一、流感嗜血杆菌的基因组学研究进展（论文文献综述）
李沛翰[1]（2021）在《基于宏基因组的分类数据库及病原快速识别系统研究与应用》文中研究说明近年来,传染病疫情频繁暴发,尤其是新突发传染病给公共卫生带来严峻挑战,成为世界范围的公共卫生问题。快速准确识别致病病原是应对新突发传染病的重要前提。传统病原检测手段在应对新突发传染病时仍存在不足,分离培养耗时长且适用微生物少,血清学诊断特异性低,PCR检测只能检测已知物种,难以应对未知和变异较大的病原。基于高通量测序的宏基因组方法识别病原作为一种新兴的技术,可以检测样本中所有物种的核酸序列,并可对病原的耐药、毒力、分子分型和系统发育等进行分析,在传染病病原检测、监测和溯源中具有广阔的应用前景。目前宏基因组测序广泛应用于病原识别。宏基因组测序常产生大量数据,用于序列比对的数据库是病原识别的关键。现有覆盖全物种的nt数据库数据量大且数据冗余,占用较高的计算资源和时间成本,Ref Seq参考序列数据库及其它标志物数据库未能涵盖所有物种,容易造成漏检,针对病原识别需求制定适用不同情况且快速高效的数据库尤为重要。宏基因组识别病原包括序列比对、物种分类、基因组组装等步骤,需要应用到较多的生物信息分析工具。局部比对方法BLAST效率低,基于Burrows-Wheeler变换的方法可以提高比对效率,但严重依赖于参考序列。现有分类软件仅对物种序列数目进行统计,难以直接判定病原或对病原进行精准分型。此外,针对未知病原,目前方法采用先从头组装获取基因组,后采用BLAST比对判定,而宏基因组数据量大、宿主等背景序列丰度高,给从头组装带来困难,亟需能够快速高效、准确识别病原体,且能对病原体型别和毒力耐药等关键致病特征进行系统分析的工具。本论文以宏基因组学为基础,依托实验室测序平台和高性能服务器开展了以下三个方面的研究:1.宏基因组分类数据库构建从各类公共数据库获取核酸序列数据,基于不同软件构建索引,根据数据库类型进行分类分级处理以应对不同检测需求。第一级为nt数据库,数据量较大,将其切分成子数据模块,实现并行和容错比对;第二级为参考基因组数据库,根据物种类型将Refseq数据库分为5类,实现病原快速分类;第三级为特定用途的子库,包括重点病原数据库,耐药、毒力、分型等病原特征序列数据库,实现病原分型和特征注释。此外,针对常见细菌进行非冗余数据库构建,去除同一物种的保守序列,保留特有序列,以达到缩减数据库大小、提高比对效率且减小比对准确度损失目的。非冗余病原菌数据库相比于全基因组数据,数据量大小缩减至原来的50.57%,比对时间减小为原数据库的46.48%,而正确分类的序列数据损失2.11%。对重要致病病毒进行同源性分析,根据病毒分类计算不同科属之间病毒的同源性,以同源性范围确定病毒快速识别的阈值,为未知病原识别提供依据。2.宏基因组病原识别流程MPIP建立与评估验证将宏基因组病原识别流程MPIP分为4个模块,包括宏基因组分类、病原特征分析、误分类纠错和未知病原迭代组装。宏基因组分类基于现有工具进行下游分析,主要去除宿主和人工合成等无关背景数据,按照科属分类,并依据特异性序列数量生成物种分类谱和可视化结果;病原特征分析根据分级子库,确定病原型别、耐药基因、毒力因子等信息;误分类纠错模块针对物种匹配reads数量少或错误匹配物种的reads进行纠错;未知病原迭代组装主要解决未知病原识别问题,通过选取近缘物种作为参考,进行多次迭代组装并选取每次迭代中的生成序列作为新的参考,以快速得到未知病原基因组序列。使用Python语言进行编程,以Linux操作系统作为运行环境,编写MPIP可视化操作界面,可根据模块功能在本地生成宏基因组物种分类和可视化图表等结果。将不同浓度梯度的病毒、细菌、真菌构建的模拟样本进行宏基因组测序,使用MPIP对模拟样本中病原及其型别进行判读,对其可行性进行评价。通过临床SARI样本进行宏基因组测序,并与宏基因组分类工具Centrifuge进行对比,评估MPIP在真实样本中的病原识别能力。相比于Centrifuge物种分类方法,MPIP能够准确判定临床样本人疱疹病毒为4型,并获得详细的基因组序列覆盖信息。以新冠病毒来模拟未知病原,采取不包含新冠序列的数据库进行比对,使用MPIP对模拟数据进行迭代组装,判断近缘物种并获取新冠全基因组;同时使用6例新冠真实样本进行宏基因组测序,进一步验证MPIP。作为对比,使用基于传统从头组装方法的MEGAHIT对上述数据进行组装识别,发现在使用真实样本的情况下MPIP迭代组装的基因组完成度在94.01%至96.91%,MEGAHIT组装的基因组完成度为66.51%至88.62%。3.宏基因组病原识别系统MPIP的应用结合传染病防控和临床诊断实践对MPIP进行了实际应用。首先,结合急性呼吸道疫情进行宏基因组测序,判断致病病原是腺病毒55型并进行溯源分析,为疫情防控提供参考依据。针对临床不明原因肺部感染样本,MPIP快速识别出肺炎克雷伯菌和铜绿假单胞菌,并检测到bla SHV-12、aac（3）-IIa和bla KPC-2等耐药基因。临床根据检测结果调整抗生素治疗,患者迅速好转。对临床不明原因死亡病例的肺泡灌洗液、痰液和血液样本进行病原体确认,MPIP在三个样本中均检测到致病病原鹦鹉热衣原体,细胞培养和PCR检测证实肺泡灌洗液样本阳性而痰液和血液样本阴性,说明宏基因组测序结合MPIP具有更好的病原识别能力。本研究的主要贡献由以下几个方面构成:（1）构建了适用性高的本地分类分级数据库,并针对常见病原菌建立非冗余数据库,在未明显降低识别精度的情况下压缩数据量并提高了比对时效性;（2）对病毒进行同源性分析并提出了同源性度量阈值,为识别新病毒提供了理论基础;（3）建立宏基因组病原识别流程MPIP,克服了传统宏基因组分类软件虽然速度快但难以准确分型和识别耐药毒力信息的困难,并且在疫情防控和临床诊断治疗中提供了重要技术支撑;（4）首次提出使用迭代组装识别未知病原的方法,在组装基因组完成度方面优于传统从头组装方法,为应对新突发病原体提供了新的技术手段。
李子亨[2]（2021）在《胸膜肺炎放线杆菌SDHG-1的分离鉴定及致病性研究》文中提出猪传染性胸膜肺炎（porcine contagious pleuropneumonia,PCP）是由胸膜肺炎放线杆菌（Actinobacillus pleuropneumoniae,APP）引起的一种高度接触传染性、致死性呼吸道传染病。各年龄、性别的猪对本病均易感,以急性出血性纤维素肺炎和慢性纤维素性坏死性胸膜炎为主要特征。近年来PCP单独感染病例较少见,常与其它病原混合感染并引起猪呼吸道综合症（PRDC）,并且由于APP不同血清型间交叉保护效果不理想,进一步增加了该病的防治难度。此外,该病在许多养猪国家流行,已成为世界性工业化养猪的五大疫病之一,严重影响养猪业的发展,造成了巨大的经济损失。APP新型菌株的分离鉴定、生物学特性研究及全基因组序列分析不仅丰富APP病原学和基因组学资料,还为APP疫苗的开发提供理论基础。本研究从一患有呼吸道疾病的病死猪肺脏中分离到一株疑似APP,经培养特性观察、生化鉴定和分子生物学鉴定该分离株为血清12型APP,命名为SDHG-1。进一步通过生长曲线测定、PAM的粘附侵袭能力测定和表面多糖PGA合成基因转录水平的检测明确该分离株的主要生物学特性,并通过全基因组测序及比较基因组学方法揭示SDHG-1的基因组序列特点,最后检测了SDHG-1对小鼠和仔猪的致病性及其免疫原性。结果显示,SDHG-1是一株具有特殊培养特性的APP,平板“拉丝”实验呈阳性,对链霉素、磷霉素、头孢曲松钠、氟苯尼考、恩诺沙星和头孢他啶高度敏感。