一、利用微卫星标记分析溧阳鸡的群体遗传变异（论文文献综述）
董新宇[1]（2021）在《利用全基因组测序数据解析藏鸡群体分层和遗传混杂现况》文中进行了进一步梳理藏鸡是中国极具特色的一个地方品种,是珍贵的遗传资源。该鸡种分布区域广阔,外貌特征纷杂,亚种/群定义不明。同时,因为前期存在与外来鸡种盲目杂交的现象,使外来血统随机渗入,导致纯血藏鸡数目锐减。因此为了更好对藏鸡群体进行保种育种,需要对藏鸡群体遗传分层和遗传混杂情况进行研究。本研究以115只藏鸡全基因组数据为基础,同时加入其它地方鸡等12个鸡种（共344个样本）,系统解析藏鸡群体分层和遗传混杂情况。通过评估各个样本群体的遗传多样性,并利用主成分分析、系统进化树和Admixture等分析评估了本研究中藏鸡群体的分层情况,识别与藏鸡存在混杂的遗传来源和程度,并鉴定藏鸡基因组中特征区间,这将为纯血藏鸡的鉴定,以及其保种育种应用提供理论依据。基于全基因组重测序数据,本研究的藏鸡群体至少可分为4个亚群,其中3个亚群具有明确且独特的遗传特征,并且这3个亚群与其地理分布存在一定的关联。一个亚群中大多数样本来自于日喀则地区,根据藏鸡组成成分分析该亚群包含的藏鸡特有遗传背景的比例最高,可看作藏鸡的“纯血”亚群。第二个亚群的主要来自拉萨的达孜地区,其与林甸鸡的遗传背景相似,在该亚群中我们鉴定到了林甸鸡血统侵入的区域;最后一个亚群主要采自林芝地区,其与茶花鸡的遗传背景相似,并且很可能是趋同进化造成的。同时,本研究还评估了藏鸡的遗传混杂程度。白来航和林甸鸡基因都渗入到藏鸡中,并且部分基因组片段已完全被外来血统取代。评估杂交培育而得的拉萨白鸡血统组成时,发现白来航的血统贡献要显着大于藏鸡的贡献。最后,也确定30个藏鸡特征基因组区间。综上所述,藏鸡群体的遗传分层与其地理分布有较大关联,但是分子遗传标记仍是藏鸡群体分层最准确的指标。与此同时,本研究明确了藏鸡群体混杂的部分来源和相应程度,以及确定藏鸡的特征基因组区间。这些结果对于藏鸡的提纯复壮工作都具有重要的指导意义。
赵龙[2]（2021）在《中-越地方鸡品种的遗传多样性分析》文中研究说明我国云南、广西一带,是世界上为数不多的红色原鸡主要栖息地之一。凭借着我国劳动人民的智慧,早在三千年前就对红色原鸡进行驯养和培育,衍生出了很多独具特色的地方鸡品种。越南与我国毗邻,地处优越,气候适宜,动物遗传资源非常丰富,也同样拥有很多的地方鸡品种。在“一带一路”的倡导下,通过探究中-越地理位置临近的部分地方鸡品种的遗传多样性和各个群体之间的遗传结构,为中-越地方鸡品种的保种和选育工作提供一定的参考。我们选取了中-越共21个地方鸡品种的534个样本,使用18个微卫星分子遗传标记位点对21个群体的遗传多样性进行了分析,之后选取其中距离比较近的9个中国地方鸡品种和6个越南地方鸡品种进行基因组重测序,使用SNP分子遗传标记对15个地方鸡品种进行遗传多样性的验证分析。具体分析结果如下。1.18个微卫星位点在21个群体中总共检测出377个等位基因,平均每一个位点有20.9440个,其中只有MCW0103位点检测出的等位基因数最少,为6个,其余位点均检测出超过10个等位基因。LEI0094位点检测出的等位基因数量最多,为44个,其多态信息含量也最高,为0.7820。21个群体的Ne值在5.22～9.22之间,其中大围山微型鸡群体最低,霞烟鸡最高。观察杂合度（Obs He）在0.4623～0.7193之间期望杂合度（ExpHe）在0.5964-0.7920之间,多态信息含量（PIC）在0.05531～0.7425之间。2.18个微卫星位点在21个群体内的近交系数（Fis）在-0.0122～0.4850范围内,除了 MCW0111位点和MCW0016位点呈现出杂合子过剩的情况,近交系数为负值,其他位点均显示杂合子缺失,其中MCW0165位点显示近交系数最高,为0.4850,18个位点的平均值为0.1080。21个群体的个体固定系数（Fit）的值在0.0954-0.6387之间,其中MCW01116位点最低,MCW0165位点最高,平均值为0.2569;整个群体的固定系数（Fst）的值在0.1031～0.4124范围内。