一时间点及不同时间点的差异基因表达变化,构建了黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的转录组表达谱。主要结果如下:（1）黑籽南瓜转录组测序经组装后共获得62,169条Unigene,N50为1,640bp,最长Unigene为15,877bp,最短Unigene为301bp,平均长度为1,160bp。将Unigene和NR、SWISSPROT、KOG、GO和KEGG数据库进行比对,共获得47,521条Unigene（76.44%）的生物信息学注释结果,其中11,676条Unigene（29.40%）能与甜瓜基因组比对上,11,674条Unigene（29.39%）能与黄瓜基因组比对上。另有14,648条Unigene（23.56%）未被注释到,推测该部分序列可能是新转录本,或者是黑籽南瓜区别于其他瓜类作物的特有基因。本研究构建的转录组数据库可为研究其他瓜类抗病机制的基因注释提供参考。（2）通过接种后不同时间点的基因表达量和差异表达基因分析,对差异基因进行功能注释和代谢通路富集,Q-PCR验证转录组测序结果较为可靠。结果显示:（1）受枯萎病菌侵染后,不同时间点被诱导的大多数Unigene的功能都是常见的,几乎涵盖了植物生长发育的各个方面。共有25,020条Unigene被富集到25个分子功能家族,其中4,437条Unigene被富集到仅一般功能预测（General function prediction only）,是富集基因数最多的一类,其次2,744条Unigene富集到翻译后修饰（Posttranslational modification）、蛋白质周转（Protein turnover）和分子伴侣（Chaperones）,2,368条Unigene富集到信号转导机制（Signal transduction mechanisms）,而富集到次生代谢物的合成、运输及分解（Secondary metabolites biosynthesis,Transport and catabolism）与防御机制（Defense mechanisms）上的基因数分别是837条和228条。（2）枯萎病菌激活的黑籽南瓜差异表达基因随侵染时间的延长而增多。接种后48h和96h的差异表达基因分别为939和2,021个,且下调基因的数量大于上调基因,其中有大量转录因子和抗病R基因发生了上调或下调表达。并集分析显示有721个差异表达基因在2个时间点中共同差异表达,355个基因上调表达,366个基因下调表达;具有相同的表达趋势的有444个,238个持续上调表达,206个持续下调表达。（3）Pathway富集分析显示,接种后48h时差异表达基因参与了细胞程序性死亡（Necroptosis）、过氧化物酶体（Peroxisome）、硫胺素代谢（Thiamine metabolism）、淀粉和糖代谢（Starch and sucrose metabolism）、细胞凋亡（Apoptosis）、糖酵解/糖异生（Glycolysis/gluconeogenesis）、溶菌酶（Lysosome）、细胞色素P450代谢（Cytochrome P450 metabolism）、丙酮酸盐代谢（Pyruvate metabolism）、谷胱甘肽代谢（Glutathione metabolism）、抗坏血酸和醛酸盐代谢（Ascorbate and aldarate metabolism）、植物激素信号转导途径（Plant hormone signal transduction）等抗病相关代谢途径。接种后96h,除上述代谢途径外,还激活了P53信号、VEGF信号和TNF信号等抗病相关信号途径,枯萎病菌激发了黑籽南瓜体内多种抗病途径、差异表达基因涉及防御反应及信号转导等,显示黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的分子机制受到多基因网络系统的调控。3.在转录组学研究的基础上,以相同处理的材料,利用iTRAQ技术研究黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的差异蛋白表达谱。结果表明:（1）总共鉴定到的可信蛋白数量为1,907个,差异表达蛋白总数为567个,CK-VS-48h处理组的差异表达蛋白有113个,其中60个差异蛋白通过KEGG富集到55个代谢通路;CK-VS-96h处理组有329个,198个富集在82条通路;48h-VS-96h有125个。发现在差异表达蛋白中有4个未知功能蛋白,其中的1个上调蛋白CL11145contig1是gpi锚定的非特异性脂质转移蛋白,对于抵抗非生物胁迫具有重要作用。另一个上调蛋白CL9717contig1为未知蛋白。2个下调的未知蛋白CL29643contig1和CL4168contig1均为假定的Csa蛋白,功能有待研究。（2）对差异表达蛋白进行并集分析找到3个处理组中有13个共性差异蛋白,其中与抗性相关的是S-腺苷甲硫氨酸合成酶（SAM1和SAM2）,推测SAM合成相关基因也在抗病过程中发挥了重要作用。差异基因和差异蛋白与KEGG通路之间的互作分析表明,接种后48h的基因和蛋白间的相互作用差异比96h大,上调表达的互作基因和蛋白数量比96h多。（3）差异表达基因与差异表达蛋白关联性分析表明,接种后48h和96h与转录组差异基因关联表达的差异蛋白分别有11个和39个;KEGG富集分析表明差异基因、差异蛋白和相关调节基因富集到20个代谢途径,主要参与了核糖体、苯丙素类生物合成、光合生物的碳固定、过氧化物酶体、乙醛酸盐和二羧酸盐代谢和糖酵解/糖异生、半乳糖代谢、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢以及植物激素信号传导等途径。研究结果为确定需深入研究的代谢通路及鉴定关键抗性蛋白提供依据。4.综合黑籽南瓜接种枯萎病菌后的转录组和蛋白组学中的pathway富集分析数据,提出了黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的抗病信号转导网络,初步明确了黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的分子调控和信号传导途径,为黑籽南瓜抗病基因的进一步挖掘奠定了基础。（1）受枯萎病菌侵染后,黑籽南瓜通过膜锚定的枯萎病菌受体蛋白识别真菌诱导子/PAMPs（病原体相关分子模式）,诱导下游信号传导。（2）钙通道的激活和胞质钙的增加触发NADPH氧化酶的激活,导致H2O2的产生和活性氧（ROS）爆发。（3）黑籽南瓜去除根尖后,枯萎病菌快速入侵,病菌的效应因子/无毒基因（AVR）使黑籽南瓜相关基因作出误判,从而导致木质素合成降低、细胞间隙扩大、细胞壁降解、光合速率下降、蜡质合成下降等过程,植株的物理抗性并未发挥作用。（4）随着病原菌的增多,黑籽南瓜通过特定的病原体受体（PRRS）和NBS类抗病蛋白识别病菌效应因子,从而激活MAPK信号转导途径。（5）ABA途径在MYB和NAC等转录因子的参与下,通过提高丙酮酸盐、介导气孔关闭、减少蒸腾作用及细胞程序性死亡来防御病菌。（6）茉莉酸（JA）途径主要是通过茉莉酸甲酯的增加来促进相关转录因子或基因的表达,但其中的基因有上调或下调,预测细胞色素P450和细胞程序性死亡参与了后期的防御;（7）水杨酸（SA）途径作为主要的抗病信号转导途径,通过WRKY和BZIP转录因子激发了PR1蛋白的表达,从而开启系统性防御过程（SAR）,调动硫胺素、溶菌酶、细胞程序性死亡,细胞凋亡、吞噬体等过程来清除病菌;（8）产生的ROS通过抗坏血酸-谷胱苷肽循环（ASA-GSH）循环来清除。（9）过氧化物酶体在抗病过程中通过CAT来调节和平衡ROS的产生。5.针对NBS-LRR类基因在黑籽南瓜抗病信号转导中的重要作用,本研究采用二代转录组Unigene和全长转录组Unigene结合方法对NBS类基因进行了鉴别和筛选。（1）以NB-ARC作为参考氨基酸序列,从黑籽南瓜CDS中鉴定了43条CfNBS（NBS-type gene from C.ficifolia）类基因序列,分属于TNL、CNL、TN、RPW8-N和N类六个亚基因家族,典型的TNL和CNL类分别有2个和13个。