生物学特性结果显示,SDHG-1在BHI液体培养基中培养4h-8h间（OD600≈0.3-1.5）菌液浓度Y与菌液OD600值呈极显着相关,回归方程为:Y（CFU/m L）=5×1011×OD6.1396。SDHG-1细胞外基质多糖PGA合成基因pga A和pga C的转录水平均显着高于非粘性菌株APP L20;并且SDHG-1对PAM的粘附和侵袭能力均强于APP L20。基因组测序结果显示SDHG-1基因组共有2,322,048bp,GC含量为41.22%,共编码2172个基因。在基因组中段通过水平转移获得一个四环素耐药基因岛,并通过与APP L20的毒力基因差异分析发现SDHG-1病变诱导相关毒力因子占比最多,而L20株占比最大的为营养获取相关毒力因子,这可能为传统血清型强毒株与新发毒株的毒力差异提供新的思路。另外SDHG-1对小鼠和仔猪均有致病性:小鼠感染后呼吸困难,被毛凌乱,厌食,精神沉郁,6h后死亡,肺脏严重淤血出血,根据寇式法则计算SDHG-1对小鼠的LD50为7.1×109CFU;感染72h后仔猪流鼻涕、气喘,剖检可见肺脏肉样病变,表面有典型的纤维素样渗出物。另外灭活SDHG-1可对1型APP感染小鼠产生40%的保护率,但对5b型APP感染不能提供有效的保护效力。综上所述,本研究成功分离到一株较粘的血清12型APP SDHG-1,表面PGA表达丰富,同时发现SDHG-1中插入了一段水平转移获得的四环素耐药基因岛;该菌对仔猪具有较强的致病性,灭活SDHG-1对自身感染提供较好的免疫效果同时对血清1型APP感染具有较好的交叉免疫保护效果,是一个潜在的疫苗候选株。
刘晔[3]（2021）在《纳米孔测序技术在下呼吸道感染细菌性病原检测的临床应用以及基于网络分析方法分析下呼吸道微生物群落构成》文中指出目的初步建立纳米孔16S测序技术检测下呼吸道感染（lower respiratory infections,LRI）细菌性病原的流程和方法,并评估其可行性。构建下呼吸道微生物共存网络,揭示感染状态下菌群的相互作用。方法收集北京医院呼吸与危重症医学科2019年7月至2020年9月就诊的33位LRI患者的支气管肺泡灌洗液标本,进行纳米孔16S测序。采用χ2检验对16S测序结果和细菌培养结果进行统计分析,比较病原检出率以及病原种类,对纳米孔测序在病原体检测的应用进行评估。通过物种的相对丰度计算菌群间的Spearman相关系数并经错误发现率（FDR）校正,计算共存网络的相关参数,描述下呼吸道菌群共存网络的特性。结果（1）25例纳米孔16S测序阳性样本中,共检测出16种病原体,主要包括副流感嗜血杆菌、流感嗜血杆菌、肺炎链球菌、嗜麦芽窄食单胞菌、鲍曼不动杆菌、琼氏不动杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、粪肠球菌、鹑鸡肠球菌、纹带棒状杆菌、副胞内分枝杆菌、粘质沙雷菌、Insuavis无色杆菌、默氏柠檬酸杆菌以及肺炎支原体,多于临床培养检测的6种病原体,包括副流感嗜血杆菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌和嗜麦芽窄食单胞菌（χ2=7.949,P<0.05）。（2）33例患者的16S测序病原检出率高于传统的细菌培养（75.8%（25/33）,45.5%（15/33）,χ2=5.140,P<0.05）。（3）纳米孔16S测序比对至种水平的序列占属水平的80.0（60.0,86.0）%,与细菌培养结果的一致率为33.3%（11/33）。（4）LRI患者下呼吸道主要菌门包括变形菌门Proteobacteria,厚壁菌门Firmicutes,放线菌门Actinobacteria,以及拟杆菌门Bacteroidetes。（5）LRI患者的呼吸道菌群种水平共存网络有80个节点（菌种）,其中肺炎患菌群共存网络有83个节点（菌种）,支气管扩张合并感染的患者的菌群共存网络有88个节点（菌种）,2组网络均包含5个模块。网络中不同菌种之间大多数为正相关性,仅少数机会性致病菌种间存在负相关性。（6）金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus（r=0.710,P=0.000）,纹带棒状杆菌Corynebacterium striatum（r=0.672,P=0.000）和解糖葡萄球菌Staphylococcus saccharolyticus（r=0.639,P=0.000）均与白细胞计数（WBC）呈显着正相关;Staphylococcus saccharolyticus与红细胞计数（RBC）（r=-0.654,P=0.000）,血红蛋白（Hb）（r=-0.692,P=0.000）呈显着负相关,与淋巴细胞计数（r=0.716,P=0.000）,C-反应蛋白（CRP）（r=0.769,P=0.000）呈显着正相关;Staphylococcus aureus（r=0.747,P=0.000）和Corynebacterium striatum（r=0.704,P=0.000）均与淋巴细胞计数呈显着正相关;唾液乳酸杆菌Lactobacillus salivarius（r=0.884,P=0.000）,Streptococcus infantis（r=0.857,P=0.001）和Streptococcus rubneri（r=0.612,P=0.046）均与血沉呈显着正相关;肺炎克雷伯菌Klebsiella pneumoniae（r=0.891,P=0.000）和铜绿假单胞菌Pseudomonas aeruginosa（r=0.624,P=0.000）均与D-二聚体呈显着正相关。结论本研究建立的纳米孔16S扩增子测序流程能够从下呼吸道感染患者的支气管肺泡灌洗液中快速鉴定细菌性病原。纳米孔16S扩增子测序病原检出率高,检出病原种类多于细菌培养,且可以将多数细菌鉴定至种水平。该技术是一种非常有潜力的平台,具有广阔的应用前景。人体下呼吸道感染患者的菌群共存网络中,肺炎与支气管扩张患者模块构成相似。菌群共存网络提示致病物种之间多表现为协同作用促进疾病发生发展。机会性致病菌间或存在竞争关系,感染状态下可能表现为较单一的优势生长,协同主要致病菌发挥作用。一些菌种与血常规检查结果和炎症指标显着相关。感染人群的菌群共存网络分析结合临床指标相关性分析或可提示一些罕见的可能致病菌,增加我们对感染性微生物的认识与研究。
牛路[4]（2021）在《宏基因二代测序技术在感染性疾病中应用的临床资料分析》文中提出目的:分析宏基因二代测序（mNGS）技术与传统实验室方法在病原体检出方面的不同,探索mNGS技术在临床感染性疾病的诊治过程中的应用价值。方法:回顾性分析我院2019年12月至2020年12月于兰州大学第一医院住院的疑似感染的99例患者的mNGS以及传统病原体检测方法的相关资料,按照mNGS标本类型的不同将数据分为4组,分别为脑脊液、肺泡灌洗液、痰、血标本组。收集患者的常规病原学检测相关方法,包括脑脊液检查、血培养、痰培养、G+GM实验、血常规、CRP、PCT、胸部CT等临床数据,并结合患者临床诊治过程进行分析。结果:1.本研究共收集99例患者,其中男性患者56例,女性43例,总共获得100份行mNGS检测的样本,其中脑脊液标本最多为48（48%）份,其次为血标本26（26%）份,肺泡灌洗液标本21（21%）份,痰标本5（5%）份。总阳性标本81（81%）份,阴性19（19%）份。2.在48份脑脊液样本中,阳性34（70.8%）份,阴性14份（29.2%）,脑脊液培养阳性3（6.25%）份,mNGS阳性率高于培养法（70.8%vs6.25%）,3例培养结果与mNGS一致。