一、荧光标记STR分型技术检验腐败组织基因型（论文文献综述）
杨暖,刘晓云,黄肖敏[1]（2021）在《土埋40余年股骨用于亲权鉴定的分析2例》文中研究指明陈旧骨骼是高度腐败或白骨化尸检中重要的生物检材,涉及多数为重要案件,如火灾、爆炸、地震、海啸等重大群死群伤案件,迁坟、寻根访祖、考古等民事或历史事件。因陈旧骨骼长期受复杂环境因素的影响,DNA高度降解,核DNA模板含量低、质量差,且存在较多抑制物,对其进行检验较为困难。本文结合日常检案,对2例土埋陈旧股骨在亲权鉴定中的应用进行分析,希望借此为相关研究提供参考价值。
赵龙[2]（2021）在《中-越地方鸡品种的遗传多样性分析》文中提出我国云南、广西一带,是世界上为数不多的红色原鸡主要栖息地之一。凭借着我国劳动人民的智慧,早在三千年前就对红色原鸡进行驯养和培育,衍生出了很多独具特色的地方鸡品种。越南与我国毗邻,地处优越,气候适宜,动物遗传资源非常丰富,也同样拥有很多的地方鸡品种。在“一带一路”的倡导下,通过探究中-越地理位置临近的部分地方鸡品种的遗传多样性和各个群体之间的遗传结构,为中-越地方鸡品种的保种和选育工作提供一定的参考。我们选取了中-越共21个地方鸡品种的534个样本,使用18个微卫星分子遗传标记位点对21个群体的遗传多样性进行了分析,之后选取其中距离比较近的9个中国地方鸡品种和6个越南地方鸡品种进行基因组重测序,使用SNP分子遗传标记对15个地方鸡品种进行遗传多样性的验证分析。具体分析结果如下。1.18个微卫星位点在21个群体中总共检测出377个等位基因,平均每一个位点有20.9440个,其中只有MCW0103位点检测出的等位基因数最少,为6个,其余位点均检测出超过10个等位基因。LEI0094位点检测出的等位基因数量最多,为44个,其多态信息含量也最高,为0.7820。21个群体的Ne值在5.22～9.22之间,其中大围山微型鸡群体最低,霞烟鸡最高。观察杂合度（Obs He）在0.4623～0.7193之间期望杂合度（ExpHe）在0.5964-0.7920之间,多态信息含量（PIC）在0.05531～0.7425之间。2.18个微卫星位点在21个群体内的近交系数（Fis）在-0.0122～0.4850范围内,除了 MCW0111位点和MCW0016位点呈现出杂合子过剩的情况,近交系数为负值,其他位点均显示杂合子缺失,其中MCW0165位点显示近交系数最高,为0.4850,18个位点的平均值为0.1080。21个群体的个体固定系数（Fit）的值在0.0954-0.6387之间,其中MCW01116位点最低,MCW0165位点最高,平均值为0.2569;整个群体的固定系数（Fst）的值在0.1031～0.4124范围内。3.遗传距离（DA）的值在0.2557～0.9494之间,其中越南地方鸡品种GH与云南大围山微型鸡的距离最远,越南地方鸡品种GA与GM之间的距离最近。越南五个地方鸡品种与云南地方鸡品种的遗传距离更近。4.利用Structure程序对21个群体进行群体遗传结构分析,在K=4的时候,5个越南地方鸡品种从群体中分离出来。直到K=12时,也没被分开的亚群有:由龙胜凤鸡、云龙矮脚鸡、腾冲雪鸡、霞烟鸡、大围山微型鸡组成的一个亚群;由西双版纳斗鸡、武定鸡、兰坪绒毛鸡与盐津乌骨鸡组成的第二个亚群;越南鸡的GA品种、GB品种、GM品种、GN品种、GH品种组成的第三个亚群。二次归类分析的过程中,除了五个越南地方鸡组成的第三个亚群,其它地方鸡品种均能各自分离开。5.15个国内地方鸡品种基于SNP分子遗传标记进行群体遗传结构分析,东涛鸡（CT）能够首先从整个群体中分离出来,而中国地方鸡品种与越南地方鸡品种也能较早的分离开。中国的9个地方鸡品种除了腾冲雪鸡与西双版纳斗鸡之间有较为严重的个体混杂情况外,其它群体均能各自聚类,遗传多样性非常丰富。越南六个地方鸡品种关系紧密,总体与茶花鸡的距离比较近。
曹玉杰[3]（2021）在《NGS-STR体系在二级亲缘关系鉴定中的法医学应用研究》文中研究指明目的:近年来随着遗传标记的广泛应用,在日常法医实践检案过程中,除了常规的标准三联体、二联体亲子鉴定案件外,像祖孙、叔侄、半同胞等复杂亲缘关系鉴定诉求也在逐年增加。这类鉴定往往对于受灾者或失踪人员身份不明的遗体识别、扩大犯罪嫌疑人的搜索能力等方面具有重要的应用价值。目前这些复杂亲缘关系鉴定尚未得到有效解决,要解决复杂亲缘关系的鉴识,首先要增加检测的遗传标记的数量,以获得更多的信息。短串联重复（Short tandem repeats,STR）依然是目前法医学人类身份识别的主流遗传标记,本课题组前期应用下一代测序技术（Next generation sequencing,NGS）构建了包含42个常染色体STR基因座及牙釉质蛋白基因（Amel）的复合分型体系。本研究拟对该分型体系在二级亲缘关系的判定进行系统的应用评估研究,以期为NGS-STR分型技术在复杂亲缘关系鉴定中的研究提供基础数据,为解决二级亲缘关系鉴定疑难问题提供新的技术方案。方法:1.二级亲缘关系样本的收集及验证本研究所用10个家系的样本来自本课题组前期收集的家系DNA血液样本以及血卡样本,研究通过河北医科大学医学伦理委员会审核,所有受试者均签署知情同意书。使用E.Z.N.A.DNA Blood Midi kit提取血液样本DNA,并使用Nano-QTM蛋白核酸定量仪对上述样本进行DNA定量;使用试剂盒Goldeneye TM20A、Goldeneye TM22NC、Microreader TM23sp对DNA样本进行PCR扩增,使用ABI 3500遗传分析仪对上述PCR产物进行毛细管电泳获得其准确分型;计算亲权指数或全同胞关系IBS,以验证各样本间的亲缘关系,从中筛选出所有二级亲缘关系对,即祖孙对、叔侄对或半同胞兄弟姐妹。2.NGS-STR体系检测家系样本STR分型采用课题组前期构建的NGS-STR分型体系,基于Illumina MiSeq FGx TM平台对上述二级亲缘关系对内包含的所有样本进行测序及测序数据分析,对样本覆盖深度（Depth of coverage of sample,Do C of sample）、基因座平均覆盖深度（Depth of coverage of locus,Do C of locus）、基因座序列构成比和等位基因覆盖度比（allele coverage ratio,ACR）等参数进行质量评估。比较NGS-STR和CE-STR分型结果,分析两种分型方法的差异,评估NGS-STR分型体系的准确度以及与CE-STR结果的一致性。3.NGS-STR体系在二级亲缘关系鉴定中的阈值界定及效能评估对于上述已经确证为二级亲缘关系的个体对,以及从这些样本中随机抽取的等量无关个体对,计算基于CE-STR与NGS-STR两种检测结果的累积似然比（Cumulative likelihood ratio,CLR）及状态一致性评分（Ide ntity by state score,IBS）,分析两个参数在二级亲缘关系对与无关个体对中的分布情况,设置认定或排除二级亲缘关系与无关个体的判断阈值,评估既定阈值下的系统效能。