进化树分析表明,CfNBS类基因可以分为4大类群,黑籽南瓜的NBS类抗病基因数量较少但其基因分化比其它瓜类物种丰富。（2）与二代转录组进行比对,筛选获得11个差异表达的CfNBS类关键基因,显着富集在防卫反应、谷胱苷肽转运、受体丝氨酸/苏氨酸激酶结合等生物学过程和分子功能,富集通路最多的是与TMV抗性蛋白同源的2个基因（CL19588contig1和CL21402contig1）,表明这2个基因在抗病过程中起到了重要的作用。接种枯萎病菌后的Q-PCR验证表明,有10个基因表达趋势同转录组数据变化趋势基本一致。组织表达特异性分析表明,在根、茎和果皮中表达量最高的基因分别是CL34065Contig1、CL52011Contig1和CL19588Contig1。6.从黑籽南瓜转录组数据库中获得了HQRGA2片段的全长基因,其Unigene编码为CL7398Contig1,经实体克隆测序该基因全长4,303bp,命名为CfRFN2（Gene Bank ID:MK618462）,ORFfinder分析发现其有一个完整的编码框,长度4,092bp,编码1,363个氨基酸。（1）CfRFN2注释为拟南芥抗病蛋白At4g27190类转录突变体X1同源基因。CfRFN2与其他瓜类抗病基因核苷相似性在87%98%之间,保守结构域分析该基因含有1个NB-ARC和2个LRR结构域;推导该基因的信号肽序列在1920个氨基酸之间且不属于分泌蛋白;CfRFN2蛋白与美洲南瓜和中国南瓜的RPS2蛋白同源性亲缘关系最近。（2）从克隆载体pEASY-CfRFN2片段3中扩增415bp的CfRFN2基因片段,连接入VIGS载体pTRV2,构建完成VIGS沉默载体pTRV2-CfRFN2。以含有沉默载体和共转化载体pTRV1的农杆菌同时侵染黑籽南瓜幼苗,28d后以共侵染的植株接种枯萎病菌为处理,以野生型植株接种枯萎病菌为对照,接种7d后,处理植株较对照发病严重,Q-PCR分析显示处理植株中CfRFN2的相对表达量在接种后48h和96h比对照分别减低34.75%和98.27%,初步表明黑籽南瓜CfRFN2基因具有抗枯萎病的功能。
王明琦[7]（2019）在《番茄抗病种质资源的分子鉴定及其抗病性分析》文中指出番茄（Solanum lycopersicum L.）是一种世界范围内广泛栽植的园艺植物。近年来,番茄病害的严重发生对番茄生产造成极大的影响,因此选育抗病性强的品种类型显得至关重要。本研究基于番茄抗病分子标记的最新进展,选取危害番茄生产的5种常见病害,对一系列番茄种质资源进行相关抗病基因的分子鉴定,并分析8份具有不同基因型番茄品种对黄化曲叶病毒的抗病性差异,主要研究结果如下:（1）构建出一套可用于同时检测番茄Ty-1、Ty-3和Mi基因的多重PCR反应体系。使用该体系只需一次PCR反应及凝胶电泳,不需酶切,即可高效、准确地对番茄三种基因的基因型进行检测。应用该体系对96份番茄材料进行分子检测验证,结果与田间鉴定结果的吻合度可以达到94%以上。（2）选取Ty-1、Ty-3和Mi三个抗病基因,利用荧光定量PCR方法对8份不同基因型的番茄育种材料进行抗病基因表达分析。结果表明,不同类型的番茄材料在受到黄化曲叶病毒侵染后,抗病基因均随着病毒侵染时间的延长而显着上调表达;同时含有Ty-1和Ty-3基因的材料比具有单一抗病基因的材料抗病性显着增强;具有Ty-1/Ty-3基因的杂合材料比纯合材料抗病性显着增强;具有Mi基因的材料与感病对照相比能够显着增强对番茄黄化曲叶病毒的抗性。（3）对20份番茄材料进行多抗番茄的筛选。利用分子标记技术,对抗番茄黄化曲叶病Ty-1、Ty-2、Ty-3基因,抗根结线虫病Mi基因,抗番茄枯萎病I-2基因,抗番茄烟草花叶病Tm-1基因及抗番茄叶霉病Cf-9基因共7个基因进行检测,从中筛选出5份具有3个抗病基因的材料,7份具有2个抗病基因的材料。该筛选方法及研究结果具有良好的推广应用价值,将对本实验室和相关育种公司后续开展多抗番茄聚合育种工作带来有益帮助。
史倩倩[8]（2018）在《南方根结线虫免疫抑制效应子的筛选和功能鉴定》文中提出根结线虫（Meloidogyne spp.）是一类定居性内寄生线虫,每年在农业生产中造成巨大的经济损失。南方根结线虫寄主范围十分广泛,在侵染植物的过程中,会分泌一些效应子来帮助自身实现成功侵染。南方根结线虫的效应子主要是在线虫的食道腺中合成,通过口针分泌到寄主植物细胞中。本研究基于南方根结线虫的基因组信息,预测了 110个具有信号肽,无跨膜结构且具有核定位信号的候选效应子。利用谷枯菌-pEDV系统在烟草进行初步筛选,观察这些效应子能否抑制谷枯菌在烟草上形成的过敏性坏死反应。随后利用原位杂交,TRV介导的RNAi和植物内源表达RNAi等技术对初步筛选出的免疫抑制效应子进行功能验证,本文得出的结论如下:首先利用pEDV载体,借助于谷枯菌（Burkholderia glumae）的三型分泌系统分泌候选效应子,筛选出了六个能抑制谷枯菌在烟草上形成的过敏性坏死反应的效应子。利用实时荧光定量PCR技术,对这六个效应子在线虫侵染不同时期的表达模式进行分析,发现MiISE2,MiISE10在侵染初期表达量很低,但是在侵染后期上调表达;而MiISE5,MiISE6,MiISE9和MiISE23四个效应子在线虫侵染初期上调表达。由于大多数与侵染相关的效应子都是在线虫侵染初期上调表达,因此在后续研究中主要聚焦于MiISE5,MiISE6这两个效应子。原位杂交试验证明这两个效应子都定位于线虫的亚腹食道腺中。分别利用稻瘟菌系统和酵母分泌实验证明MiISE5和MiISE6的信号肽与分泌相关。其次,为了进一步确定效应子的亚细胞定位,将携带有MiISE6::GFP的农杆菌在烟草叶片上进行注射,24-48 h后在激光共聚焦显微镜下观察MiISE6的亚细胞定位,我们发现,MiISE6定位于烟草的细胞核,且第二段NLS与MiISE6的核定位相关。利用拟南芥原生质体转化的技术将MiISE5::GFP转入拟南芥原生质体中,24 h后在激光共聚焦下观察,发现MiISE5定位于拟南芥原生质体的细胞质中。通过植物内源RNAi及烟草脆裂病毒（TRV）介导的RNAi分别敲低MiISE6和MiISE5,与对照相比,线虫的侵染率下降;但将MiISE6和MiISE5分别在拟南芥中进行超表达,会使线虫的侵染率增加。最后,为了分析效应子对植物信号通路的影响,对野生型和转基因突变体分别进行转录组测序并分析差异基因,结合GO和KEGG富集分析的方法,我们发现这两个效应子在拟南芥中的超表达干扰了植物的多种信号通路,可能都是通过抑制茉莉酸防卫反应来促进线虫的侵染。综上,通过对南方根结线虫免疫抑制效应子的筛选及其功能的验证,为深入揭示根结线虫-寄主互作提供了重要的线索,且为南方根结线虫的防治提供了新的思路。
邢雪霞[9]（2018）在《烟草对南方根结线虫抗性机理研究》文中研究表明烟草根结线虫病是危害烟叶生产的重要病害之一,在国内外烟叶产区普遍发生,每年造成巨大的经济损失。在烟草上,尤以南方根结线虫危害最重。选用抗病品种是最经济、最有效地防控措施。本研究以抗病品种豫烟12号和感病品种长脖黄作为试验材料,采用转录组测序技术比较抗、感品种中基因表达谱差异,分析抗病相关的重要代谢途径,然后研究相应代谢过程中生理指标变化,以验证转录组测序结果,进而从表观生理和转录遗传2个方面预测烟草抗性生理和关键调控基因,以期揭示豫烟12号对南方根结线虫抗性的生理和分子机制。主要研究结果如下:1、豫烟12号和长脖黄对南方根结线虫侵染表现出了截然不同的抗性反应。人工接种南方根结线虫后,豫烟12号和长脖黄的病情指数分别为1.35和78.23。线虫胁迫显着降低了长脖黄品种根系和叶片的生理功能,而对豫烟12号品种影响较小,接种和未接种差异不显着。因此,豫烟12号是抗病品种,长脖黄是感病品种。2、通过比较2个品种的转录组数据可知,各样品平均获得46 555 601个clean reads,其中83%成功比对到了参考基因组上。不同文库数据量均超过6.49 G,平均测序读长是150bp,Q30碱基百分比在90.10%以上。