3.遗传距离（DA）的值在0.2557～0.9494之间,其中越南地方鸡品种GH与云南大围山微型鸡的距离最远,越南地方鸡品种GA与GM之间的距离最近。越南五个地方鸡品种与云南地方鸡品种的遗传距离更近。4.利用Structure程序对21个群体进行群体遗传结构分析,在K=4的时候,5个越南地方鸡品种从群体中分离出来。直到K=12时,也没被分开的亚群有:由龙胜凤鸡、云龙矮脚鸡、腾冲雪鸡、霞烟鸡、大围山微型鸡组成的一个亚群;由西双版纳斗鸡、武定鸡、兰坪绒毛鸡与盐津乌骨鸡组成的第二个亚群;越南鸡的GA品种、GB品种、GM品种、GN品种、GH品种组成的第三个亚群。二次归类分析的过程中,除了五个越南地方鸡组成的第三个亚群,其它地方鸡品种均能各自分离开。5.15个国内地方鸡品种基于SNP分子遗传标记进行群体遗传结构分析,东涛鸡（CT）能够首先从整个群体中分离出来,而中国地方鸡品种与越南地方鸡品种也能较早的分离开。中国的9个地方鸡品种除了腾冲雪鸡与西双版纳斗鸡之间有较为严重的个体混杂情况外,其它群体均能各自聚类,遗传多样性非常丰富。越南六个地方鸡品种关系紧密,总体与茶花鸡的距离比较近。
王金帅[3]（2021）在《笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究》文中提出本研究以优质肉鸡燕山红玉鸡为试验材料,分析该品种公母鸡笼养条件下0-5月龄生长规律,并结合体重生长规律做出了三种生长曲线模型,后结合120日龄体重、体尺和屠宰指标,进行了一系列相关分析。系统研究20对微卫星位点在安卡红鸡、巴布考克白尾鸡、巴布考克黑尾鸡和燕山红玉鸡的遗传多样性,并与该燕山红玉鸡的生长及屠宰性状进行联合分析,为燕山红玉鸡后期生长分子标记辅助选择提供有效的遗传标记。研究结果如下:1.燕山红玉公鸡120日龄平均体重为3120±247.29g,母鸡为2250±274.25g。2.燕山红玉公鸡屠宰率为为88.3%,母鸡为89.66%,均高于85%;半净膛率公鸡为79.39%,母鸡为79.40%,均超过75%;全净膛率公鸡为66.26%,母鸡为66.49%,均超过65%,屠宰性能表现非常优异。3.Gompertz模型能更好地模拟燕山红玉公鸡和母鸡的生长发育规律。其拟合的燕山红玉鸡公鸡拐点周龄为7.488周,拐点体重为1342.55g,最大周增重为289.99g,拟合度为1;其拟合的燕山红玉鸡母鸡拐点周龄为7.384周,拐点体重为1043.20g,最大周增重为205.51g,拟合度为0.997。4.体重、体尺与屠宰性能的简单相关分析和逐步回归分析都揭示出燕山红玉公母鸡大部分体尺和屠宰性能指标间存在显着相关,燕山红玉公鸡活体重的最优回归方程为:Y=51.327X1+195.713X2;屠体重为:Y=43.693X1+177.777X2;全净膛重为:Y=38.831X1+115.341X2;半净膛重为:Y=42.640X1+149.745X2。燕山红玉母鸡活体重的最优回归方程为:Y=67.074X4;屠体重为:Y=257.199X2;全净膛重为:Y=44.632X4;半净膛重为:Y=53.331X4;再结合其他屠宰指标与体尺的回归方程,由此可知,笼养燕山红玉公鸡4个体重指标均与体斜长和胸宽存在显着正相关,其他公鸡屠宰指标也大多数与体斜长或胸宽存在显着正相关;母鸡的屠宰指标大多数与胸宽或胸围有显着关系。故在今后对燕山红玉鸡选育时可将体斜长、胸宽和胸围作为间接选择标准。5.4个鸡群在20个微卫星位点上共检测到192个等位基因,各位点所检测到的等位基因数为4～15个不等,平均每个位点9.6个,具有较高的多态性。4个鸡种的平均有效等位基因数范围为2.5677～3.1982,总体差异不大。4个鸡种在20个微卫星位点的平均PIC在0.5016～0.5945间,平均值为0.5481。20个微卫星座位中15个均属于高度多态性,其余的5个属于中度多态性。4个鸡种20个微卫星位点的平均I范围为1.0489～1.2817,整体差异不大。