结果:1.NGS测序数据质量评估:（1）将构建好的文库进行Lab Chip?GX Touch24片段质检,实验结果表明:文库既没有小片段接头峰也没有大片段的拖尾峰,与文库质检预期峰图相吻合;（2）7500实时定量结果表明,空白对照孔CT值大于29、标准曲线斜率范围为-3.1～-3.5、各复孔间的标准差小于0.4、扩增效率范围为90%～110%,以上数据表明文库质检合格;（3）本实验过程采用MiSeq FGx TMMicro芯片以RUO（Research Use Only Run）模式在Miseq FGx TM测序平台进行四次双端（Pair-End,PE）PE300测序。下机数据主要质控指标:簇密度（Cluster density）、簇通过率（Clusters Passing Filter）和碱基质量分数（Quality Score）Q30、平均值分别为1348.25 K/mm2、87.58%和91.5%,上述指标均符合Illumina官方认定测序数据可用结果;（4）覆盖深度:样本覆盖深度最高达1065184×,最低为2665×,所有样本平均Do C为147207±70720×（mean±SD）;平均基因座覆盖深度最低为基因座D20S470,其值为1730±2030×（mean±SD）,最高为基因座TH01,其值为9866±10562×（mean±SD）;基因座D21S11的平均Do C离散程度最大,不稳定性最高,基因座D2S441平均Do C离散程度最小,具有较好的稳定性;（5）基因座序列构成比:将分析阈值界定为5 reads、10 reads、20 reads、30 reads、40 reads和单个位点上总数据的5%,对不同阈值情况下的Allele、Stutter和Noise的数量进行计算和差异比较。结果显示:随着分析阈值的严格化,其真实等位基因的检出率相对增加。（6）等位基因覆盖度比:将分析阈值界定为5 reads、10 reads、20 reads、30 reads、40 reads和单个位点上总数据的5%,结果表明:随着分析阈值的增加,各基因座平均ACR大小分布呈现差异性,在5 reads分析阈值下,平均ACR最高的基因座为TPOX,为0.82;基因座D20S470的平均ACR最低,仅为0.48;（7）样本一致性研究:根据国际法医遗传学会的命名指南和相关文献中提出的核心序列重复次数修正算法对该体系所有基因座进行命名[1],并将NGS-STR数据和CE-STR分型结果比较,统计结果发现以5 reads的分析阈值进行分析,若只考虑长度多态性,在73个样本的3066个基因座中,有3305个位点（99.64%）NGS测序结果与CE结果一致。在这些分型一致的基因座中,采用CE-STR方法共检测到349个等位基因,而若同时考虑序列多态性,NGS-STR检测到501个等位基因,较CE多检出152个同等位基因（Isoallele）。在24个基因座中出现了同等位基因,其中新增等位基因最多的基因座是D13S317,占该位点原有等位基因总数的160.00%。2.NGS-STR体系在二级亲缘关系鉴定中的阈值界定及效能评估（1）IBS及CLR分布情况:在10个家系中,共确定祖孙关系47对,叔侄关系87对,共涉及83个样本。其中10个样本测序结果较差,无法得到准确分型结果,故基于剩余的73个样本进行后续分析。基于CE结果以及NGS结果,分别计算这73个样本构成的115对二级亲缘关系对和随机等量无关个体对的IBS、CLR,结果发现,使用IBS指标,无论CE方法还是NGS方法,二级亲缘关系对与无关个体对之间均有较大的重叠空间;而采用CLR指标,重叠空间明显减小,表明CLR指标的鉴别能力优于IBS。而且NGS方法较CE方法区分二级亲缘关系与无关个体的能力明显提高。（2）认定祖孙和/或叔侄关系的阈值:针对认定祖孙和/或叔侄关系,使用Log10（CLR）值的分布结果分别设置了两组判断阈值。诊断试验结果表明,如果将Log10（CLR）≥2作为认定二级亲缘关系的阈值,则42STRs-CE的假阳性率为0.00%,灵敏度为72.17%;42STRs-NGS的假阳性率为0.00%,灵敏度为81.74%;当上述界值为1时,两系统假阳性率不变,42STRs-CE的灵敏度增至90.43%;42STRs-NGS增至90.43%。无论是42STRs-CE体系还是42STRs-NGS体系在认定二级亲缘关系时,在较低阈值范围内其假阳性率皆为0.00%,而其灵敏度随着判定阈值要求的增高有所下降。（3）排除祖孙和/或叔侄关系的阈值:如果将Log10（CLR）≤-1作为排除二级亲缘关系的阈值,则42STRs-CE的特异度为84.35%,假阴性率为2.61%;42STRs-NGS的特异度为89.57%,假阴性率为2.61%;若将Log10（CLR）≤-2作为排除二级亲缘关系的阈值,则42STRs-CE的特异度减至67.83%,假阴性率为0.00%;42STRs-NGS的特异度减至81.74%,假阴性率为0.87%。随着阈值逐渐降低,42STRs-CE体系和42STRs-NGS体系的特异度均有所下降,整体来看42STRs-NGS体系在排除二级亲缘关系时的特异度要好于42STRs-CE体系。综上,将灵敏度较高的Log10（CLR）值设为认定二级亲缘关系的最低阈值,特异度较高的Log10（CLR）值设为排除二级亲缘关系的最高阈值。在这种策略下,我们确定Log10（CLR）≥1、Log10（CLR）≤-1分别作为42STRs-NGS体系认定和排除祖孙和/或叔侄关系的阈值。参考《生物学全同胞关系鉴定实施规范》的标准,引用检测系统效能（Power of the genotyping system）概念。在上述阈值下,230对样本中有20对（8对祖孙/叔侄、12对无关个体）无法给出倾向性意见,即检测系统效能约为91.30%;在得出的倾向性鉴定意见的210对中,有3对错判（均为祖孙/叔侄错判为无关个体）,即得出倾向性意见时准确率为98.57%。结论:本研究应用实验室前期构建的包含42个常染色体STR和Amelogenin基因的NGS-STR分型体系检测115对祖孙/叔侄样本,评估该体系在二级亲缘关系鉴定中的法医学应用价值,得到以下结论:该NGS-STR体系在本实验室具有良好的稳定性,与CE结果具有较好的一致性,并能同时检测到更多的同等位基因,提高了系统效能;应用该分型体系进行二级级亲缘关系判定研究,以Log10（CLR）≥1、Log10（CLR）≤-1分别作为认定或排除的判断阈值,灵敏度为90.43%、特异度为89.57%,假阳性率为0%,假阴性率为2.61%;检测系统效能约为91.30%,得出倾向性意见时准确率为98.57%。可以较好地区分祖孙和/或叔侄与无关个体,为二级亲缘关系鉴定提供了新的基础数据与技术方案。