其中22份（21例患者）阳性标本均有助于临床诊治,7份支持化脓性脑膜炎,15份支持病毒性脑炎。16例患者经验性治疗覆盖mNGS结果,且治疗有效,5例根据mNGS结果调整治疗,且治疗有效（100%）。7例临床诊断为病毒性脑炎的患者,mNGS结果均为阴性。3.在21份肺泡灌洗液标本中,阳性标本20（95.2%）份,阴性1（4.8%）份。20份阳性标本均有助于临床诊治,7例患者经验性治疗覆盖mNGS结果,且治疗有效,13例根据mNGS结果调整治疗方案,治疗均有效（100%）。4.在5份痰标本中,mNGS结果均为阳性,阳性率为100%。5份阳性标本均有助于临床诊治,1例患者经验性治疗覆盖mNGS结果,且治疗有效,3例根据mNGS结果调整治疗,治疗均有效（100%）。5.在26份血标本中,mNGS阳性标本22（84.6%）份,阴性4（15.4%）份,血培养标本阳性3（11.5%）份,mNGS阳性率明显高于血培养（84.6%vs11.5%）,3例血培养结果与mNGS一致。21份阳性标本均有助于临床诊治,3例患者经验性治疗覆盖mNGS结果,且治疗有效,17例患者根据mNGS结果调整治疗,14例患者治疗有效（82.4%）,3例（17.6%）治疗无效。6.利用mNGS技术观察病原体序列数的变化判断疾病进展与治疗效果。1例化脓性脑膜炎患者,于抗感染治疗前后对其脑脊液标本分别进行mNGS检测,结果为流感嗜血杆菌阳性,治疗后的病原体序列数较治疗前明显减少,且同时伴随患者感染指标的改善及临床症状的好转。7.利用mNGS技术检测血浆中病原体的游离DNA诊断肺部感染。3例血培养均为阴性的患者,利用mNGS技术检测血浆中病原体的游离DNA,检测结果分别为耶氏肺孢子菌、结核分枝杆菌、黄曲霉,最终明确诊断为卡氏肺孢子虫肺炎、肺结核、真菌性肺炎且均治疗好转。8.比较使用抗生素组和未使用抗生素组对mNGS检出结果的影响,结果显示两组之间的差异无明显统计学意义（P=0.201）。结论:1.mNGS在病原体检出方面较传统方法具有明显优势,不仅敏感性和时效性均优于培养方法,而且能够一次检出多种类型病原体,尤其对一些常规方法难以检测的病原体。2.mNGS可以结合传统方法、患者病史以及相关临床检查,明确感染性疾病的诊断,指导临床治疗。3.利用mNGS技术检测患者不同治疗阶段的样本,通过观察病原体序列数的变化来判断疾病病情进展和治疗效果。4.利用mNGS技术检测患者血浆中病原体的游离DNA,对于临床明确其他感染部位的致病菌具有一定的临床应用价值。5.抗生素对mNGS检出结果的影响小于传统病原体检测方法。
朱美利[5]（2020）在《mNGS检测肺泡灌洗液病原微生物在下呼吸道感染诊治中的应用时机与价值初探》文中认为[目的]宏基因组下一代测序（mNGS）可直接检测感染性疾病的病原体,对复杂的下呼吸道感染（LRTIs）的诊断具有重要的参考价值。本研究探讨用mNGS检测肺泡灌洗液病原微生物在初始经验性治疗无效的LRTIs诊治中的应用价值。[方法]以2018年9月至2019年10月昆明医科大学第一附属医院、920医院、云南省第三人民医院、昆明市第一人民医院呼吸与危重症医学科拟诊下呼吸道感染,对初始经验性抗感染治疗无效的37例患者作为研究对象。采集所有患者的支气管肺泡灌洗液（BALFs）,送mNGS及常规病原学检测（培养和涂片）。分析判读mNGS及常规病原学检测结果,比较两种方法在病原菌检出率及耗时方面的差异。依据mNGS检测结果并结合患者的临床资料,判断病原菌及推测病原菌的耐药性,并调整抗感染治疗方案。分析比较初始经验性抗感染治疗及依据mNGS结果调整治疗方案后抗感染治疗日均花费差异。结合患者的治疗效果及转归,探讨mNGS在LRTIs中的应用时机与价值。[结果]本研究中,37例初始经验性抗感染治疗失败的LRTIs患者的BALFs行mNGS检测,结果9例阴性,28例阳性,阳性率为75.7%,共检测出25种病原微生物,包括2种病毒（人巨细胞病毒、细环病毒）,5种真菌（白色念珠菌、耶氏肺孢子菌、曲霉菌、隐球菌,烟曲霉）,2种非典型病原菌（肺炎衣原体、嗜肺军团菌）、16种细菌。病原微生物检出最多的是肺炎链球菌（6例）和流感嗜血杆菌（6例）,其次是肺炎克雷伯菌（5例）、大肠埃希菌（5例）、铜绿假单胞菌（3例）。培养法仅8例患者获得阳性结果,阳性率为21.6%,共检测出6种病原微生物,1种真菌（白色念珠菌）和5种细菌。两种方法检测阳性率进行对比,差异具有统计学意义（P<0.001）。传统检测阳性的8例患者中,mNGS检测均为阳性,传统检测阴性的29例患者中,有20例（70%）mNGS检测获得阳性结果。在28例mNGS检测阳性样本中,其中26例样本检测出的微生物被认为均是病原体,另外2例样本检出不确定的病原体。有5例样本结合临床资料,被推测可能为耐药菌感染。传统病原菌检测法平均耗时超过72小时,而mNGS仅为24小时。在37例患者中,有26例（70%）结合mNGS检测结果及临床资料改变了抗感染治疗策略。初始经验性抗感染治疗日均花费为612.33元,更改抗感染治疗方案后日均花费为429.48元,两种抗感染治疗方案日均花费比较,差异具有统计学意义（p=0.042）。[结论]1.mNGS应用于初始经验性抗感染治疗无效的下呼吸道感染比传统检测法具有更高的阳性率及检测效率,有助于快速明确病原微生物,说明在下呼吸道感染病例中,初始经验性抗感染治疗失败也可以作为mNGS的一个应用时机;2.mNGS检测结果结合临床数据,可快速纠正和弥补初始经验性抗感染治疗方案,实现精准、靶向抗感染治疗,可能有助于推测病原体的耐药性,并能节省抗感染治疗费用,最终改善临床预后。
曾小燕[6]（2020）在《16SrDNA基因测序和细菌培养对儿童腺样体菌群研究》文中指出目的:利用16SrDNA基因测序和细菌培养分析儿童腺样体菌群结构及多样性,通过药敏试验了解儿童腺样体中致病菌的抗药性。方法:收集25例腺样体肥大儿童和6例正常儿童腺样体表面分泌物样本,利用16SrDNA基因测序技术进行物种群落组成、alpha多样性和beta多样性等生物学信息分析,比较组间及各样本间菌群结构差异,同时取样作需氧菌、厌氧菌和真菌培养,对培养出的致病菌作药敏试验。收集108例行腺样体切除手术的儿童腺样体表面分泌物和腺样体组织样本,作需氧菌、厌氧菌和真菌培养,对培养出的致病菌作药敏试验,分析腺样体表面与腺样体组织中菌群检出率的差异,同时了解腺样体中致病菌的抗药性。结果:腺样体肥大儿童的腺样体主要优势菌有链球菌属、梭杆菌属、普雷沃菌属、嗜血杆菌、莫拉氏菌属等,个体间差异较大,菌群的多样性和丰富度均高于腺样体正常儿童（chao1指数和simpson指数比较P<0.05）。腺样体肥大儿童主要培养出的致病菌有肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌等,大多数为联合耐药菌。结论:正常儿童腺样体呈多菌群定植的平衡状态,腺样体肥大儿童的腺样体菌群多样性高,个体差异较大,且这些菌群对抗生素具有很高的耐药性。