根据差异表达基因的筛选原则,抗病品种豫烟12号和感病品种长脖黄分别获得2623和545个差异表达基因,其中289个基因在2个品种中共同表达。3、对共表达的289个差异基因进行功能注释和富集分析可知,细胞壁修饰、蛋白激酶、抗氧化系统、苯丙烷类、激素信号转导和转录因子等相关基因共同参与了烟草抗线虫反应,南方根结线虫侵染诱发了烟草复杂的防御机制。同时,绘制了烟草抗根结线虫病可能的分子机制图,以期为进一步揭示烟草抗病机理奠定基础。4、南方根结线虫侵染对豫烟12号和长脖黄抗氧化系统的影响。线虫侵染后,长脖黄中O2-和MDA含量显着高于豫烟12号,同时,SOD、POD、CAT、GSH、GSSG和GR在豫烟12号中含量显着高于长脖黄,这表明线虫胁迫能够诱导豫烟12号快速产生过氧化反应,同时它具有较强的活性氧清除功能,以降低细胞膜脂的过氧化程度。5、南方根结线虫侵染对豫烟12号和长脖黄苯丙烷类代谢的影响。2个品种中PAL、TAL和PPO含量在线虫侵染后显着升高,且在豫烟12号中的含量显着高于长脖黄。以上结果显示,苯丙烷类代谢过程通过产生有害次生代谢物质或者促使细胞壁木质化以毒害、阻止线虫的入侵。因此,苯丙烷类代谢在豫烟12号防止线虫侵入过程中发挥着重要的作用。6、南方根结线虫侵染对豫烟12号和长脖黄内源激素的影响。线虫侵染前期,2个品种中CTK、IAA和JA含量降低;豫烟12号中GA含量上升,ABA含量下降;长脖黄中GA含量下降,ABA含量上升。豫烟12号中低ABA高IAA,可能是其根系和叶片没有受到较大影响的原因;而长脖黄中高ABA低IAA,有利于巨型细胞的形成,为线虫增殖提供有利条件。因此,烟草内源激素在控制线虫增殖过程中起到关键调控作用。
宋钊,夏碧波,张白鸽,李颖,徐小万,程蛟文,曹健,胡开林[10]（2018）在《辣椒遗传图谱与基因定位研究进展》文中认为辣椒是全球种植最为普遍的蔬菜作物之一,其遗传育种学得到广泛的研究。随着上世纪80年代DNA分子技术应用到植物遗传研究,辣椒分子生物学得到快速发展。自1984年报道辣椒第一张遗传图谱以来,已经累计发表了51张辣椒分子连锁遗传图谱。从构图群体来分,27张为种内图谱,19张为种间图谱,5张为整合图谱;从功能来分,20张图谱为基础参考图谱,17张图谱用于辣椒抗病性、抗虫性定位,14张图谱用于定位辣椒果实、植株、花期及不育性等农艺性状。总计有17种分子标记用于图谱构建,13个形态学相关基因、9个抗病基因及6个抗虫基因被定位。本综述将近30多年来有关辣椒分子遗传图谱、基因定位的具体研究进展做一综述,目的是为辣椒相关研究者提供一定的参考依据。
二、Mi-1.2基因同源序列多态性与烟草抗根结线虫的关系（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Mi-1.2基因同源序列多态性与烟草抗根结线虫的关系（论文提纲范文）
（1）水稻品种MC174抗线虫基因的定位及抗感品种响应拟禾本科根结线虫的转录组分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1 拟禾本科根结线虫的研究进展 |
| 1.1 根结线虫的分布及危害 |
| 1.2 拟禾本科根结线虫的危害特性 |
| 1.3 拟禾本科根结线虫生活史及侵染特点 |
| 1.4 拟禾本科根结线虫防治方法 |
| 2 根结线虫抗病基因研究进展 |
| 2.1 植物-线虫互作机制 |
| 2.2 抗病基因的结构与功能 |
| 2.3 已克隆的R基因及功能分析 |
| 2.4 水稻根结线虫抗病基因定位 |
| 3 研究的目的及意义 |
| 第二章 抗性品种筛选及抗病基因的定位 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 水稻品种 |
| 2.2 主要实验仪器及试剂 |
| 2.2.1 主要仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 Hoagland营养液 |
| 2.3 水稻幼苗的培养 |
| 2.4 水稻根结线虫的扩繁 |
| 2.5 水稻根结线虫提取和幼苗接种 |
| 2.6 水稻根结线虫表型鉴定 |
| 2.7 基因定位和候选基因克隆 |
| 2.7.1 群体构建和遗传分析 |
| 2.7.2 基因的初定位 |
| 2.7.3 基因的精细定位 |
| 2.7.4 候选基因的预测分析 |
| 2.8 水稻DNA基因组CTAB提取 |
| 2.9 分子标记设计 |
| 2.10 PCR反应 |
| 2.11 琼脂糖凝胶电泳 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 微核心种质抗根结线虫筛选 |
| 3.2 作图群体亲本确定 |
| 3.3 MC174高抗Mg基因的定位 |
| 3.3.1 MC174抗病基因的遗传分析 |
| 3.3.2 MC174抗病基因的初定位 |
| 3.3.3 MC174抗病基因的精细定位 |
| 3.4 候选基因预测 |
| 3.5 等位性分析 |
| 3.6 不同水稻品种中扩增C61基因 |
| 3.7 抗病基因的分子标记筛选 |
| 4 讨论 |
| 第三章 水稻抗感品种响应线虫侵染的转录组分析 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验品种 |
| 2.2 主要实验仪器及试剂 |
| 2.3 酸性品红染色 |
| 2.4 水稻接种及取材 |
| 2.5 RNA的提取 |
| 2.6 转录组数据生物信息学分析 |
| 2.6.1 转录组文库的构建和测序 |
| 2.6.2 转录组测序数据的组装 |
| 2.6.3 转录本组装与基因功能注释 |
| 2.6.4 转录组数据的表达量分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 水稻根结线虫侵染表型及品红染色观察 |
| 3.2 RNA质量检测 |
| 3.3 转录组数据分析 |
| 3.3.1 测序数据质量分析 |
| 3.3.2 测序数据生物学重复相关性 |
| 3.3.3 抗感水稻品种差异基因分析 |
| 3.4 水稻差异表达基因分析 |
| 3.4.1 抗感品种差异基因GO注释分析 |
| 3.4.2 差异基因GO富集分析 |
| 3.4.3 差异基因KEGG富集分析 |
| 3.5 水稻抗病相关通路热图分析 |
| 3.5.1 水稻抗病代谢相关基因变化热图 |
| 3.5.2 水稻抗病信号通路相关基因变化热图 |
| 4 讨论 |
| 第四章 总结及展望 |
| 附录 实验所用引物 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）番茄5个抗病基因的检测、聚合及通用引物多重PCR体系的构建（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 5种番茄病害的抗病育种进展 |
| 1.1.1 番茄烟草花叶病毒病 |
| 1.1.2 番茄叶霉病 |
| 1.1.3 番茄枯萎病 |
| 1.1.4 番茄晚疫病 |
| 1.1.5 番茄根结线虫病 |
| 1.2 分子标记在番茄抗病育种中的应用 |
| 1.2.1 常用的分子标记类型 |
| 1.2.2 功能标记在番茄抗病育种中的应用 |
| 1.3 多重PCR技术 |
| 1.3.1 多重PCR体系 |
| 1.3.2 通用引物多重PCR体系 |
| 1.4 研究的目的与意义 |
| 1.5 研究内容及技术路线 |
| 1.5.1 研究内容 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 主要试剂 |
| 2.3 主要仪器 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 引物设计 |
| 2.4.2 番茄基因组DNA提取 |
| 2.4.3 功能标记的PCR扩增 |
| 2.4.4 番茄人工杂交 |