綦霞[4]（2021）在《因多基因遗传疾病发生风险评估而构建的STR分析模型及实验基础》文中认为背景和目的:短串联重复序列（short tandem repeat,STR）是一种可遗传的短核苷酸重复序列,具有在基因组中分布广泛、高度多态性、高杂合度、低突变率、检测简便快速等优点。自被开发利用以来,已广泛应用于法医学鉴定、遗传制图、疾病基因定位、遗传病的诊断和肿瘤生化与分子生物学研究等诸多领域,是目前应用最广泛的遗传标记。本文根据个体程序化发病理论,研究癌症的发生与STR多态性的关联并建立癌症死亡遗传风险的评估方法;基于STR模型建立多基因遗传现象遗传风险评估方法;探讨胃癌组织STR变异类型和规律并确定肿瘤组织的微卫星不稳定性;研究胃癌患者微卫星不稳定与HLA基因多态性的相关性并探讨可能的机制。方法:1.选取2016年9月至2017年6月大连市第三人民医院经术后病理确诊的肺癌患者50例（男27例,女23例）和肝癌患者50例（男33例,女17例）作为癌症组,选取大连地区健康献血者200例（男100例,女100例）作为对照组。采血并提取基因组DNA后用STR分型技术检测15个STR基因座位,采用Cox回归评估携带或不携带等位基因癌症患者发病年龄的差异,确定患者平均发病年龄有差异的STR等位基因。再采用Logistic二元回归进行交叉验证,确定癌症组与对照组有显着差异的等位基因,找到与癌症相关STR等位基因。将病例对照研究结果转化为队列研究结果,根据死因构成比计算携带两个、一个或不携带癌症相关STR等位基因的个体患肺癌和/或肝癌死亡的概率。2.选取2018年1月至2018年12月到大连市血液中心进行亲子鉴定并证实为亲子关系的396组儿童及其亲生父母的血样,提取基因组DNA后用STR分型技术检测19个STR基因座位,将一个STR基因座位中两个等位基因的串联重复次数模拟为某种疾病发病的定量遗传强度,个体的19个STR基因座位的串联重复次数总和则是该个体的定量遗传强度。计算儿童及其父亲、母亲之间的STR阈值,将前四分之一阈值范围赋值为“1”,而其他样本赋值为“0”。根据有或无疾病组父母所生子女的患病率差异计算遗传一致率,将观察到的遗传一致率与预期的遗传一致率的比值定义为遗传指数,建立STR模型。另选择121名儿童及其亲生父母作手指交叉试验对STR模型进行验证,数据来自于自我报告或电话访谈。3.收集2018年9月至2019年8月大连医科大学附属一院经术后病理确诊为胃癌的患者35例（男23例,女12例）,胃癌石蜡包埋组织来源于病理科,相应的血液样本来源于检验科。采血并提取基因组DNA后用STR分型技术检测所有样本的21个STR基因座位,对比同一个体的肿瘤组织与血液样本的STR分型结果,记录STR变异位点和类型并进行相应的统计,确定MSI和LOH表型。4.对MSI胃癌患者的肿瘤组织和血液样本DNA进行HLA-A、-B、-DR基因座位的扩增,用PCR-SBT技术对HLA-A、-B位点等位基因测序并比较基因频率,网上搜索美国国立医学图书馆文献检索系统NCBI、蛋白质结构数据库PDB以及PROSITE数据库并结合Discovery Studio（DS）软件来分析预测HLA-B*44、HLA-A*02这两种HLA分子与TCR之间的相互作用。结果:1.通过Cox回归和Logistic回归交叉验证,证实D18S51-20为肺癌相关等位基因,D21S11-30.2和D6S1043-18为肝癌相关等位基因。携带或不携带D18S51-20、D21S11-30.2、D6S1043-18等位基因的个体因患癌症死亡的概率为0.115至0.395。2.396名儿童的个体定量遗传强度用条形图表示后可形成近似正态分布的曲线,表明个体定量遗传强度符合多基因遗传现象,经Kolmogorov-Smirnov检验遵循正态分布（p>0.05）。将手指交叉试验的数据代入STR模型,当CHe为0.221时可得到HI为0.950。3.与胃癌患者血液样本STR分型结果相比,同一个体肿瘤组织中可观察到等位基因增加、新等位基因、完全杂合性丢失和部分杂合性丢失4种STR变异类型,前三种可引起基因型改变。21个STR基因座位的变异率为1.43～10.00%,D19S433基因座位变异率最高（10.00%）。35例胃癌患者中有23例肿瘤组织STR等位基因发生了变异,变异率为65.71%（23/35）。只有等位基因增加检出6例,既有等位基因增加又有新等位基因变异检出2例,这两种变异类型均代表着微卫星不稳定性。单独杂合性丢失检出9例,既有微卫星不稳定性又有杂合性丢失的变异为6例。微卫星不稳定性的总发生率为40.00%（14/35）。将大于等于两个基因座位发生微卫星不稳定变异定义为微卫星高度不稳定性（6例）。4.对14例MSI胃癌患者肿瘤组织和血液样本的DNA进行HLA-A,-B,-DR位点的PCR扩增和电泳,显示肿瘤组织的A、B位点扩增结果为阴性,DR位点扩增结果为阳性;而同一个体血液样本A、B、DR位点扩增结果均为阳性。对14例胃癌患者血液样本HLA-A、-B位点测序后计算等位基因频率,HLA-B*44的基因频率（0.1071）高于文献报道的基因频率（0.0205）,经非参数检验中的二项检验分析,两者有统计学差异（p=0.019,p<0.05）。从生物信息学角度分析发现,HLA对TCR的亲和性排序为:HLA-B*44>HLA-A*02。HLA-B*44和TCR形成非键相互作用的主要位点为82GLU、86ARG、89GLN,而HLA-A*02在这三个位点没有和TCR形成主要的非键相互作用。但两种分子也存在着共同位点（93位、96位、100位、103位）的驱动力来稳定与TCR的结合。结论:1.根据程序化发病理论和STR遗传标记分析可以创建一种有效的评估个体遗传风险的分析方法,并可以用来评估个体癌症死亡遗传风险。2.成功建立了可以分析多基因遗传现象的STR模型并用实际家系调查资料（手指交叉试验）证实STR模型的准确性。可用STR模型评估多基因遗传现象在一级亲属中的遗传风险或评估多基因遗传现象在不相关人群中的发生率。3.肿瘤组织可能存在STR基因型改变;通过比较肿瘤组织和血液样本STR等位基因的变异情况可能确定胃癌MSI表型。STR遗传标记有可能作为胃癌患者的诊断标记物和免疫治疗敏感性标记物。4.HLA-B*44可能与胃癌MSI表型存在相关性,具有高度多态性的HLA I类分子的缺失可能与肿瘤的发生、发展、免疫疗法疗效预测有关。5.造成HLA-B*44-TCR复合物的结合亲和力比HLA-A*02-TCR复合物的结合亲和力更强的位点可能是82位、86位、89位,而93位、96位、100位、103位这四个位点对于HLA与TCR结合比较重要,如果在此处发生突变,容易导致驱动力的减弱或丧失,增加肿瘤免疫逃逸的风险。
陈松,赵禾苗,凃政,周红[5]（2020）在《法医遗传学群体遗传数据研究与发表规范》文中研究说明群体遗传数据是法医遗传学的重要组成部分,对丰富中国人群的遗传多态性资料,评估遗传标记的个体识别能力、系统效能、法庭证据价值等起到重要作用。群体遗传数据的研究和发表要遵循国际通行做法。本文综述人类群体遗传数据研究的规范;介绍国际知名期刊对群体遗传数据报道的基本要求和法医学领域顶级期刊对群体遗传数据的质量审核,以及伦理审查相关法规指南。探讨了国内期刊发表线粒体DNA、Y-染色体遗传标记、常染色体-STR等群体遗传数据论文的若干问题。