何姣[7]（2019）在《基于比较基因组学揭示基因组岛对多杀性巴氏杆菌群体遗传及毒力的影响》文中研究表明多杀性巴氏杆菌（Pasteurella multocida,PM）是一种全球范围导致重要经济损失的机会性致病菌,可感染人类和多种动物。已有报道发现PM中含有荚膜、脂多糖、毒素和铁摄取相关蛋白等毒力基因,而机会性致病菌动态性的基因组主要通过移动元件和噬菌体衍生的基因组岛（Genomic Island,GI）帮助细菌快速获取外源基因片段。目前,对PM内GI作用于毒力的研究甚少,且GI在细菌群体进化过程中对PM群体遗传学的影响更是未知。本研究以实验室已测序10株禽源PM菌株的全基因组及104株NCBI数据库的PM基因组为原材料,通过BioNumerics7.6等生物信息学分析软件获取菌株泛基因组数据,并基于此分析PM群体基因组。然后,利用IslandViewer4在线分析网站获取可能GI区域,根据GI含有整合酶类、直接重复序列、特殊GC含量以及同种属细菌基因组中仅少量存在等特性筛选确定114株PM的GI。已确定的GI分别与泛基因组的核心、附属、特有基因集两两比对,获取GI内基因在泛基因组各组分的比例,利用COG、WEGO等数据库分析GI对PM群体遗传进化的影响。同时分离鉴定鸭源PM自然弱毒株,通过比对其与PM强毒株间的差异,从分子水平上探究禽源PM毒力差异与GI间的关联。通过比较基因组学分析,本研究确定了114株PM的泛基因组呈开放性进化模式,其系统发育关系与宿主来源、地理位置密切相关。PM基因组含有280个GIs,GI内的基因占泛基因组中核心基因5.8%,主要与代谢活动相关;附属基因42.3%,富集适应性基因;特有基因35.4%,含防御相关基因。在PM群体遗传学背景下,通过GI在该菌种附属、特有基因集的较大比例及特殊功能,确定了GI对群体基因组的基因扩增极为重要,同时整合的GI数据也有助于其环境适应性和遗传多样性研究。而新的PM自然弱毒株的分离及强弱毒株分析研究发现,致使强毒株DY120818与4株弱毒株毒力差异的原因极有可能是整合结合元件ICEPmu2,这为进一步探究PM对禽类的致病机理、GI对菌株毒力的影响提供了理论依据。
雷丹[8]（2019）在《仔猪呼吸道疾病综合征的病原检测及上下呼吸道微生物群落宏基因组学分析》文中研究表明在当前的规模化养殖猪群中,猪呼吸道疾病综合征（Porcine Respiratory Disease Complex,PRDC）,是普遍易发,且可造成经济损失严重的疾病,由细菌、病毒、支原体、寄生虫、不良饲养管理条件及易感猪群等多因素相互作用共同引起。PRDC可感染各种年龄段的猪群,但保育仔猪因断奶应激、母源抗体下降、自身免疫系统未发育成熟等因素是PRDC的主要发病猪群。本实验采用PCR方法对2014年～2018年江西省的994份患有PRDC的发病保育仔猪样品进行PRDC相关病毒检测,并针对其主要病原进行进行遗传进化分析。同时,运用高通量测序技术深入探究PCV2感染对仔猪上、下呼吸道微生物菌群结构的影响。主要研究结果如下:1、在检测的994份发生PRDC的仔猪样品中,圆环病毒2型（PCV2）的阳性率均最高,2014～2018年的检出率在53.4%～72.1%之间,平均阳性率为65.7%;其次为蓝耳病病毒（PRRSV）,5年平均阳性率为42.0%（32.9%～56.9%）;PRV的平均检出率为7.4%（5.1%～11.7%）;猪瘟病毒（CSFV）的平均检出率为8.4%（0.0%～25%）;新现的圆环病毒3型（PCV3）5年平均检出率为3.7%（0.0%～13.0%）。该结果说明,PCV2和PRRSV是当前PRDC的主要检出病原,新现的PCV3感染率有呈逐年上升的感染趋势。2、为对江西地区猪群PRDC主要病毒的遗传进化进行分析,本试验扩增了18株PRRSV GP5基因,5株PCV2及7株PCV3的全基因组。基于GP5基因的进化树分析结果表明,18株PRRSV均属于美洲型毒株,其中13株属于基因Ⅰ亚型、4株毒株属于基因Ⅲ亚型、1株属于基因Ⅳ亚型。核苷酸序列同源性比对发现,本试验扩增的江西省的PRRSV GP5基因彼此之间的同源性都在81%以上,而与其他国家或地区的同源性为61.6%～100%;18株PRRSV GP5基因彼此之间氨基酸序列的同源性为81.7%～100%,与其他国家或地区的氨基酸序列同源性最低的为54.3%、最高的为98.0%。本实验获得的5株PCV2毒株基因组全长均为1,767 bp。进化树分析表明,5株PCV2均属于2d亚型毒株。Cap基因同源性分析发现,本实验扩增的PCV2毒株之间核苷酸序列同源性均大于99%,氨基酸序列的同源性为98.6%～100%;与其他参考株的核苷酸同源性为82.1～98.9%,氨基酸同源性为81.2%～99.2%。本试验扩增的7株PCV3基因组全长均为2,000 bp。系统进化树显示,7株江西株分属于两个分支,其中2株属于a1亚型,5株属于b亚型。同源性分析表明,本实验扩增的7株PCV3的Cap基因彼此之间核苷酸序列的同源性均高于98%,氨基酸序列同源为98.3%～100%,与其他国家或地区的PCV3 Cap基因的核苷酸序列同源性97%～100%,氨基酸序列同源性为98%～100%。3、为探索PCV2对保育仔猪上、下呼吸道菌群的影响,本试验借助Illumina Mi Seq测序平台,对20份患PRDC及健康保育仔猪呼吸道拭子及下呼吸道黏液样品进行16S r RNA V3-V4区测序,共获得938,052条有效序列。物种分析表明,在门水平上,无论是健康仔猪还是PCV2感染仔猪,上呼吸道菌群以变形菌门（Proteobacteria）、蓝藻门（Cyanobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）为主,超过85%的细菌属于这4个门。健康猪上下呼吸道菌群在蓝藻门（Cyanobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、软壁菌门（Tenericutes）丰度上存在显着差异;在下呼吸道菌落组成上,感染仔猪下呼吸道变形菌门（Proteobacteria）的丰度极显着的高于健康仔猪下呼吸道该门菌群丰度,但感染仔猪下呼吸道软壁菌门（Tenericutes）的丰度极显着的低于健康仔猪下呼吸道该门菌群丰度。在种水平上发现副猪嗜血杆菌（Haemophilus parasuis）和吲哚放线菌（Actinobacillus indolicus）这两种与呼吸道疾病相关的细菌在PCV2感染仔猪的下呼吸道丰度显着高于其在健康仔猪下呼吸道中的丰度。结果表明,PCV2感染导致仔猪上下呼吸道菌群发生了显着变化,特别是与呼吸道疾病相关的病原菌的丰度也发生了显着变化。
戴晓珊[9]（2019）在《住院儿童急性呼吸道感染病原学分析和FAM89A和IFI44L在细菌和病毒感染儿童中表达的实验研究》文中研究表明目的:回顾性分析我院儿科呼吸专业组一年内病房收治的符合“急性呼吸道感染”为主要表现的患儿,分析儿童急性呼吸道感染的病原学在年龄及季节等方面分布特点及流行特征,为临床医生判断在不同季节、不同年龄组儿童病原体类型诊断思路,并对其临床综合诊治方面提供一定循证学依据。方法:研究对象:选取我院儿科呼吸专业组病房2017.04-2018.03收治的符合“急性呼吸道感染”诊断的患儿,按年龄分为婴儿组（≤1周岁）,幼儿期组（>1周岁,≤3周岁）,学龄前期组（>3周岁,≤6周岁）,学龄期儿童（>6周岁）。搜集资料:收集患儿性别、年龄、诊断及病原学资料,所有患儿入院后均进行血常规及CRP、痰或（及）肺泡灌洗液培养、鼻咽拭子七种呼吸道病毒及肺炎支原体、肺炎衣原体、嗜肺军团菌抗体检测等病原学检查,并收集患儿性别、年龄、诊断及就诊时间。结果:1.共收集符合标准儿童1049例,男692例,女357例,男女比例1.94:1。婴儿组499例（47.57%）,幼儿期组286例（27.26%）,学龄前期组152例（14.49%）,学龄期儿童1 13例（10.77%）;中位年龄1岁（1月-14岁）。2.