| 2.4.5 通用引物多重PCR产物扩增 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 Cf-9功能标记开发 |
| 3.1.1 Cf-9基因序列分析 |
| 3.1.2 Cf-9功能标记的开发 |
| 3.2 237份番茄材料的功能标记筛选 |
| 3.2.1 5种番茄抗病基因的功能标记 |
| 3.2.2 5种番茄抗病基因检测 |
| 3.3 抗病基因的初步聚合 |
| 3.3.1 亲本的筛选 |
| 3.3.2 亲本果实外观品质性状分析 |
| 3.4 通用引物多重PCR体系的建立及应用 |
| 3.4.1 通用引物的选择 |
| 3.4.2 通用引物多重PCR体系的建立 |
| 3.4.3 番茄F1代抗病基因检测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 分子标记辅助育种的应用前景 |
| 4.2 功能基因标记的优点 |
| 4.3 本研究亲本果实品质性状特点 |
| 4.4 多重PCR检测体系的优点及存在的不足 |
| 4.5 通用引物多重PCR体系的优势及应用前景 |
| 4.6 通用引物多重PCR体系的构建及优化 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 缩略词表 |
| 致谢 |
（3）番茄分离材料抗病分子标记鉴定和多靶点基因编辑育种（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 课题的提出 |
| 1.2 分子标记育种 |
| 1.3 番茄育种目标 |
| 1.3.1 番茄抗病育种 |
| 1.3.2 粉果番茄育种 |
| 1.3.3 番茄产量育种 |
| 1.4 基因编辑 |
| 1.4.1 基因组编辑技术的发展与应用 |
| 1.4.2 利用CRISPR/Cas9 构建多基因编辑的内源性t RNA系统 |
| 1.4.3 基因编辑技术在番茄育种的应用 |
| 1.5 课题研究意义 |
| 第二章 番茄分离材料抗病分子标记鉴定 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 DNA提取及分子标记检测 |
| 2.1.3 PCR反应 |
| 2.1.4 数据处理和分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 番茄抗黄化曲叶病Ty-1双重SNP标记检测 |
| 2.2.2 番茄抗黄化曲叶病Ty-2基因PCR检测 |
| 2.2.3 番茄抗花叶病毒病Tm-2~a基因PCR检测 |
| 2.2.4 番茄抗根结线虫病Mi-1基因PCR检测 |
| 2.2.5 番茄抗根结线虫病基因Mi-1标记改良 |
| 2.2.6 番茄抗叶霉病Cf-9基因分子标记检测 |
| 2.2.7 番茄抗枯萎病I-2基因分子标记检测 |
| 2.2.8 番茄抗斑萎病Sw-5基因标记检测 |
| 2.2.9 番茄抗青枯病Bwr12与抗根结线虫Mi-3连锁标记检测 |
| 2.2.10 番茄果重相关基因Fw11.3分子标记检测 |
| 2.3 分离材料中抗病基因标记小结 |
| 2.4 对558份材料抗病标记综合分析 |
| 第三章 基因编辑樱桃番茄 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 基因编辑育种材料 |
| 3.1.2 实验所用菌株与载体 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 载体构建 |
| 3.2.2 番茄基因编辑植株T_0代阳性检测 |
| 3.2.3 番茄基因编辑植株靶位点突变测序 |
| 3.2.4 分子标记筛选纯合编辑植株 |
| 3.2.5 番茄TI代 T-DNA-free植株检测 |
| 3.2.6 基因编辑ty5番茄植株接病实验 |
| 3.2.7 基因编辑品种糖酸检测 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 基因编辑ty5番茄编辑结果 |
| 3.3.2 基因编辑粉果番茄品种 |
| 3.3.3 基因编辑无果梗多歧番茄植株 |
| 3.3.4 编辑番茄果实性状检测-糖酸比检测 |
| 3.3.5 番茄多基因编辑材料编辑位点及表型 |
| 3.3.6 番茄ej2与sb3标记检测 |
| 3.3.7 番茄s基因标记开发 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 分子育种技术与理想番茄品种设计 |
| 4.2 分子育种技术总结与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（4）黄瓜-酸黄瓜渐渗系抗南方根结线虫病相关基因及分子调控机理研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词(Abbreviation) |
| 第一章 植物响应根结线虫病研究进展 |
| 1 植物根结线虫概述 |
| 2 植物根结线虫的发生及防治技术研究 |
| 2.1 植物根结线虫的发生 |
| 2.2 植物根结线虫的致病机理及病害特征 |
| 2.3 综合防治技术研究现状 |
| 3 植物响应根结线虫的抗性机理研究 |
| 3.1 植物响应根结线虫的被动抗性 |
| 3.2 植物响应根结线虫的主动抗性 |
| 4 高通量组学在植物逆境研究中的应用 |
| 4.1 转录组学技术与植物抗逆性研究 |
| 4.2 蛋白质组学技术与植物抗逆性研究 |
| 4.3 转录组学和蛋白组学关联分析 |
| 5 黄瓜响应南方根结线虫研究现状及课题的提出 |
| 第二章 黄瓜-酸黄瓜渐渗系IL10-1抗南方根结线虫病的组织结构特征分析 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 南方根结线虫的孵化和接种 |
| 1.3 黄瓜根系根结的观察和统计 |
| 1.4 根结石蜡切片的制备和染色 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 黄瓜抗、感材料根结数目的比较分析 |
| 2.2 比较观察南方根结线虫侵入率及发育状况 |
| 2.3 比较观察抗、感材料巨细胞的发育状态 |
| 3 讨论 |
| 3.1 抗、感材料根结数目的差异 |
| 3.2 抗、感材料根系内线虫发育状态比较 |
| 3.3 抗、感材料根系内巨细胞发育状态比较 |
| 第三章 黄瓜-酸黄瓜渐渗系IL10-1抗南方根结线虫病相关基因的鉴定 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 南方根结线虫孵化及接种 |
| 1.3 黄瓜CsMAP65家族基因的鉴定 |
| 1.4 CsMAP65基因家族序列比对及进化分析 |
| 1.5 黄瓜CsMAP65基因家族序列分析及结构特征 |
| 1.6 黄瓜CsMAP65基因家族和拟南芥MAP65家族成员共线性分析 |
| 1.7 黄瓜CsMAP65-3a序列分析 |
| 1.8 黄瓜CsMAP65-3a的亚细胞定位及原位杂交 |
| 1.9 黄瓜CsMAP65家族基因响应南方根结线虫的表达分析基因 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 全基因组鉴定黄瓜CsMAP65基因家族 |
| 2.2 黄瓜CsMAP65基因家族进化及结构分析 |
| 2.3 南方根结线虫侵入后黄瓜CsMAP65基因家族转录水平的变化 |
| 2.4 黄瓜CsMAP65-3a的亚细胞定位 |
| 2.5 原位杂交鉴定黄瓜CsMAP65-3a在巨细胞中的表达 |
| 2.6 黄瓜CsMAP65-3a序列比较分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 黄瓜CsMAP65基因家族的特征分析 |
| 3.2 黄瓜CsMAP65-3a参与巨细胞的发育 |
| 3.3 植物激素调控黄瓜CsMAP65-3a的表达 |