杨青[6]（2020）在《DIP-STR在不平衡混合DNA样本分析中的应用研究》文中研究表明研究背景 自20世纪80年代DNA分型技术问世以来,法庭科学领域产生了重大变革,作为刑事科学技术的一个重要组成部分——法医DNA技术在打击犯罪中发挥着越来越重要的作用。利用DNA技术可以对犯罪现场提取的各类生物检材进行鉴定,包括毛发、精液、骨骼、烟头、衣物等现场物证（斑迹或组织）。随着法医DNA技术的蓬勃发展,微量DNA或降解的DNA样本检验也能得到较理想的分型。混合斑是常见的非单一来源且组分不确定的生物物证,尤其存在大量高度不平衡的混合DNA样本,在实际工作中,它们给检验鉴定工作带来极大困难,甚至导致检验结果无法有效支撑案件侦办。现代法医物证实验室常规的检测方法是基于广泛分布于常染色体DNA上的具有良好多态性的短串联重复序列（short tandem repeat,STR）位点原理,但该方法通常在混合DNA样本组分比例超过10﹕1时,便无法准确读取次要供体DNA的分型结果。例如,性侵和暴力犯罪等案件中的供体DNA比例不均衡,常规STR检测方法难以获得混合DNA中次要供体的分型信息。造成这些现象的原因主要是混合斑中受害者的DNA与犯罪嫌疑人DNA比例不均衡导致PCR扩增掩蔽效应,主要供体DNA样本信号干扰次要供体DNA次要供体DNA样本,使得混合样本中较微量的DNA样本无法得到充分扩增和检测从而得出分型,以致影响鉴定结果的出具和案件侦办,甚至在诉讼环节无法起到有效的证据作用。近年来研究表明新型连锁遗传标记DIP-STR,即将缺失或插入多态性片段DIP（deletion insertion polymorphisms,DIP）和短串联重复序列STR的遗传标记相结合,利用法医实验室现有的分型检测设备,通过连锁标记等位基因特异性引物可以靶向结合混合DNA样本中次要的DNA进行PCR扩增,以打破扩增掩蔽效应。具有良好灵敏性的DIP与具有多态性的STR连锁,使得DIP-STR标记具备较高的灵敏度、特异性,即使在混合DNA样本混合比例高达1000﹕1时,仍然可以得到相对理想的结果。该方法不但打破了扩增掩蔽效应,还不受混合斑中DNA供体的性别限制。因此该技术在解决混合DNA检验的难题上被认为有较大的潜力。然而,目前国内外报道的DIP-STR遗传标记数量十分有限,大大限制了其辨别能力和实战应用,为了解决这个问题,亟需探索更多的DIP-STR位点并构建DIP-STR标记组,以利用足够的基因座实现较高的辨别能力。目的 筛选并验证新的DIP-STR遗传标记,优化连锁标记扩增体系,构建一体化的技术平台,进一步探索该类遗传标记在不平衡混合DNA样本中应用的潜力。方法 （1）通过查阅数据库和文献,结合文献报道的研究方法,制定筛选标准并预筛标记位点。（2）根据预筛出的位点,利用Primer 3软件设计目标位点的特异性引物,构建扩增体系;DNA产物测序比对以优化对应引物及体系,进一步筛选位点。（3）随机采集200名中国人群个体样本,对二次筛选所得位点进行多态性检验并利用Powerstats V12（Promega）软件,计算DIP-STR等位基因频率和DIP-STR基因型相应的随机匹配概率;结合群体数据结果和测序结果设计DIP-STR专用的Panel、bins各项参数以实现自动化分析。（4）利用不同浓度梯度的单一来源DNA样本,探究各单一标记的检测阈值。（5）模拟制备两个个体不同配比的混合DNA样本,进行DIP-STR遗传标记的灵敏度检测。结果 （1）在预筛出的5个DIP-STR遗传标记位点中,有3个位点扩增检测结果理想且信息性标记概率（I值）较高,表明其在个体识别方面有一定的应用前景。（2）经实验分析,上述3个位点间的遗传多态性及个人识别能力不同,可进一步在实际案件检验中试用。（3）单一来源DNA样本的检测阈值最低可至0.005ng。（4）通过DIPSTR遗传标记和常染色体STR遗传标记的比较研究发现:混合样本中,当组分倍比差异增大时,常染色体STR标记由于大量的主要供体DNA干扰难以对次要供体的微量DNA进行基因型鉴定,而DIP-STR遗传标记则体现出一定的优越性,最高可在1﹕1000的比例下检测到次要供体的微量DNA。结论 通过筛选,本研究获得了3个灵敏度和特异性均较好的DIP-STR遗传标记,其在一定人群中也表现出较好的多态性,它们在混合DNA样本尤其是不平衡混合DNA样本检验中具有一定的应用价值。
李雁达[7]（2020）在《延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究》文中研究指明目的:通过对延边地区朝鲜族群体常染色体20个STR基因座的遗传多态性调查及统计学分析,调查其等位基因和基因型分布频率以及相关群体遗传学参数,观察20个STR基因座在朝鲜族群体中法医学鉴定适用性。并且通过与国内外其他群体的比对,确定朝鲜族群体的民族遗传特性,为中国朝鲜族群体遗传数据库的建立提供基础数据。方法:收集200名延边地区朝鲜族无关个体的口腔拭子,采用Chelex-100法提取样本DNA。按照PowerPlex21 System试剂盒的使用说明,对获取的DNA样本进行复合扩增,扩增产物用ABI PRISM 3100自动遗传分析仪进行毛细管电泳检测,用GeneMapper ID 3.2基因分析软件和WEN ILS 500 内标进行数据处理和分型。用Modified-Powerstates标准版对20个STR基因座的分型结果进行等位基因和基因型频率、杂合度、个人识别力、基因多样性及非父排除率等法医遗传学参数的统计和Hardy-Weinberg平衡检验。同时,选用POPTREE2软件对朝鲜族与韩国人、日本人及国内汉族、苗族（2个地区）、土家族、哈萨克族、回族、蒙古族、仡佬族、哈尼族、傣族、壮族等13个群体进行遗传多态性对比分析,计算群体之间的遗传距离,并按照Neighbour-Joining（N-J）法设计的研究模式绘制系统进化树和UPGMA法聚类分析。结果:200名延边地区朝鲜族群体的遗传多态性调查结果,20个常染色体STR基因座中共检出220个等位基因,等位基因频率分布于0.003-0.515之间;共检出675种基因型,基因型的频率分布于0.005-0.320之间;多态信息总量（PIC）分布于0.600-0.910之间,杂合度（H）分布于0.640-0.950之间（平均杂合度为0.691）,个人识别力（DP）分布于0.809-0.984之间,累计个人识别力（TDP）大于0.999999999,非父排除率（PE）分布于0.342-0.898之间,累计非父排除率（CPE）大于 0.999999999。延边地区朝鲜族与其他13个民族群体遗传多态性对比结果,同民族韩国人群之间的遗传距离最近（0.006）,壮族之间的遗传距离最远（0.119）。系统发生树显示结果,延边朝鲜族、韩国人群及日本人归为一类,贵州和云南苗族归为一类,云南壮族、云南哈尼族及云南傣族归为一类,贵州仡佬族、湖南土家族及河南汉族归为一类,宁夏回族、内蒙古蒙古族及新疆哈萨克族归为一类,符合不同民族之间及不同地区之间群体分化规律。结论:PowerPlex21 System系统20个常染色体STR基因座等位基因及基因型频率分布较均匀,具有较高个人识别力和非父排除率,适合中国朝鲜族群体法医学的鉴定和遗传学研究。延边朝鲜族与其他群体之间均存在不同程度的差异性,本次研究结果,不仅为朝鲜族遗传数据库的建立提供基础数据,而且再次阐明了建立群体数据库的必要性。