呼吸系统疾病诊断中排在首位的诊断符合“肺炎”共937例,符合“急性上呼吸道感染”共60例,第一诊断符合“急性支气管炎”（包括急性支气管炎、急性毛细支气管炎、急性喘息性支气管炎）共46例。3.有424例至少检出一种病原体,检出率40.42%;其中检出呼吸道病毒感染90例（检出率8.87%）,细菌感染196例（检出率19.31%）,非典型病原体感染204例（检出率20.14%）。仅单种病原感染的有364例,混合感染有60例。4.呼吸道病毒感染中,共检出呼吸道合胞病毒感染73例,流感病毒感染14例,呼吸道病毒总检出率在各个季节有显着性差异（x2=13.5,p=0.004）,秋冬季检出率较高。呼吸道合胞病毒在秋冬季检出率较高。呼吸道病毒感染检出率在各个年龄段有显着性差异（x2=47.736,p=0.000）,≤1岁儿童检出率最高。5.细菌感染检出率前五位为:肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、卡他布拉汉氏菌、肺炎克雷伯菌。细菌感染总检出率在各个季节有显着性差异（x2=10.922,p=0.012）,在冬春季检出率较高。细菌感染总检出率及各种细菌检出率在各个年龄段差异无统计学意义。6.非典型病原体感染中以肺炎支原体感染多见,肺炎支原体和肺炎衣原体检出率在各个季节差异无统计学意义（p>0.05）。嗜肺军团菌感染在各个季节有显着性差异（p<0.05）,好发于秋冬季节。肺炎支原体感染检出率在各个年龄段有显着性差异（p<0.05）,6岁以上儿童肺炎支原体检出率较高。肺炎衣原体和嗜肺军团菌检出率在各个年龄段差异无统计学意义（p>0.05）。结论:1.我院住院儿童急性呼吸道感染中3岁以内的婴幼儿多见,病原学检出率最高的是非典型病原体（20.14%）,其次是细菌（19.31%）,病毒检出率低可能与检测方法有关。2.我院呼吸道病毒感染以3岁以下婴幼儿多见,秋冬季检出率较高。我院急性呼吸道感染住院儿童最常见的病毒感染为呼吸道合胞病毒。3.我院急性呼吸道感染住院儿童常见致病细菌为肺炎链球菌,在冬春季节检出率较高,在年龄分布上无明显差异,其次为流感嗜血杆菌,在冬春季节检出率较高。4.非典型病原体感染已成为我院住院儿童急性呼吸道感染常见的病原体,以肺炎支原体感染为主,学龄期儿童多见。目的:分析细菌感染或病毒患儿的全血IFI44L mRNA和FAM89A mRNA表达量变化,为临床判断病原体感染类型提供新的检测手段。方法:研究对象:选取2017.03-2018.03我院儿科病房以急性感染性疾病为主要表现的0-14岁住院患儿。研究方法:收集患儿病例信息及实验室检查结果,以病原学检测作为依据,确定病毒感染组,细菌感染组,并另外选取常规健康体检的正常非感染儿童作为对照组,取全血进行荧光定量PCR检测白细胞沉淀中IFI44L和FAM89A mRNA表达量。分析3组儿童的白细胞、CRP和IFI44L mRNA和FAM89A mRNA表达量的差异,并对IFI44L mRNA和FAM89A mRNA的ROC曲线进行分析。结果:1.共收集符合病毒感染组儿童43例,符合细菌感染组儿童23例,细菌和病毒混合感染7例,正常健康组儿童49例作为对照组。2.WBC:细菌组与正常组比较,差异有统计学意义（p<0.05）;细菌组和病毒组、病毒组和正常组比较,差异均无统计学意义（均p>0.05）。CRP值:细菌组和正常组、病毒组和正常组比较,差异均有统计学意义（p<0.05）,细菌组和病毒组比较,差异无统计学意义（p>0.05）。以23例细菌感染组和49例正常健康组儿童的CRP水平绘制ROC曲线,其曲线下面积（AUC）为0.895（95%CI:79.8%-99.2%）。3.FAM89AmRNA的△CT值:细菌组与正常组、细菌组与病毒组比较,差异均有统计学意义（p<0.05）;而正常组与病毒组比较,差异无统计学意义（P>0.05）。以23例细菌组和49例正常组儿童的FAM89A mRNA的△CT值绘制ROC曲线,其曲线下面积（AUC）为0.67（95%CI:54.6%-79.3%）,约登指数为0.36,FAM89A mRNA的△CT值在0.5926时,诊断细菌感染的灵敏度为87%,特异度为49%。4.IFI44L mRNA的△CT值:正常组与病毒组、细菌组与病毒组比较,差异均有统计学意义（p<0.05）;而细菌组与正常组比较,差异无统计学意义（p>0.05）。以43例病毒组儿童和49例正常组儿童的IFI44L mRNA 的△CT值绘制ROC曲线,其曲线下面积（AUC）为0.96（95%CI:91.4%-99.7%）,约登指数为0.846,IFI44L mRNA的△CT值在0.3334时,诊断病毒感染的灵敏度为90.7%,特异度为93.9%。结论:1.IFI44L mRNA表达量在判断病毒感染和非病毒感染有显着性差异,在病毒感染中,IFI44L mRNA表达量升高,其诊断病毒感染的灵敏度为和特异度较高,可作为判断病毒感染的指标。2.FAM89A mRNA表达情况在判断细菌感染和非细菌感染有显着性差异,在细菌感染中,FAM89A mRNA表达减低,但诊断细菌感染的灵敏度和特异度较低,尚需进一步研究证实FAM89A mRNA在细菌感染中的表达情况。3.本研究表明可以应用宿主基因表达情况判断细菌感染和病毒感染,尚需进一步研究评估在不同临床环境中的准确性和临床应用价值。
刁文琦,徐明,贺蓓[10]（2018）在《微生物组学在慢性阻塞性肺疾病诊疗中的进展》文中指出近年来,微生物组学的迅猛发展,扩宽了我们对呼吸道病原学的理解。相对于传统的细菌培养,新一代的测序技术能够在同一标本中同时检测到上千种不同类型的细菌且不依赖于培养[1]。呼吸领域的研究者已经将这些技术应用于检测正常及呼吸系统疾病的肺或气道标本,包括慢性阻塞性肺疾病（慢阻肺）、支气管哮喘（哮喘）及囊性纤维化
二、流感嗜血杆菌的基因组学研究进展（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、流感嗜血杆菌的基因组学研究进展（论文提纲范文）
（1）基于宏基因组的分类数据库及病原快速识别系统研究与应用（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 1 宏基因组病原识别的应用 |
| 1.1 宏基因组确认新突发疫情病原 |
| 1.2 宏基因组应用于临床诊断 |
| 1.3 宏基因组识别潜在传染病病原 |
| 2 目前宏基因组病原识别的工具和流程 |
| 2.1 测序平台 |
| 2.2 公共数据库 |
| 2.3 生物信息学分析 |
| 3 宏基因组分析面临的挑战 |
| 3.1 数据库有待完善 |
| 3.2 病原识别工具有待完善 |
| 4 拟解决的科学问题 |
| 5 研究思路 |
| 第一章 宏基因组识别数据库构建 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.1.1 高性能服务器 |
| 1.1.2 软件工具 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.2.1 数据获取与预处理 |
| 1.2.2 数据库分类与分级 |
| 1.2.3 常见病原菌非冗余数据库构建 |
| 1.2.4 重要病毒非冗余数据库构建 |
| 1.3 研究结果 |
| 1.3.1 分类分级数据库构建 |
| 1.3.2 常见病原菌非冗余数据库构建 |
| 1.3.3 构建不同种属病毒同源性阈值索引 |
| 1.4 小结与讨论 |