4个鸡群的平均观察杂合度为0.4732～0.5758,低于平均期望杂合度0.5605～0.6590。聚类分析把安卡红与燕山红玉鸡分为一类,巴布考克白尾与巴布考克黑尾分为一类。6.结合等位基因、不同基因型与性状间的方差分析结果,可得出11个两者共同重复的微卫星位点,这些位点可能与燕山红玉鸡QTL关系更密切。11个微卫星位点如下:MCW0067、MCW0081、LEI0166、MCW0123、MCW0014、MCW0034、MCW0165、MCW0248、MCW0330、MCW0206和MCW0078。之后在进行多重比较分析中,有4个微卫星标记与多个屠宰指标有显着性相关,如下:标记MCW0183对体长、胸深、胸肌重、腹脂率、头重和脚重影响显着;标记MCW0014对胸围、屠体率、心重和脚率影响显着;标记MCW0165对胸宽、翅膀重、屠体率、翅膀率和肝重影响显着;标记MCW0248对体重、胸深、胸围、胸骨长、腿肌重、翅膀重、头重、脚重、肝重、肝率和腹脂率影响显着。故在今后对燕山红玉鸡选育时可将MCW0183、MCW0014、MCW0165和MCW0248作为特异性标记。
李兴才[4]（2020）在《香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究》文中研究说明本研究以香炉山鸡为研究对象,采用直接观察和测定的方法对其外貌特征、生长性能、繁殖性能、产蛋性能等研究,并通过微卫星分子标记和线粒体DNA D-LOOP区全长序列遗传变异对香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性进行分析,试验主要研究结果如下:（1）香炉山鸡产浅褐壳或白壳鸡蛋,年产蛋量为95～120枚,开产日龄为195～210天,平均蛋重为45.86g±2.62,蛋壳厚度为0.33±0.02,种蛋受精率与受精蛋孵化率均在90%以上。香炉山鸡体重生长规律符合Gompertz模型曲线;平均屠宰率为90.28.%,平均全净膛率为63.68%,整体屠宰性能较高,处于优质鸡水平;肉品质分析显示胸肌蛋白质含量为20.25%,粗脂肪含量为3.13%。腿肌蛋白质含量为21.25%,粗脂肪含量为1.77%,香炉山鸡肌肉营养价值丰富。（2）利用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析,共检测出85个等位基因、平均等位基因数为4.047 6、有效等位基因数为2.955 0、Shanon指数为1.170 8、多态信息含量为0.580 7、观察杂合度为0.575 7、期望杂合度为0.637 1,经分析得出香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内部杂合度比较高,还存在一定的选育空间。（3）本实验对121只香炉山鸡线粒体DNA D-Loop区全长序列进行分析,结果发现,D-Loop区全长序列为1231-1233 bp,A、T、C、G四种碱基含量分别为26.62%、33.55%、26.49%、13.34%,表现出T碱基含量最高,G碱基含量最低,A+T含量明显高于G+C含量,说明此区可能具有一定的碱基嗜好性;121条全长序列经分析发现共存在11种单倍型,26个变异位点,其中多态信息位点2个,简约信息位点24个,另外存在4处碱基插入与2处碱基缺失;进行遗传多样性分析得出单倍型多样度为0.8140,核苷酸多样度为0.00447,平均核酸差异数为5.494,表明香炉山鸡遗传多样性比较丰富,还具有一定的选育空间;聚类分析结果显示香炉山鸡起源于红色原鸡且可能存在多个母系起源。