田娜[8]（2020）在《《中国药典》动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法研究》文中提出动物药材是中药资源的重要组成部分。与植物药材相比,动物药材常为多基原,多缺乏专属性次生代谢产物。其基原不清、专属性鉴别手段缺乏,一直是动物药材鉴别的难点。近年来,随着分子鉴定技术的发展,多种DNA鉴别手段已用于动物药材的真伪鉴别,特异性PCR技术、DNA条形码技术等先后被《中国药典》收载,成为法定检测依据。然而,这些DNA鉴别方法难以兼顾通用性和特异性,且目前的这些DNA鉴别方法只关注“鉴真”的问题,无法检出是否同时存在混伪品,限制了其进一步推广及应用。本研究根据动物药材自身特点,基于STR分型原理,建立了一种简单易用,既具通用性又具特异性的通用DNA指纹图谱鉴别方法,用于动物药材正伪鉴别、正伪掺杂品鉴别与正伪掺杂品定量鉴别。主要研究内容和结果如下:一、2015年版《中国药典》一部收载的动物药材来源于14个纲78个物种。本研究首先对《中国药典》一部收载的动物药材进行全面收集（包括原动物样本、中检院的对照药材）,本研究收集到了48味动物药材,59个物种。每个物种至少三个重复,共获得样品174批。样品经形态鉴别,并通过DNA测序佐证,以保证其物种基原的准确性。通过分析Genbank下载的57个动物药材全线粒体基因组序列,进行序列对齐后分析获得同源基因,从同源基因高变异区域两端保守序列设计出16对通用扩增引物,进行扩增成功率和荧光STR分型成功率测试,最终筛选出4对可在2015年版《中国药典》一部动物药材中成功获得STR分型鉴别图谱的通用引物对。用筛选出的引物对动物药材进行荧光STR分型,获得2015年版《中国药典》一部中动物药材物种DNA指纹图谱鉴别数据集,各物种具有不同的鉴别图谱,可相互鉴别。二、以胆粉类药材为例,阐述动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法对真伪及掺杂药材的鉴别应用。收集猪、牛、羊、鸡、鸭、鹅、蛇、熊、鱼原动物或胆粉样本,提取DNA,使用筛选出的荧光素标记的引物对12S-L1091/12S-H1478和16S-L3428/16S-H3667进行PCR扩增、荧光STR分型和数据分析。结果各物种的STR指纹图谱不同,可进行物种鉴别,且DNA指纹图谱上能同时反映正品和伪品的信息,可鉴别正伪掺杂品。混合样品STR图谱迁移峰具共显性,能够同时显示出多个扩增片段信息,且多个样本混合的多元掺杂胆粉样本（猪胆粉、牛胆粉、羊胆粉、鸡胆粉、鸭胆粉、鹅胆粉、蛇胆粉、鱼胆粉、熊胆粉）的鉴别中,DNA指纹图谱可以同时显示出各物种相应的迁移峰。三、以复杂的多基原地龙类药材鉴别为例,探索动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法在复杂近缘物种中的种属鉴别及对正伪掺杂样品的定量（半定量）鉴别潜力。收集地龙类药材（15个物种,175批样品）,进行DNA提取后,用筛选出的三对通用DNA指纹图谱鉴别引物（12S-L1739/12S-H2175,12S-L1091/12S-H1478和16S-L3428/16S-H3667）对地龙类动物药材进行荧光STR分型和数据分析,获得DNA指纹图谱。结果4种地龙正品参环毛蚓、通俗环毛蚓、威廉环毛蚓、栉盲环毛蚓使用以上三对引物分别出现389.7,396.2,394.7,391.4 bp（引物12S-L1739/12S-H2175）;410.9,416.7,415.9,411.8 bp（引物12S-L1091/12S-H1478）;162.8,164.1,164.2,163.7 bp（引物16S-L3428/16S-H3667）的迁移峰,11种伪品均出现与正品迁移位置不同的迁移峰,通过3对通用STR分型结果形成的DNA指纹图谱,可以准确鉴别地龙正品及混伪品的物种基原。按照11种不同的浓度比例将正品地龙与伪品地龙DNA混合,通过筛选出的引物12S-L1739/12S-H2175对其进行STR分型。再按照相同的浓度比例将正品地龙与伪品地龙的扩增产物混合并分型,作为混标结果。比较实际、混标实验DNA指纹图谱正品与伪品地龙峰面积比值与混合DNA浓度比值,结果混标实验比例更接近混合DNA的浓度比值。但总体上三者比例相似,实现了地龙类药材正伪掺杂品的定量鉴别。综上所述:本研究初步建立了2015年版《中国药典》一部动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法,并形成了参考DNA指纹图谱集,该方法可实现对动物药材正品、伪品及正伪掺杂品的DNA鉴别,并对正伪掺杂品定量鉴别进行了研究。该方法为动物药材的鉴定研究提供了新方法,为保障临床用药安全、有效奠定了良好基础。
余成晨,沈玉帮,徐晓雁,王荣泉,李家乐[9]（2021）在《草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证》文中认为生长性状是水产动物遗传育种中的重要经济性状,利用与性状相关的分子标记与育种相结合的手段,可以大大加速育种进程。在对草鱼生长性状的前期研究中,采用数量性状位点（QTL）定位的方法,在1号连锁群中发现了2个与生长相关的QTL。在此基础上,实验利用这2个QTL侧翼的2对微卫星标记（CID3912、CID1512、CID9731和CID2541）,对长江草鱼选育群体的480个个体进行分析,以期基于草鱼QTL定位结果,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中进行验证。结果显示:（1）4个微卫星标记在该群体中均具有高度多态性,其中各位点观测等位基因数（Na）为12～23个,有效等位基因数（Ne）为4～12个,观测杂合度（Ho）为0.607～0.904,期望杂合度（He）为0.751～0.902;（2）利用方差分析及多重比较对4个多态性的微卫星标记与选育草鱼群体的生长性状（体质量和体长）进行关联分析,发现CID3912在雌性个体中,各基因型与体质量和体长之间均无显着差异;而在雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间差异显着。CID1512、CID9731和CID2541在雌性或雄性个体中,各基因型与体质量和体长之间均具有显着差异。研究表明,对草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证结果,为进一步开展草鱼生长性状QTL定位研究和基于QTL结果的分子标记辅助育种（MAS）实践奠定理论基础。