| 第二章 宏基因组病原识别流程MPIP建立 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 高性能服务器 |
| 2.1.2 软件工具 |
| 2.1.3 测试数据和数据集 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 宏基因组分类 |
| 2.2.2 病原特征分析 |
| 2.2.3 误分类纠错 |
| 2.2.4 未知病原迭代组装 |
| 2.2.5 可视化编程 |
| 2.2.6 测试数据MPIP分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 MPIP可视化界面与运行说明 |
| 2.3.2 物种分类可视化结果 |
| 2.3.3 病原特征分析 |
| 2.3.4 误分类纠错 |
| 2.3.5 未知病原迭代组装 |
| 2.4 小结与讨论 |
| 第三章 MPIP可行性分析与评估验证 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 高性能服务器 |
| 3.1.2 菌毒株与背景样本 |
| 3.1.3 SARI样本 |
| 3.1.4 未知病原模拟数据与数据库选取 |
| 3.1.5 新冠阳性样本 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 模拟样本MPIP分析 |
| 3.2.2 SARI样本MPIP分析 |
| 3.2.3 模拟未知病原的迭代组装 |
| 3.2.4 新冠阳性样本未知病原迭代组装 |
| 3.2.5 未知病原迭代组装效果评价 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 模拟样本MPIP分析结果 |
| 3.3.2 SARI样本MPIP分析结果 |
| 3.3.3 未知病原迭代组装结果 |
| 3.4 小结与讨论 |
| 第四章 MPIP在疫情检测中的应用 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 高性能服务器 |
| 4.1.2 分析工具 |
| 4.1.3 疫情样本 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 核酸提取和PCR检测 |
| 4.2.2 纳米孔测序和BGISEQ-500测序 |
| 4.2.3 MPIP病原识别和生物信息学分析 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 MPIP病原识别分析 |
| 4.3.2 基于MPIP的病原谱识别 |
| 4.3.3 病原的RT-PCR检测及验证 |
| 4.4 小结与讨论 |
| 第五章 MPIP在临床诊断中的应用 |
| 5.1 实验材料 |
| 5.1.1 高性能服务器 |
| 5.1.2 分析工具 |
| 5.1.3 临床不明原因感染肺部样本 |
| 5.1.4 临床不明原因感染死亡病例样本 |
| 5.2 实验方法 |
| 5.2.1 临床不明原因感染肺部样本检测 |
| 5.2.2 临床不明原因感染死亡病例样本检测 |
| 5.3 实验结果 |
| 5.3.1 临床不明原因感染样本检测结果 |
| 5.3.2 临床不明原因感染死亡病例的MPIP分析 |
| 5.4 小结与讨论 |
| 第六章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 作者在学期间取得的学术成果 |
| 主要简历 |
| 致谢 |
（2）胸膜肺炎放线杆菌SDHG-1的分离鉴定及致病性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词 |
| 引言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 1.1 猪传染性胸膜肺炎病原学及流行病学 |
| 1.2 APP的毒力因子与致病机理 |
| 1.3 猪传染性胸膜肺炎的防治措施 |
| 1.4 基因组学研究进展 |
| 1.4.1 基因组测序技术的研究进展 |
| 1.4.2 基因组测序技术的应用 |
| 1.5 APP基因组学研究进展 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 SDHG-1 的分离鉴定及生物学特性研究 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 病料来源、菌株及细胞 |
| 1.1.2 主要试剂及仪器 |
| 1.1.3 主要试剂的配置 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 SDHG-1 的分离培养 |
| 1.2.2 SDHG-1 的生化鉴定 |
| 1.2.3 SDHG-1的PCR鉴定 |
| 1.2.4 SDHG-1 的血清型鉴定 |
| 1.2.5 SDHG-1 的药敏试验 |
| 1.2.6 SDHG-1 生长曲线的测定 |
| 1.2.7 SDHG-1 和 L20中PGA合成相关基因pga A、pga C、rpo E和 hns的转录水平检测 |
| 1.2.8 APP SDHG-1和L20对PAM的粘附和侵袭试验 |
| 1.2.9 统计学分析 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 SDHG-1 的分离鉴定结果 |
| 1.3.2 SDHG-1 的药物敏感性试验 |
| 1.3.3 SDHG-1 生长曲线的测定结果 |
| 1.3.4 SDHG-1 细胞外基质多糖(PGA)合成基因的转录水平结果 |
| 1.3.5 APP SDHG-1和L20对PAM的粘附和侵袭试验结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 SDHG-1 的全基因组测序及比较基因组学分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验试剂及仪器 |
| 2.1.2 菌株登录号 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 SDHG-1基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 基因组测序及数据质控 |
| 2.2.3 基因组组分分析 |
| 2.2.4 基因组功能注释 |
| 2.2.5 比较基因组学研究 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 SDHG-1 全基因组序列的质控与组装结果 |
| 2.3.2 SDHG-1 全基因组的一般特征 |
| 2.3.3 SDHG-1 基因组功能注释结果 |
| 2.3.4 SDHG-1 比较基因组学分析结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 SDHG-1 的致病性和免疫原性研究 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 菌株 |
| 3.1.2 实验动物 |
| 3.1.3 实验试剂及仪器 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 小鼠致病性检测 |