| 第四章 黄瓜-酸黄瓜渐渗系IL10-1抗南方根结线虫病分子调控机理研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 南方根结线虫孵化及接种 |
| 1.3 RNA提取及转录组测序 |
| 1.4 蛋白质提取、质谱数据采集和生物信息分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 南方根结线虫侵染后抗、感材料在转录水平的变化 |
| 2.2 抗、感材料响应南方根结线虫侵染后蛋白质水平的变化 |
| 3 讨论 |
| 3.1 转录和蛋白水平揭示运输相关通路的抑制降低了巨细胞活性 |
| 3.2 抑制生长素的合成阻碍了IL10-1根系内巨细胞的正常发育 |
| 3.3 响应南方根结线虫核心调控基因和蛋白质的鉴定 |
| 全文结论 |
| 创新点 |
| 进一步研究设想 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读博士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（5）烟草抗南方根结线虫病的生理生化反应与分子机制研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 根结线虫研究进展 |
| 1.1 根结线虫的危害 |
| 1.2 根结线虫的侵染过程 |
| 1.3 根结线虫的防治 |
| 1.4 根结线虫致病机理 |
| 2 植物对根结线虫的抗病机理研究进展 |
| 2.1 植物对根结线虫的生理生化防御机制 |
| 2.2 植物的免疫反应防卫机制 |
| 2.3 抗根结线虫基因研究进展 |
| 3 miRNA研究进展 |
| 3.1 植物miRNA来源和生物合成 |
| 3.2 miRNA作用机制 |
| 3.3 miRNA与植物的生长发育 |
| 3.4 miRNA与植物的激素调节和信号转导 |
| 3.5 miRNA与植物逆境胁迫 |
| 4 代谢组在植物上的研究进展 |
| 4.1 代谢组学的概念 |
| 4.2 植物代谢组学的研究方法和进展 |
| 4.3 代谢组学在植物与病原菌互作中的研究和应用 |
| 4.4 植物代谢组学的发展展望 |
| 5 本研究的目的和意义 |
| 第二章 南方根结线虫侵染抗、感烟草后的生理生化和组织病理学观察 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 南方根结线虫的繁殖 |
| 1.2 试验材料的培养 |
| 1.3 生理指标的测定 |
| 1.4 病理组织学观察 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 南方根结线虫侵染不同基因型烟草的抗病性鉴定 |
| 2.2 南方根结线虫侵染抗、感病烟草后的根部形态差异 |
| 2.3 南方根结线虫侵染对不同抗性烟草根系生物量的影响 |
| 2.4 南方根结线虫侵染烟草后的组织病理学观察 |
| 2.5 南方根结线虫侵染烟草对参与活性氧代谢酶活性的影响 |
| 2.6 南方根结线虫侵染烟草对苯丙烷代谢酶活性的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 烟草品种对南方根结线虫的抗病性鉴定 |
| 3.2 南方根结线虫侵染烟草后的病理组织学观察 |
| 3.3 南方根结线虫入侵对烟草活性氧代谢的影响 |
| 3.4 南方根结线虫入侵对烟草苯丙烷代谢的影响 |
| 第三章 南方根结线虫侵染烟草抗、感品种的代谢组学分析 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 南方根结线虫的繁育 |
| 1.2 植物材料的培养 |
| 1.3 仪器和试剂 |
| 1.4 烟草根系代谢产物的提取 |
| 1.5 LC/MS(液相色谱—质谱)分析条件 |
| 1.6 代谢物数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 烟草根部样品的色谱图检查 |
| 2.2 代谢组数据的预处理 |
| 2.3 代谢组数据的多元统计分析 |
| 2.3.1 主成分分析 |
| 2.3.2 正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA)及对模型的检验 |
| 2.4 差异代谢物的筛选 |
| 2.5 差异代谢物的代谢通路分析 |
| 3 讨论 |
| 第四章 烟草在南方根结线虫胁迫条件下microRNA的高通量测序分析 |
| 1 材料方法 |
| 1.1 南方根结线虫的繁育 |
| 1.2 植物材料的培养 |
| 1.3 RNA的提取 |
| 1.3.1 总RNA的提取 |
| 1.3.2 RNA沉淀的清洗和溶解 |
| 1.3.3 总RNA纯度检测 |
| 1.4 cDNA文库构建及HiSeq测序 |
| 1.5 生物信息学分析 |
| 1.5.1 原始数据过滤 |
| 1.5.2 已知microRNA和新miRNA的鉴定 |
| 1.5.3 靶基因的功能注释 |
| 1.6 荧光定量验证 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 RNA质量的检测 |
| 2.2 高通量测序结果 |
| 2.2.1 原始数据的过滤 |
| 2.2.2 参考基因组的比对 |
| 2.2.3 南方根结线虫胁迫下烟草已知miRNAs的鉴定 |
| 2.2.4 重复序列的比对 |
| 2.2.5 非编码RNA的分类与注释 |
| 2.2.6 外显子、内含子的比对 |
| 2.3 新miRNAs的鉴定 |
| 2.4 烟草响应南方根结线虫胁迫已知miRNAs的筛选 |
| 2.5 miRNA靶基因的预测 |
| 2.6 miRNAs靶基因的GO分类 |
| 2.7 miRNAs靶基因的KEGG注释 |
| 3 讨论 |
| 3.1 烟草在南方根结线虫胁迫下miRNAs的鉴定 |
| 3.2 miRNAs参与系统获得抗性 |
| 3.3 miRNAs参与植物与病原菌互作诱导的激素信号调控 |
| 3.4 miRNAs参与调控NBS-LRR类抗病基因和活性氧途径 |
| 第五章 创新点和展望 |
| 参考文献 |
| 英文摘要 |
| 附表、图 |
| 博士期间科研成果 |
| 附件 |
（6）黑籽南瓜对枯萎病菌侵染的应答机制及NBS类抗病基因筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 黑籽南瓜利用与研究进展 |
| 1.1.1 黑籽南瓜栽培与资源利用概况 |
| 1.1.2 黑籽南瓜遗传多样性 |
| 1.1.3 黑籽南瓜抗逆性及其生理基础 |
| 1.1.4 细胞生物学及细胞工程 |
| 1.1.5 基因克隆 |
| 1.1.6 总结与展望 |
| 1.2 瓜类枯萎病研究进展 |
| 1.2.1 枯萎病致病机制 |
| 1.2.2 尖孢镰刀菌基因组测序及致病相关基因 |
| 1.2.3 寄主枯萎病抗性遗传及其相关基因 |
| 1.2.4 瓜类—枯萎病菌互作分子机制 |
| 1.2.5 总结与展望 |
| 1.3 转录组学在作物应答病原菌胁迫中的研究概况 |
| 1.4 蛋白组学在作物应答病原菌胁迫中的研究概况 |
| 1.5 转录组学与蛋白组学的联合研究 |
| 1.6 植物NBS类抗病基因(蛋白)研究进展 |
| 1.6.1 抗病基因(蛋白)的类型 |
| 1.6.2 NBS-LRR抗病基因(蛋白)的结构和功能 |
| 1.6.3 NBS-LRR抗病基因(蛋白)对效应分子的识别 |
| 1.6.4 总结与展望 |
| 第2章 引言 |
| 2.1 研究目的与意义 |
| 2.2 研究内容 |
| 2.3 技术路线 |
| 第3章 NBS类抗病基因同源序列的克隆与分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 主要试剂和试剂盒 |
| 3.2.3 主要溶液和培养基 |