张耀月[10]（2020）在《21-三体与克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究》文中研究指明目的:明确21-三体综合征（唐氏综合征,DS）患者常染色体座短串联重复序列（STR）分型中D21S11和Penta D基因座的不同三等位基因图谱特征,探讨应用GoldenEyeTM 20A试剂盒快速检测DS的可行性。方法:以外周血染色体核型分析确诊的DS患者及亲子鉴定案例中正常个体为研究对象,采用Qiagen blood mini试剂盒提取外周血有核细胞DNA,Golden-EyeTM 20A试剂盒多重荧光复合聚合酶链反应（PCR）,3500-DX遗传分析仪进行毛细管电泳,GeneMapper ID-X 1.4软件分析数据确定19个常染色体基因的STR分型,并经峰面积、峰高及其比值,分析STR分型图谱特征。结果:G显带染色体核型分析,确定94例DS患者21号常染色体为三条染色单体。与100例正常人STR分型结果中未见三等位基因不同,94例DS患者中,D21S11基因座分别出现三峰型三等位基因45例、双峰型三等位基因38例和单峰型三等位基因11例,仅通过D21S11基因座三等位基因判断DS检出率为47.87%。Penta D基因座分别出现三峰型三等位基因34例、双峰型三等位基因49例和单峰型三等位基因11例,仅通过Penta D基因座三等位基因判断DS检出率为36.17%。联合两个基因座分析,D21S11和Penta D基因座均为三峰型、双峰型和单峰型三等位基因者为33例,D21S11或Penta D其中之一为三峰型或双峰型三等位基因,且另一基因座为双峰型或单峰型三等位基因59例;不符合双基因座双峰型三等位基因者2例,联合两个基因座的DS检出率可达97.87%。结论:联合应用GoldenEyeTM 20A试剂盒中的D21S11和Penta D基因座,DS患者存在6种不同三等位基因表现形式,大大提高阳性检出率,对DS快速检测具有良好的应用前景。目的:应用Golden Eye TM 20A试剂盒与短串联重复序列（STR）分型,探讨AMEL基因座STR图谱特征在KS特殊疾病人群法医学鉴定和临床快速检测中的潜在应用价值。方法:检材来源以染色体核型分析确诊为KS患者为研究对象,使用Qiagen blood mini试剂盒提取患者外周静脉血DNA,使用Golden Eye TM 20A试剂盒进行复合聚合酶链反应（PCR）,使用3500-DX遗传分析仪进行毛细管电泳,Gene Mapper ID-X 1.4软件分析KS患者STR分型图谱,确定AMEL基因座图谱特征。结果:染色体核型分析显示,正常男性为46,XY,而32例KS患者中,31例为纯合型47,XXY,1例突变型47,XXY,15cenh+。19个常染色体STR分型图谱未见明显异常,28例KS患者性染色体上的AMEL基因座X/Y的峰高、峰面积比值>1.65,判断为性染色体AMEL的X等位基因比例增高,即X染色体数目的增加;4例KS患者AMEL基因座X/Y的峰高比值介于0.82至1.64之间,其中1例X/Y的峰面积>1.65。依据X/Y峰面积比值或联合X/Y峰高比值判断,使用Golden Eye TM 20A试剂盒检测KS的检出率分别为93.55%和90.32%,KS患者的X/Y峰面积比值和峰高比值明显高于正常男性。结论:通过分析Golden Eye TM 20A试剂盒中性染色体AMEL基因座X、Y峰高、峰面积的图谱特征可较好的发现KS患者特殊人群的DNA遗传特征,KS检出率可达90%以上,STR分型技术在KS临床快速检测中具有一定应用价值。
二、荧光标记STR分型技术检验腐败组织基因型（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、荧光标记STR分型技术检验腐败组织基因型（论文提纲范文）
（1）土埋40余年股骨用于亲权鉴定的分析2例（论文提纲范文）
| 1 案例材料 |
| 1.1 简要案情 |
| 1.2 样本形态 |
| 1.3 DNA检验 |
| 1.3.1 骨骼处理 |
| 1.3.2 DNA提取与定量 |
| 1.3.3 PCR扩增与电泳 |
| 2 结果 |
| 2.1 STR基因位点检测结果 |
| 2.2 分析说明 |
| 2.3 鉴定意见 |
| 3 讨论 |
| 3.1 检材特殊性 |
| 3.2 实验关键性 |
| 3.3 案件风险性 |
（2）中-越地方鸡品种的遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词 |
| 第1章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 中-越地方鸡品种资源简介 |
| 3 畜禽品种鉴定的概述 |
| 4 微卫星标记 |
| 4.1 微卫星概述 |
| 4.2 微卫星分型技术 |
| 4.3 微卫星标记的优点 |
| 4.4 微卫星标记的不足 |
| 4.5 微卫星标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
| 5 SNP标记 |
| 5.1 SNP标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
| 6 本研究的目的及意义 |
| 第2章 中-越地方鸡品种的遗传多样性分析 |
| 1 实验材料及分析方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 微卫星荧光引物筛选 |
| 1.3 实验仪器与试剂 |
| 1.3.1 主要仪器和设备 |
| 1.3.2 主要试剂 |
| 1.4 实验用鸡血液样本DNA提取 |
| 1.5 PCR反应体系建立 |
| 1.6 STR基因分型检测 |
| 1.6.1 电泳检测 |
| 1.6.2 STR检测 |
| 1.7 统计学原理 |
| 1.8 基因型判定方法 |
| 1.9 聚类方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 样本基因组提取 |
| 2.2 STR基因分型检测 |
| 2.3 微卫星位点的遗传学参数 |
| 2.4 群体遗传学参数 |
| 2.4.1 等位基因数 |
| 2.4.2 多态信息含量 |
| 2.4.3 杂合度 |
| 2.5 F统计量 |
| 2.6 遗传距离 |
| 2.6.1 基于遗传距离的聚类分析 |
| 2.7 PCA分析 |
| 2.8 群体遗传结构分析 |
| 2.9 特有等位基因型及品种鉴定 |
| 2.9.1 特有等位基因及频率 |
| 2.9.2 基因型赋值以及品种鉴别标签的构建 |
| 3 讨论 |
| 3.1 各群体的样本含量 |
| 3.2 SSR引物的选择及标记 |
| 3.3 群体遗传学参数与遗传距离 |
| 3.4 PCA分析 |
| 3.5 群体遗传结构分析 |