| 3.2.2 仔猪致病性检测 |
| 3.2.3 SDHG-1 的免疫原性检测 |
| 3.2.4 统计学分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 小鼠致病性分析 |
| 3.3.2 仔猪致病性分析 |
| 3.3.3 SDHG-1 的免疫原性检测结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 攻读硕士期间学术成果 |
| 致谢 |
（3）纳米孔测序技术在下呼吸道感染细菌性病原检测的临床应用以及基于网络分析方法分析下呼吸道微生物群落构成（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 论文第一部分 纳米孔测序技术在下呼吸道感染细菌性病原检测的临床应用 |
| 前言 |
| 对象与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 论文第二部分 基于网络分析方法分析下呼吸道微生物群落构成 |
| 前言 |
| 对象与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 纳米孔测序技术在临床研究中的应用进展 |
| 参考文献 |
| 英文缩略词表 |
| 攻读学位期间发表文章情况 |
| 致谢 |
| 学位论文答辩委员会名单 |
| 个人简历 |
（4）宏基因二代测序技术在感染性疾病中应用的临床资料分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 二代测序技术的产生与发展 |
| 1.2 mNGS在病原体检测方面的应用 |
| 1.3 mNGS在感染性疾病中的应用 |
| 1.3.1 mNGS技术在中枢神经系统感染中的应用 |
| 1.3.2 mNGS技术在呼吸系统统感染中的应用 |
| 1.3.3 mNGS在血液系统感染中的应用 |
| 1.3.4 mNGS在其他系统感染中的应用 |
| 1.3.5 mNGS在特殊感染人群中的应用 |
| 1.3.6 mNGS在耐药基因和医院感染预防、新发传染病方面的应用 |
| 第二章 资料与方法 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 检测流程 |
| 2.2.2 生物信息学分析 |
| 2.2.3 报告结果的解读 |
| 2.3 研究内容 |
| 2.4 数据分析 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 患者的一般资料 |
| 3.2 mNGS在脑脊液标本中应用 |
| 3.3 mNGS在肺泡灌洗液标本中的应用 |
| 3.4 mNGS在痰标本中的应用 |
| 3.5 mNGS在血标本中的应用 |
| 3.6 通过mNGS观察病原体序列数的变化判断疾病进展与治疗效果 |
| 3.7 利用mNGS检测血浆中病原体的游离DNA明确肺部感染的致病菌 |
| 3.8 抗生素的使用对mNGS检出结果的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 宏基因二代测序技术在感染性疾病中的应用价值 |
| 参考文献 |
| 研究生期间取得的成果 |
| 致谢 |
（5）mNGS检测肺泡灌洗液病原微生物在下呼吸道感染诊治中的应用时机与价值初探（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 宏基因组测序在感染性疾病诊治中的运用进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（6）16SrDNA基因测序和细菌培养对儿童腺样体菌群研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 研究内容和方法 |
| 一 16SrDNA基因测序研究内容和方法 |
| 二 细菌培养研究内容和方法 |
| 研究结果 |
| 一 16SrDNA基因测序研究结果 |
| 二 细菌培养研究结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 儿童鼻咽菌群的研究进展 |
| 参考文献 |
| 在校期间发表论文 |
| 致谢 |
（7）基于比较基因组学揭示基因组岛对多杀性巴氏杆菌群体遗传及毒力的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 多杀性巴氏杆菌生物学特性与分型 |
| 1.2 多杀性巴氏杆菌病的流行与危害 |
| 1.3 多杀性巴氏杆菌基因组学研究 |
| 1.3.1 多杀性巴氏杆菌比较基因组学 |
| 1.3.2 多杀性巴氏杆菌的基因组岛 |
| 1.4 研究目的与意义 |
| 第2章 多杀性巴氏杆菌比较基因组学及基因组岛研究 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 菌株 |
| 2.1.2 生物信息分析主要软件及网址 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 泛基因组及其基因集 |
| 2.2.2 多位点序列分型分析 |
| 2.2.3 系统发育树的构建 |
| 2.2.4 基因组岛的鉴定 |
| 2.2.5 前噬菌体预测 |
| 2.2.6 GI与泛基因组的交集 |
| 2.3 试验结果 |
| 2.3.1 多杀性巴氏杆菌的基因组特征 |
| 2.3.2 114 株多杀性巴氏杆菌的泛基因组分析 |
| 2.3.3 菌株的系统发育分析 |
| 2.3.4 多杀性巴氏杆菌中的基因组岛 |
| 2.3.5 多杀性巴氏杆菌中的前噬菌体 |
| 2.3.6 基因组岛对群体基因组的基因多样性影响 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 多杀性巴氏杆菌的开放型泛基因组及其系统发育 |
| 2.4.2 基因组岛扩增多杀性巴氏杆菌的特殊功能基因 |
| 2.4.3 基因组岛影响多杀性巴氏杆菌的群体遗传 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 鸭源多杀性巴氏杆菌弱毒株的分离鉴定及比较基因组学研究 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.1.1 菌株及培养条件 |
| 3.1.2 实验动物 |
| 3.1.3 主要酶、生化试剂 |
| 3.1.4 主要培养基配制 |
| 3.1.5 主要缓冲液及试剂配制 |
| 3.1.6 主要仪器 |
| 3.1.7 试验分析软件 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 禽源多杀性巴氏杆菌临床分离株的获取 |
| 3.2.2 禽源多杀性巴氏杆菌临床分离株的药物敏感性试验 |
| 3.2.3 禽源多杀性巴氏杆菌临床分离株的毒力测定及病理组织切片 |
| 3.2.4 禽源多杀性巴氏杆菌临床分离株的全基因组提取 |
| 3.2.5 强弱毒株的生物信息分析 |
| 3.3 试验结果 |
| 3.3.1 4 株弱毒多杀性巴氏杆菌分离鉴定及生物学特性 |
| 3.3.2 4 株弱毒多杀性巴氏杆菌的基因组特征 |
| 3.3.3 强弱毒株的比较基因组学分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第4章 总结与展望 |