王统苗[5]（2020）在《我国地方鸭资源遗传多样性分析及品种鉴定》文中研究表明我国是世界上鸭遗传资源最为丰富的国家,经过长期的保护与开发利用,部分资源存在遗传多样性衰减、品种血统混杂等现象。为了加强鸭遗传资源保护,支持和引导鸭遗传资源监测评估。本研究以国家级水禽基因库（福建）15个鸭遗传资源为试验材料,测量其体重和体尺性状,进行各指标间相关性分析及逐步回归分析,通过全基因组重测序,分析它们的群体结构及进行品种鉴定。接着选用我国6个小体型鸭品种,通过STR分型技术进行遗传多样性分析及品种特异性鉴定。主要研究结果如下:1、15个鸭遗传资源内体重和部分体尺性状多样性丰富,其中缙云麻鸭体重变异系数最大,为12.81%;不同类型鸭资源的体重与体尺性状间存在显着相关,特别是大体型鸭品种,如巢湖鸭和吉安红毛鸭,体重与体尺性状之间存在强相关性;通过体重与部分体尺指标的回归分析,建立了 15个鸭遗传资源体重回归方程;将本研究中鸭遗传资源与中国家禽品种志（1984年）和中国畜禽遗传资源志（2006年）上的同一鸭品种的体重和体尺比较发现,金定鸭与攸县麻鸭等体重、体斜长等指标有明显改进,保种效果较好。综上,经过长期的保护,15个鸭遗传资源保持了丰富的遗传多样性,具有较大的开发利用潜力。2、通过PCA分析、群体结构分析、系统发育树分析发现,15个鸭遗传资源的遗传分化相似,系统发育树结果显示麻旺鸭单独聚为一类,攸县麻鸭、山麻鸭和缙云麻鸭聚为一类;连城白鸭、莆田白鸭和莆田黑鸭聚为一类;三穗鸭和金定鸭聚为一类;绍兴鸭、吉安红毛鸭、龙胜翠鸭、中山麻鸭、巢湖鸭聚为一类,褐色菜鸭聚为一类;通过对重测序数据筛选发现存在于特定群体中的47个SNP,将这些SNP进行组合可以鉴别不同鸭遗传资源。3、使用Microsatellite-Toolkit软件统计6个小体型鸭品种在10个微卫星位点上的等位基因数、杂合度和多态信息含量,结果发现所有微卫星位点在这6个鸭品种中都是中高度多态位点（0.25<PIC<1.00）,平均期望杂合度为0.596,观察杂合度为0.443;利用DA遗传距离构建的UPGMA图显示,金定鸭先与山麻鸭聚为一类,然后和荆江鸭、连城白鸭聚为一类,再与攸县麻鸭聚为一类,广西小麻鸭单独聚为一类。选用4对具有共有基因型的微卫星位点,构建鸭品种鉴定柱形图,根据基因型频率的不同,将不同位点进行组合可以区分这6个鸭品种。10对微卫星位点在6个鸭品种中遗传多样性丰富,遗传变异程度适中,用其进行品种特异性鉴定具有较高的有效性和可靠性。综上,对15个鸭遗传资源体重和体尺性状进行测量,为鸭遗传育种提供基础数据;通过全基因组重测序挖掘存在于15个鸭遗传资源的特定SNP,利用其鉴别不同鸭群体;利用10个微卫星位点进行遗传多样性分析发现,6个小体型鸭品种遗传多样性丰富,遗传变异程度适中;利用共有基因型频率的不同,构建鸭品种鉴定柱形图,通过几个位点组合可以有效鉴别6个小体型鸭品种。
刘津[6]（2019）在《深县猪不同世代间遗传变异的研究》文中研究表明为了分析深县猪保种群的保种效果,为深县猪及其同类地方猪群体保种方案的制定与调整提供理论依据,采用分层随机抽样的方法采集深县猪1-4世代的耳组织样164份,用线粒体基因组中进化速度较快的5个基因为标记和核基因组中27个微卫星位点两种分子标记对线粒体基因组和核基因组这两套遗传物质进行检测,结果如下:1.微卫星分子标记的监测结果显示,各世代的平均有效等位基因数在3.8681-4.1910之间,平均多态信息含量在0.5932-0.6545之间,平均期望杂合度在0.6497-0.6909之间,平均固定指数0.5043-0.5215。随着世代的更替,四个世代保种群的等位基因数逐代上升,保种的过程中未发现等位基因在传递过程中全部丢失的情况,各个世代的PIC值都高于0.5,可见整个种群呈现出高度多态,分析可以看出世代与世代间平均PIC值相差不大,这证明深县猪在保种过程中保持了稳定的多样性;4个世代虽然出现了近交现象,但近交程度没有出现升高的趋势。2.在深县猪mtDNA 5个基因4个世代群体的120条序列中,共检测出32种单倍型、27个变异位点,其中转换6次,颠换11次,颠换次数明显高于转换,说明深县猪群体有较强的偏倚性。深县猪1、2、3和4世代mtDNA 5个基因平均单倍型样度（HD）在0.3088-0.3794之间,平均核苷酸差异数（K）在0.3778-0.6467之间,核苷酸多样度（Pi）在0.000306-0.000452之间。