| 第3章 全基因组重测序检验分析部分地方鸡品种的群体遗传结构 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.1.1 血液基因组提取 |
| 1.2 全基因组重测序 |
| 1.2.1 群体进化简介 |
| 1.2.2 全基因组重测序群体进化 |
| 2 实验流程 |
| 2.1 样品检测 |
| 2.2 文库构建 |
| 2.3 库检 |
| 2.4 上机测序 |
| 2.5 主成分分析 |
| 2.6 群体遗传结构分析 |
| 2.7 群体进化树分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 主成分分析 |
| 3.2 群体遗传结构分析 |
| 3.3 系统发育树分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 主成分 |
| 4.2 群体遗传结构 |
| 4.3 系统发育树 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（3）NGS-STR体系在二级亲缘关系鉴定中的法医学应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 综述 复杂亲缘关系鉴定的研究现状及展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（4）因多基因遗传疾病发生风险评估而构建的STR分析模型及实验基础（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 参考文献 |
| 第一章 根据程序化发病理论对个体进行遗传风险分析(以肺癌和肝癌为例) |
| (一)材料与方法 |
| 1.材料 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 主要试剂和仪器 |
| 1.2.1 主要试剂 |
| 1.2.2 主要仪器 |
| 2.方法 |
| 2.1 DNA的提取 |
| 2.2 DNA浓度及纯度检测 |
| 2.3 STR等位基因的检测 |
| 2.4 数据分析 |
| (二)结果 |
| 1.用 Cox回归对肺癌患者的发病年龄进行评估并用 Logistic回归进行交叉验证 |
| 2.用 Cox回归对肝癌患者的发病年龄进行评估并用 Logistic回归进行交叉验证 |
| 3.根据携带的癌症相关等位基因频率计算癌症死亡概率 |
| (三)讨论 |
| (四)结论 |
| (五)参考文献 |
| 第二章 利用STR模型评估多基因遗传疾病遗传风险的研究 |
| (一)材料和方法 |
| 1.材料 |
| 1.1 实验对象 |
| 1.2 主要试剂和仪器 |
| 2.方法 |
| 2.1 分析模型的理论基础 |
| 2.2 STR等位基因的检测 |
| 2.3 建立STR模型 |
| 2.4 遗传指数 |
| 2.5 将手指交叉试验数据作为HI的实际数据 |
| (二)结果 |
| 1.STR分型结果 |
| 2.儿童的STR个体遗传强度呈正态分布 |
| 3.手指交叉试验验证STR模型 |
| (三)讨论 |
| (四)结论 |
| (五)参考文献 |
| 第三章 利用STR分型技术评价肿瘤组织的微卫星DNA异常(以胃癌为例) |
| (一)材料与方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.主要试剂和仪器 |
| 2.1 试剂 |
| 2.2 仪器 |
| 3.方法 |
| 3.1 全血DNA的提取 |
| 3.2 石蜡切片组织 DNA 的提取 |
| 3.3 DNA质量检测 |
| 3.4 STR等位基因的检测 |
| (二)结果 |
| 1.血液样本和肿瘤组织的STR分型结果 |
| 2.胃癌组织STR变异类型 |
| 2.1 等位基因增加(Additional alleles,Aadd) |
| 2.2 新等位基因(New alleles,Anew) |
| 2.3 完全杂合性丢失(complete loss of heterozygosity,LOH) |
| 2.4 部分杂合性丢失(partial loss of heterozygosity,pLOH) |
| 3.STR等位基因变异的统计 |
| 4.STR变异例数的统计 |
| (三)讨论 |
| (四)结论 |
| (五)参考文献 |
| 第四章 MSI表型胃癌与HLA的关联及生物信息学机制探讨 |
| (一)材料与方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.主要试剂和仪器 |
| 2.1 试剂 |
| 2.2 仪器 |
| 3.方法 |
| 3.1 HLA基因分型 |
| 3.2 统计学分析 |
| 4.HLA分子生物信息学研究 |
| 4.1 搜索uniprot数据库 |
| 4.2 采用Discovery Studio(DS)软件进行分子模拟 |
| (二)结果 |
| 1.MSI胃癌样本PCR扩增HLA-A, -B, -DRB1 结果 |
| 2.HLA-A, -B基因测序结果 |
| 3.MSI胃癌患者与中国正常人群基因频率的比较 |
| 4.生物信息学分析 |
| 4.1 HLA蛋白质分子结构的构建 |
| 4.2 HLA与 TCR结合模式的分析 |
| (三)讨论 |
| (四)结论 |
| (五)参考文献 |
| 全文总结 |
| 工作展望 |
| 综述 微卫星DNA与肿瘤的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 中英文名词对照表 |
| 附录 作者简介 |
| 附录 攻读学位期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（6）DIP-STR在不平衡混合DNA样本分析中的应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要英文缩略词注解 |
| 引言 |
| 1 概述 |
| 1.1 混合DNA样本分析常用的遗传标记 |
| 1.1.1 常染色体STR |
| 1.1.2 Y染色体STR |
| 1.1.3 线粒体DNA |
| 1.1.4 其他多态性标记 |
| 1.2 新型连锁遗传标记的发展 |
| 1.2.1 SNP-STR标记 |
| 1.2.2 DIP-STR标记 |
| 1.3 新型连锁标记在混合DNA分析中的研究 |
| 1.4 研究目标与计划 |
| 2 材料 |
| 2.1 样本制备 |
| 2.2 仪器 |
| 2.3 试剂 |
| 2.4 试剂配制 |
| 3 方法 |
| 3.1 DNA样本的提取 |
| 3.1.1 QIAamp? DNA Blood Midi Kit试剂盒提取血液样本全基因组 DNA |
| 3.1.2 WD-超微量磁珠法提取血卡样本DNA |
| 3.2 目标DIP-STR位点的筛选 |