| 3.2.4 实验方法 |
| 3.2.5 序列分析及同源性比较 |
| 3.2.6 黑籽南瓜室内抗性鉴定 |
| 3.2.7 NBS类抗病基因序列表达分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 黑籽南瓜RGAs的克隆 |
| 3.3.2 RGAs聚类分析及相似性比较 |
| 3.3.3 HQRGA2的核苷酸序列相似性分析 |
| 3.3.4 HQRGA2的保守结构域分析和氨基酸同源性比较 |
| 3.3.5 系统进化树分析 |
| 3.3.6 3种黑籽南瓜枯萎病抗性鉴定 |
| 3.3.7 枯萎病菌胁迫下3种黑籽南瓜NBS同源序列的表达差异 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的转录组学分析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 材料及接种方法 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.2.3 测序数据的处理 |
| 4.2.4 Unigene功能注释 |
| 4.2.5 差异表达基因筛选 |
| 4.2.6 差异表达基因的功能富集分析 |
| 4.2.7 Q-PCR验证关键差异表达基因 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 测序数据统计 |
| 4.3.2 unigene的功能注释 |
| 4.3.3 蛋白编码区预测(CDS) |
| 4.3.4 差异表达基因分析 |
| 4.3.5 差异表达基因的GO富集分析 |
| 4.3.6 差异表达基因的KEGG代谢通路分析 |
| 4.3.7 抗性相关代谢途径及基因分析 |
| 4.3.8 差异表达的转录因子TF家族分析 |
| 4.3.9 差异基因R基因家族分析 |
| 4.3.10 差异表达基因的Q-PCR验证及转录组与Q-PCR的相关性 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 枯萎病菌胁迫下黑籽南瓜的转录组测序 |
| 4.4.2 关于的生物信息学注释问题 |
| 4.4.3 硫胺素与抗病性的关系 |
| 4.4.4 过氧化物酶体与抗病的关系 |
| 4.4.5 ABA和SA介导黑籽南瓜主要的抗枯萎病信号传导途径 |
| 4.5 小结 |
| 第5章 黑籽南瓜应答枯萎病菌侵染的蛋白组学分析 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料和方法 |
| 5.2.1 材料 |
| 5.2.2 实验仪器与试剂 |
| 5.2.3 实验方法与步骤 |
| 5.2.4 蛋白组分析方法 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 蛋白质检测 |
| 5.3.2 蛋白质基本鉴定信息 |
| 5.3.3 差异表达蛋白分析 |
| 5.3.4 差异表达蛋白的GO富集分析 |
| 5.3.5 差异表达蛋白的Pathway富集分析 |
| 5.3.6 蛋白相互作用(PPI分析) |
| 5.3.7 差异表达蛋白表达模式聚类 |
| 5.3.8 差异蛋白和差异表达基因的关联分析 |
| 5.3.9 黑籽南瓜对枯萎病菌侵染的应答机制分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第6章 黑籽南瓜NBS类基因的鉴别与关键基因分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 材料和方法 |
| 6.2.1 材料 |
| 6.2.2 黑籽南瓜三代转录组测序 |
| 6.2.3 全长转录组的数据分析 |
| 6.2.4 NBS类抗性基因的鉴别 |
| 6.2.5 进化分析 |
| 6.2.6 CfNBS类差异表达关键基因的鉴定 |
| 6.2.7 差异表达CfNBS类基因的GO功能分析 |
| 6.2.8 CfNBS类关键基因的Q-PCR验证与组织表达特性分析 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 CfNBS类基因的鉴定 |
| 6.3.2 CfNBS类基因的分类 |
| 6.3.3 黑籽南瓜CfNBS类基因的进化树分析 |
| 6.3.4 黑籽南瓜CfNBS类差异表达基因的鉴定 |
| 6.3.5 CfNBS类基因的GO功能分析 |
| 6.3.6 黑籽南瓜差异表达的CfNBS类关键基因的Q-PCR验证 |
| 6.3.7 CfNBS类关键基因的组织表达特性 |
| 6.4 讨论 |
| 6.5 小结 |
| 第7章 NBS类抗病基因CfRFN2的克隆与功能验证 |
| 7.1 引言 |
| 7.2 材料和方法 |
| 7.2.1 材料 |
| 7.2.2 菌株及载体 |
| 7.2.3 仪器及试剂 |
| 7.2.4 黑籽南瓜总RNA提取及反转录PCR |
| 7.2.5 CfRFN2全长基因序列的克隆 |
| 7.2.6 CfRFN2全长基因序列分析 |
| 7.2.7 接种枯萎病菌后CfRFN2表达量检测、组织表达特性分析 |
| 7.2.8 CfRFN2基因的VIGS体系功能初步验证 |
| 7.3 结果与分析 |
| 7.3.1 黑籽南瓜总RNA的提取 |
| 7.3.2 黑籽南瓜CfRFN2基因的扩增及拼接 |
| 7.3.3 CfRFN2的核苷酸相似性分析 |
| 7.3.4 CfRFN2的保守结构域分析 |
| 7.3.5 CfRFN2的亲疏水性分析 |
| 7.3.6 CfRFN2的信号肽分析 |
| 7.3.7 CfRFN2的蛋白跨膜域预测 |
| 7.3.8 CfRFN2蛋白进化树分析 |
| 7.3.9 黑籽南瓜CfRFN2的组织表达特性分析 |
| 7.3.10 黑籽南瓜CfRFN2的VIGS载体构建 |
| 7.3.11 VIGS侵染黑籽南瓜的体系有效性验证 |
| 7.3.12 VIGS侵染黑籽南瓜植株的PCR检测 |
| 7.3.13 pTRV2-CfRFN2沉默植株观察和Q-PCR分析 |
| 7.4 讨论 |
| 7.5 小结 |
| 第8章 结论与展望 |
| 8.1 结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 展望 |
| 参考文献 |
| 发表论文及参加课题一览表 |
| 缩写词表 |
| 致谢 |
（7）番茄抗病种质资源的分子鉴定及其抗病性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 番茄主要病害及其研究进展 |
| 1.2.1 抗番茄黄化曲叶病毒病育种研究进展 |
| 1.2.2 抗根结线虫病育种研究进展 |
| 1.2.3 抗番茄枯萎病育种研究进展 |
| 1.2.4 抗番茄烟草花叶病毒病育种研究进展 |
| 1.2.5 抗番茄叶霉病育种研究进展 |
| 1.3 PCR技术研究进展 |
| 1.3.1 多重PCR的开发和应用 |
| 1.3.2 定量PCR的开发和应用 |
| 1.4 分子标记的发展和应用 |
| 1.4.1 分子标记的类型 |
| 1.4.2 分子标记辅助选择育种 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 第二章 番茄TY-1、TY-3和MI基因的多重PCR体系建立及应用 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 引物 |
| 2.1.3 基因组DNA提取及单对引物扩增 |
| 2.1.4 多重PCR反应体系的构建 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 Ty-1 基因分子标记片段的扩增 |
| 2.2.2 Ty-3 基因分子标记片段的扩增 |
| 2.2.3 Mi基因分子标记片段的扩增 |