| 4.1 总结 |
| 4.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 作者简历 |
（8）仔猪呼吸道疾病综合征的病原检测及上下呼吸道微生物群落宏基因组学分析（论文提纲范文）
| 摘要 Abstract 第一章 文献综述 |
| 1 猪呼吸道疾病综合征概述 |
| 2 PRDC的主要病原 |
| 2.1 猪繁殖与呼吸综合征病毒 |
| 2.2 猪圆环病毒 |
| 2.2.1 猪圆环病毒2型 |
| 2.2.2 猪圆环病毒3型 |
| 2.3 猪伪狂犬病毒 |
| 2.4 猪肺炎支原体 |
| 2.5 猪传染性胸膜肺炎放线杆菌 |
| 3 呼吸道微生物群落研究进展 |
| 3.1 呼吸道微生的研究现状 |
| 3.2 呼吸道菌群 |
| 3.3 呼吸道微生物菌群失调的原因与防治 |
| 4 本研究的目的与意义 第二章 江西省PRDC猪群主要病毒性病原的调查及遗传变异分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 病料与毒株的收集 |
| 1.1.2 主要仪器与设备 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.1.4 主要试剂的配置 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 病料中病毒RNA/DNA的提取 |
| 1.2.2 猪呼吸道黏液的获取 |
| 1.2.3 反转录聚合酶链式反应(RT-PCR) |
| 1.2.4 聚合酶链式反应(PCR) |
| 1.2.5 目标产物的纯化 |
| 1.2.6 目标产物的连接与转化 |
| 1.2.6.1 目标片段的T-A克隆 |
| 1.2.6.2 连接产物的转化 |
| 1.2.7 重组菌的筛选与鉴定 |
| 1.2.7.1 重组菌的筛选 |
| 1.2.7.2 菌落PCR鉴定 |
| 1.2.7.3 重组菌的测序与比对 |
| 2 结果 |
| 2.1 PRDC主要病毒检测结果 |
| 2.1.1 RT-PCR/PCR检测结果 |
| 2.1.2 江西省各地区组织样品检测结果 |
| 2.2 PRRSV的测序分析结果 |
| 2.2.1 组织中PRRSV GP5 基因检测结果 |
| 2.2.2 PRRSV GP5 基因遗传进化分析结果 |
| 2.2.3 PRRSV GP5 基因同源性分析结果 |
| 2.3 PCV3全基因分析结果 |
| 2.3.1 PCV3全基因扩增结果 |
| 2.3.2 PCV3基因全长遗传进化分析结果 |
| 2.3.3 PCV3 Cap基因序列同源性分析结果 |
| 2.4 猪呼吸道拭子PCV2基因全长分析结果 |
| 2.4.1 猪呼吸道拭子PCV2基因全长的扩增结果 |
| 2.4.2 PCV2基因全长遗传进化分析结果 |
| 2.4.3 PCV2 Cap基因序列同源性分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 江西省猪呼吸道疾病综合征主要病毒性病原的调查 |
| 3.2 PRDC主要病原的基因测序及遗传变异分析 第三章 PCV2感染对仔猪上下呼吸道微生物群落结构的影响 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 病料的来源 |
| 1.1.2 主要仪器与设备 |
| 1.1.3 主要试剂 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 猪呼吸道拭子细菌总DNA的提取 |
| 1.2.2 16S rRNA V3~V4区PCR扩增、建库及测序 |
| 2 结果 |
| 2.1 猪呼吸道拭子总DNA的提取 |
| 2.2 OTU的划分和分类鉴定 |
| 2.2.1 OTU的划分 |
| 2.2.2 OTU的分类鉴定 |
| 2.3 PCV2感染与健康仔猪上下呼吸道微生物群落结构组成 |
| 2.4 PCV2感染与健康仔猪上下呼吸道微生物群落结构差异分析 |
| 3 讨论 全文总结 参考文献 致谢 |
（9）住院儿童急性呼吸道感染病原学分析和FAM89A和IFI44L在细菌和病毒感染儿童中表达的实验研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 中英文缩略语表 |
| 第一部分 厦门地区急性呼吸道感染住院儿童病原学分析 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 资料与方法 |
| 2.1 入选研究对象 |
| 2.2 实验室方法 |
| 2.3 统计学方法 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 一般资料 |
| 3.2 临床资料 |
| 3.3 病原学检出情况 |
| 第四章 讨论 |
| 第二部分 FAM89A和IFI44L在细菌和病毒感染儿童中表达的实验研究 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 资料与方法 |
| 2.1 实验对象 |
| 2.2 仪器设备和实验试剂 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 统计学方法 |
| 第三章 结果 |
| 3.1 一般资料 |
| 3.2 病原学情况 |
| 3.3 实验室指标 |
| 3.4 FAM89A mRNA和IFI44L mRNA表达量比较 |
| 3.5 混合感染中FAM89A mRNA和IFI44L mRNA表达情况 |
| 第四章 讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
四、流感嗜血杆菌的基因组学研究进展（论文参考文献）
- [1]基于宏基因组的分类数据库及病原快速识别系统研究与应用[D]. 李沛翰. 军事科学院, 2021(02)
- [2]胸膜肺炎放线杆菌SDHG-1的分离鉴定及致病性研究[D]. 李子亨. 吉林大学, 2021(01)
- [3]纳米孔测序技术在下呼吸道感染细菌性病原检测的临床应用以及基于网络分析方法分析下呼吸道微生物群落构成[D]. 刘晔. 卫生部北京老年医学研究所, 2021(01)
- [4]宏基因二代测序技术在感染性疾病中应用的临床资料分析[D]. 牛路. 兰州大学, 2021(12)
- [5]mNGS检测肺泡灌洗液病原微生物在下呼吸道感染诊治中的应用时机与价值初探[D]. 朱美利. 昆明医科大学, 2020(02)
- [6]16SrDNA基因测序和细菌培养对儿童腺样体菌群研究[D]. 曾小燕. 暨南大学, 2020(07)
- [7]基于比较基因组学揭示基因组岛对多杀性巴氏杆菌群体遗传及毒力的影响[D]. 何姣. 四川农业大学, 2019(01)
- [8]仔猪呼吸道疾病综合征的病原检测及上下呼吸道微生物群落宏基因组学分析[D]. 雷丹. 江西农业大学, 2019
- [9]住院儿童急性呼吸道感染病原学分析和FAM89A和IFI44L在细菌和病毒感染儿童中表达的实验研究[D]. 戴晓珊. 厦门大学, 2019(01)
- [10]微生物组学在慢性阻塞性肺疾病诊疗中的进展[J]. 刁文琦,徐明,贺蓓. 中华结核和呼吸杂志, 2018(12)