| 3.3 引物设计及验证 |
| 3.3.1 引物设计 |
| 3.3.2 设计引物的初步验证 |
| 3.4 初筛DIP-STR位点检测阈值的探究 |
| 3.5 初筛DIP-STR位点的灵敏度探究 |
| 3.6 群体数据及统计学分析 |
| 3.6.1 多态性检验 |
| 3.6.2 分析方法的设计 |
| 3.6.3 统计学分析 |
| 4 实验结果与分析 |
| 4.1 DIP-STR筛选结果 |
| 4.2 引物设计及验证结果 |
| 4.2.1 引物设计 |
| 4.2.2 引物验证结果 |
| 4.3 群体数据分析 |
| 4.3.1 等位基因频率 |
| 4.3.2 信息基因型概率及鉴别 |
| 4.4 初筛DIP-STR位点检测阈值的探究 |
| 4.5 初筛DIP-STR位点的灵敏度探究 |
| 5 讨论 |
| 5.1 DIP-STR在基因组分布的广泛性 |
| 5.2 DIP-STR的多态性统计分析 |
| 5.3 DIP-STR的优势 |
| 5.4 DIP-STR标记的不足与拓展 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（7）延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词注释表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 遗传标记在法医学中的应用及进展 |
| 1.2 常染色体STR基因座 |
| 1.3 DNA分型的研究与应用 |
| 1.4 PoWERPLEx21系统 |
| 1.5 研究目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 延边朝鲜族人群20个常染色体STR基因座等位基因频率分布 |
| 3.2 延边朝鲜族20个常染色体STR基因座基因型分布及H-W平衡检验 |
| 3.3 延边朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传学参数 |
| 3.4 延边朝鲜族和其他民族间的遗传比较 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 延边朝鲜族20个常染色体STR基因座的遗传多态性 |
| 4.2 延边朝鲜族人群与其他人群的遗传差异 |
| 第五章 结论 |
| 附表及附图 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）《中国药典》动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 动物药材鉴别研究现状 |
| 1.2 STR分型技术及其在中药材方面的应用展望 |
| 1.3 研究目标、研究内容及拟解决的关键问题 |
| 第二章 《中国药典》动物药材DNA指纹图谱鉴定研究 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 样品信息 |
| 2.1.2 实验仪器及试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 引物设计及筛选 |
| 2.2.2 动物药材DNA提取及测序验证 |
| 2.2.3 动物药材PCR扩增及STR分型 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 动物药材DNA指纹图谱鉴别引物设计及筛选 |
| 2.3.2 动物药材物种验证结果 |
| 2.3.3 动物药材STR分型鉴别结果 |
| 2.4 讨论与小结 |
| 第三章 胆粉(汁)类药材的DNA指纹图谱鉴别方法研究 |
| 3.1 胆粉(汁)类药材正伪DNA指纹图谱鉴别 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 实验方法 |
| 3.1.3 结果与分析 |
| 3.2 胆粉(汁)类药材正伪掺杂DNA指纹图谱鉴别 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.2.3 结果与分析 |
| 3.3 讨论与小结 |
| 第四章 地龙药材及其混伪品的DNA指纹图谱鉴别方法研究 |
| 4.1 地龙药材正伪DNA指纹图谱鉴别 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.1.3 结果与分析 |
| 4.2 地龙药材正伪掺杂DNA指纹图谱浓度比例鉴别 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 实验方法 |
| 4.2.3 结果与分析 |
| 4.3 讨论与小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望及不足 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
（10）21-三体与克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词表 |
| 第一部分 21-三体综合征患者STR分型图谱特征的研究 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分 克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
四、荧光标记STR分型技术检验腐败组织基因型（论文参考文献）
- [1]土埋40余年股骨用于亲权鉴定的分析2例[J]. 杨暖,刘晓云,黄肖敏. 广东公安科技, 2021(02)
- [2]中-越地方鸡品种的遗传多样性分析[D]. 赵龙. 扬州大学, 2021(08)
- [3]NGS-STR体系在二级亲缘关系鉴定中的法医学应用研究[D]. 曹玉杰. 河北医科大学, 2021
- [4]因多基因遗传疾病发生风险评估而构建的STR分析模型及实验基础[D]. 綦霞. 大连医科大学, 2021(01)
- [5]法医遗传学群体遗传数据研究与发表规范[J]. 陈松,赵禾苗,凃政,周红. 刑事技术, 2020(06)
- [6]DIP-STR在不平衡混合DNA样本分析中的应用研究[D]. 杨青. 中国人民公安大学, 2020(10)
- [7]延边地区朝鲜族人群20个常染色体STR基因座的遗传多态性研究[D]. 李雁达. 延边大学, 2020(05)
- [8]《中国药典》动物药材通用DNA指纹图谱鉴别方法研究[D]. 田娜. 广东药科大学, 2020(01)
- [9]草鱼生长相关的微卫星标记在选育群体中的验证[J]. 余成晨,沈玉帮,徐晓雁,王荣泉,李家乐. 水产学报, 2021(03)
- [10]21-三体与克氏综合征患者STR分型图谱特征的研究[D]. 张耀月. 遵义医科大学, 2020