| 2.2.4 同时检测Ty-1、Ty-3和Mi基因的多重PCR体系的鉴定结果 |
| 2.2.5 对96 份番茄材料的多重PCR分子鉴定 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 不同基因型番茄材料对黄化曲叶病毒的抗病性分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 供试番茄材料的培养与处理 |
| 3.1.3 供试番茄材料基因组水平的检测 |
| 3.1.4 供试番茄材料的发病情况调查 |
| 3.1.5 供试番茄材料的生长情况调查 |
| 3.1.6 抗病基因转录表达水平的检测 |
| 3.1.7 数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 不同番茄材料的基因型检测 |
| 3.2.2 不同番茄材料的发病情况调查 |
| 3.2.3 不同番茄材料的生长情况调查 |
| 3.2.4 Ty-1 基因的表达分析 |
| 3.2.5 Ty-3 基因的表达分析 |
| 3.2.6 Mi基因的表达分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 20份番茄材料的抗病基因分子检测 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 引物 |
| 4.1.3 番茄材料的准备及DNA提取 |
| 4.1.4 抗病基因的PCR分子检测 |
| 4.1.5 PCR产物酶切 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 Ty-1、Ty-3和Mi基因的多重PCR分子检测 |
| 4.2.2 Ty-2 基因的分子检测 |
| 4.2.3 I-2 基因的分子检测 |
| 4.2.4 Tm-1 基因的分子检测 |
| 4.2.5 Cf-9 基因的分子检测 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 全文结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 研究展望 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 |
（8）南方根结线虫免疫抑制效应子的筛选和功能鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 根结线虫概况 |
| 1.1.1 根结线虫的分类地位及分布 |
| 1.1.2 根结线虫的危害 |
| 1.1.3 根结线虫的生活史 |
| 1.1.4 根结线虫有利于侵染植物的适应性进化 |
| 1.2 植物免疫防卫反应 |
| 1.2.1 抵抗线虫侵染的基础免疫防卫反应 |
| 1.2.2 抵抗线虫侵染的特异免疫防卫反应 |
| 1.2.3 参与线虫抗性的免疫受体 |
| 1.2.4 寄主免疫受体及下游信号的激活 |
| 1.2.5 寄主免疫受体对线虫的识别 |
| 1.2.6 线虫的数量性状抗性反应 |
| 1.3 植物病原线虫效应子的研究进展 |
| 1.3.1 细胞壁降解酶及蛋白酶 |
| 1.3.2 效应子在线虫侵染过程中对线虫的保护及对寄主免疫防卫反应的抑制 |
| 1.3.3 效应子对植物信号通路的操纵 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 1.5 技术路线 |
| 1.5.1 候选效应子的预测 |
| 1.5.2 候选效应子的鉴定 |
| 1.5.3 效应子作用通路研究 |
| 第二章 南方根结线虫候选效应子的预测及免疫抑制效应子的筛选 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 供试菌株和质粒 |
| 2.1.2 供试线虫材料 |
| 2.1.3 植物材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 线虫RNA的提取 |
| 2.2.2 转录组测序及核定位效应子的预测 |
| 2.2.3 免疫抑制效应子的初步筛选 |
| 2.2.4 实时荧光定量PCR (qRT-PCR)分析候选效应子在侵染不同时期的表达 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 候选效应子的预测及免疫抑制效应子的初步筛选 |
| 2.3.2 免疫抑制效应子的初步筛选 |
| 2.3.3 qRT-PCR验证南方根结线虫侵染不同时期候选效应子的表达模式 |
| 2.4 小结与讨论 |
| 第三章 免疫抑制效应子MiISE6的功能分析 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 供试菌株和质粒 |
| 3.1.2 本试验所用引物序列 |
| 3.1.3 供试线虫材料 |
| 3.1.4 植物材料 |
| 3.1.5 主要生化试剂 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 亚细胞定位 |
| 3.2.2 酵母系统分泌实验 |
| 3.2.3 地高辛原位杂交 |
| 3.2.4 荧光原位杂交 |
| 3.2.5 拟南芥超表达 |
| 3.2.6 拟南芥内源RNAi |
| 3.2.7 拟南芥RNA提取 |
| 3.2.8 拟南芥转录组测序 |
| 3.2.9 qRT-PCR验证转录组数据可靠性 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 MiISE6同源序列分析 |
| 3.3.2 MiISE6的亚细胞定位 |
| 3.3.3 核定位结构域的确定 |
| 3.3.4 MiISE6定位于线虫的亚腹食道腺中 |
| 3.3.5 MiISE6信号肽功能的验证 |
| 3.3.6 MiISE6能增加拟南芥对线虫的敏感性 |
| 3.3.7 MiISE6转基因拟南芥与野生型拟南芥转录组比较分析 |
| 3.4 小结与讨论 |
| 第四章 免疫抑制效应子MiISE5的功能分析 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 供试菌株和质粒 |
| 4.1.2 本章所用引物 |
| 4.1.3 植物材料 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 同源序列分析 |
| 4.2.2 稻瘟菌系统验证效应子分泌性 |
| 4.2.2.1 载体构建 |
| 4.2.2.2 稻瘟菌转化 |
| 4.2.3 拟南芥原生质体转化及亚细胞定位观察 |
| 4.2.4 酵母自激活验证 |
| 4.2.5 原位杂交 |
| 4.2.6 烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV)介导的基因沉默(VIGS) |
| 4.2.7 拟南芥转基因 |
| 4.2.8 拟南芥转录组测序 |
| 4.2.9 qRT-PCR验证转录组数据可靠性 |
| 4.3 结果分析 |
| 4.3.1 MiISE5在植物病原线虫中的同源序列分析 |
| 4.3.2 MiISE5定位于线虫的侧腹腺中 |
| 4.3.3 MiISE5能够通过稻瘟菌的菌丝分泌到植物细胞中 |
| 4.3.4 TRV介导的MiISE5的干扰能使线虫的侵染率下降 |
| 4.3.5 MIISE5在拟南芥中的超表达能够增加拟南芥的感病性 |
| 4.3.6 MiISE5的亚细胞定位及转录活性检测 |
| 4.3.7 MiISE5转基因拟南芥与野生型拟南芥转录组比较分析 |
| 4.4 小结与讨论 |
| 第五章 全文总结与研究展望 |
| 附录 |
| 附录1 本试验中同源序列分析线虫基因组及转录组信息 |
| 附录2 MiISE6进化树构建中同源序列ID及氨基酸序列 |
| 附录3 与植物防卫反应相关的DEGs富集到的GO通路(MiISE6 vs WT) |
| 附录4 MiISE6转基因突变体与野生型差异基因KEGG富集分析 |
| 附录5 MiISE5进化树构建同源序列基因信息 |
| 附录6 与植物防卫反应相关的DEGs富集到的GO通路(MiISE5 vs WT) |
| 附录7 MiISE5转基因突变体与野生型差异基因KEGG富集分析 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 基本信息 |
| 教育背景 |
| 在校期间发表文章 |
（9）烟草对南方根结线虫抗性机理研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 烟草根结线虫危害及防控现状 |
| 1.1 烟草根结线虫的危害 |
| 1.2 烟草根结线虫的寄生过程和种群分布 |
| 1.3 烟草根结线虫防控现状 |
| 2 植物抗病调控机制研究进展 |
| 2.1 植物和病原物之间的关系 |
| 2.2 植物物理抗性研究进展 |
| 2.3 植物生理抗性研究进展 |
| 2.4 植物抗性基因研究进展 |
| 2.5 植物信号物质研究进展 |
| 2.6 植物转录因子研究进展 |
| 3 转录组在植物上的研究进展 |
| 3.1 转录组概论 |
| 3.2 转录组测序技术平台 |
| 3.3 转录组生物信息学分析 |
| 3.4 转录组在植物胁迫研究中的应用 |
| 4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 两个烟草品种对南方根结线虫抗性鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 南方根结线虫的繁育 |
| 1.2 材料培养 |
| 1.3 测定指标和方法 |
| 1.4 数据处理和统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 不同烟草品种对南方根结线虫侵染的抗性鉴定 |
| 2.2 南方根结线虫侵染对不同烟草品种生物量的影响 |
| 2.3 南方根结线虫侵染对不同烟草品种根系的影响 |
| 3 结论与讨论 |
| 第三章 南方根结线虫侵染前后不同抗性烟草品种的转录组学分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 南方根结线虫繁育 |
| 1.2 试验材料培养 |
| 1.3 RNA提取和文库构建 |
| 1.4 RNA-seq数据的生物信息学分析 |
| 1.4.1 测序数据质量评估 |
| 1.4.2 参考序列比对分析 |
| 1.4.3 差异表达基因筛选 |
| 1.4.4 差异基因富集分析 |
| 1.4.5 差异基因转录因子分析 |
| 1.5 荧光定量PCR(Quantitativereal-timePCR,qRT-PCR)验证 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 不同测序样品间形态差异 |
| 2.2 TotalRNA样品质量检测 |
| 2.3 RNA-seq文库数据质量评估 |
| 2.3.1 测序错误率分布检查 |
| 2.3.2 A/T/G/C含量分布检查 |
| 2.3.3 测序数据过滤 |
| 2.4 参考序列比对分析 |
| 2.5 基因表达水平分析 |
| 2.6 不同品种中差异表达基因分析 |
| 2.6.1 不同品种中差异表达基因数量统计 |
| 2.6.2 不同品种中差异表达基因聚类分析 |
| 2.7 qRT-PCR验证 |
| 2.8 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的差异代谢途径分析 |
| 2.8.1 共同表达基因的功能分析 |
| 2.8.2 参与细胞壁修饰的线虫侵染响应基因 |
| 2.8.3 参与内源激素调控的线虫侵染响应基因 |
| 2.8.4 参与蛋白激酶和转录调控的线虫侵染响应基因 |
| 2.8.5 参与抗氧化反应的线虫侵染响应基因 |
| 2.8.6 参与苯丙烷类合成代谢的线虫侵染响应基因 |
| 3 结论与讨论 |
| 第四章 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的生理差异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 线虫繁育 |
| 1.2 材料培养 |
| 1.3 测定指标及方法 |
| 1.4 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的活性氧代谢差异分析 |
| 2.2 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的苯丙烷类代谢差异分析 |
| 2.3 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的谷胱甘肽代谢差异分析 |
| 2.4 不同抗性烟草品种对南方根结线虫侵染响应的内源激素差异分析 |
| 3 结论与讨论 |
| 3.1 南方根结线虫侵染对烟草活性氧代谢的影响 |
| 3.2 南方根结线虫侵染对烟草苯丙烷类代谢的影响 |
| 3.3 南方根结线虫侵染对烟草谷胱甘肽代谢的影响 |
| 3.4 南方根结线虫侵染对烟草内源激素代谢的影响 |
| 3.5 结论 |
| 第五章 创新点和展望 |
| 1 创新点 |
| 2 展望 |
| 参考文献 |
| 英文摘要 |
（10）辣椒遗传图谱与基因定位研究进展（论文提纲范文）
| 1 辣椒全基因组测序研究概况 |
| 2 辣椒遗传图谱研究进展 |
| 3 辣椒控制主要农艺性状的基因定位 |
| 3.1 辣椒抗病基因定位 |
| 3.1.1 辣椒抗马铃薯y病毒基因 |
| 3.1.2 辣椒抗烟草花叶病毒基因 |
| 3.1.3 辣椒抗黄瓜花叶病毒 (CMV) 基因 |
| 3.1.4 辣椒抗番茄斑萎病毒基因 |
| 3.1.5 辣椒抗疫病、根腐病、叶枯病和猝倒病基因 |
| 3.1.6 辣椒细菌性斑点病抗性基因 |
| 3.1.7 辣椒白粉病和炭疽病抗性基因 |
| 3.1.8 辣椒抗根结线虫基因 |
| 3.2 辣椒控制其他农艺性状基因定位 |
| 4 讨论 |
| 4.1 辣椒遗传图谱作图亲本、群体类型及群体大小 |
| 4.2 辣椒遗传图谱中标记类型、引物设计、标记特点及分布密度 |
| 4.3 辣椒遗传图谱中分子标记的分布、偏分离及假连锁 |
| 4.4 辣椒的直系同源基因、抗性基因与果实性状基因的分布 |
| 5 展望 |
四、Mi-1.2基因同源序列多态性与烟草抗根结线虫的关系（论文参考文献）
- [1]水稻品种MC174抗线虫基因的定位及抗感品种响应拟禾本科根结线虫的转录组分析[D]. 程瑞. 华中农业大学, 2020(05)
- [2]番茄5个抗病基因的检测、聚合及通用引物多重PCR体系的构建[D]. 陈莉菁. 海南大学, 2020
- [3]番茄分离材料抗病分子标记鉴定和多靶点基因编辑育种[D]. 陈左瑞. 华中农业大学, 2020(02)
- [4]黄瓜-酸黄瓜渐渗系抗南方根结线虫病相关基因及分子调控机理研究[D]. 王星. 南京农业大学, 2019(08)
- [5]烟草抗南方根结线虫病的生理生化反应与分子机制研究[D]. 李晓辉. 河南农业大学, 2019(04)
- [6]黑籽南瓜对枯萎病菌侵染的应答机制及NBS类抗病基因筛选[D]. 丁玉梅. 西南大学, 2019(01)
- [7]番茄抗病种质资源的分子鉴定及其抗病性分析[D]. 王明琦. 上海交通大学, 2019(06)
- [8]南方根结线虫免疫抑制效应子的筛选和功能鉴定[D]. 史倩倩. 中国农业大学, 2018(02)
- [9]烟草对南方根结线虫抗性机理研究[D]. 邢雪霞. 河南农业大学, 2018(01)
- [10]辣椒遗传图谱与基因定位研究进展[J]. 宋钊,夏碧波,张白鸽,李颖,徐小万,程蛟文,曹健,胡开林. 分子植物育种, 2018(06)