群体内的平均单倍型多样性和核苷酸多样性在4个世代的变化保持稳定。4个世代均采用Tajima’s D值进行中性检验,经检验均不显着,符合中性突变。说明深县猪在世代传递过程中群体大小稳定,且保持了遗传多样性的稳定。3.对比两种遗传标记对深县猪遗传多样性检测结果,并与其他品种相比,深县猪核基因组的遗传多样性丰富,但线粒体DNA遗传多样性贫乏。证明深县猪恢复群体在起始世代有较好的遗传多样性,但母系来源较狭窄。父系血缘较丰富,对该群体遗传多样性具有重要贡献。4.在深县猪mtDNA CytB基因全序列NJ进化树中,深县猪三种单倍型聚为同一分支,母系来源单一,与莱芜猪、大蒲莲猪等山东品种遗传距离较近。由上述结果可得出如下结论:两种分子标记结果均显示深县猪在世代的遗传过程中群体数量保持稳定,遗传多样性处于平稳的水平,保种起到了良好的效果。
白优[7]（2018）在《乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析》文中进行了进一步梳理本研究分析测定了乌蒙凤鸡的生长性能、繁殖性能、屠宰性能和部分肉质指标,并结合mtDNA D-Loop区和微卫星DNA标记对乌蒙凤鸡的遗传背景和遗传多样性进行了研究,结果如下:1.乌蒙凤鸡体型特征明显,公鸡体格整体高于母鸡;开产日龄为181210天,蛋形指数1.33±0.06,哈氏单位65.88±3.56,种蛋受精率和受精蛋孵化率均大于90%,属于以肉用性能为主的地方鸡种;公母鸡屠宰率、半净膛率和全净膛率分别为89.37%和91.82%、80.82%和78.11%、68.7%和65.14%,屠宰性能好,处于优质鸡行列;对肌肉的肉质指标检测发现,公母鸡中不饱和脂肪酸含量分别占总脂肪酸的61.74%和64.19%,含锌量分别为34.20mg/kg和27.80mg/kg,两者差异不显着（P<0.05）,含硒量均在0.70mg/kg左右,具有较高的营养价值。2.结合mtDNA D-Loop区序列对乌蒙凤鸡的遗传背景进行分析,研究发现乌蒙凤鸡mtDNA D-Loop区长度在12271229bp之间,A、G、C、T 4种核苷酸含量分别为26.426.7%、13.213.4%、26.226.8%、33.533.9%,A+T含量为59.7760.47%,G+C含量为39.5340.23%,线粒体序列中富含A+T;DNASP5.0序列分析结果显示,mtDNA D-Loop区共发现38个变异位点,其中26次为T-C转换、8次为A-G转换、2次为碱基颠换（A-C颠换）、2处出现碱基插入/缺失（分别在12bp、855bp位置分别发现A、C的插入/缺失变异）;单倍型多样度为0.90,核苷酸多样性0.01,核苷酸平均差异度8.68,单倍型比例32.50%,表明乌蒙凤鸡具有丰富的遗传多样性;利用MEGA6.0软件进行聚类分析,发现乌蒙凤鸡存在多个母系起源。3.利用微卫星技术对乌蒙凤鸡的遗传多样性进行分析发现,等位基因总数为83个,平均等位基因数为4.3684,平均有效等位基因数为3.0939,平均SI为1.2303,表明乌蒙凤鸡遗传多样性丰富;在19个座位上的微卫星标记中,符合Hardy-Weinberg平衡的位点数为7个,其余位点偏离Hardy-Weinberg平衡;群体间的遗传分化系数在-0.52700.2987之间,有21.10%的变异来自群体间的基因交流;基因流变化范围在0.55862.2867;6个鸡种间的遗传距离在0.32650.4863之间,聚类分析显示乌蒙凤鸡和高脚鸡、矮脚鸡亲缘关系最近,与威宁鸡亲缘关系较近,与竹乡鸡、百宜黑鸡亲缘关系最远。
邹云峰[8]（2018）在《彭县黄鸡种质资源特性与生产性能分析》文中研究说明彭县黄鸡是我国优秀家禽种资资源,其具有耐粗放、抗逆性强、味美可口等优点,是分布在成都平原和丘陵地区黄鸡类群中的代表鸡种。上世纪末,由于国外大量快大型肉鸡的引进,导致彭县黄鸡数量的骤减,市面上也出现了彭县黄鸡与其他鸡种混杂的情况,养殖规模的快速缩小,彭县黄鸡濒临灭绝,保护彭县黄鸡种资资源显得尤为重要,为此我们开展了彭县黄鸡种质资源保护工作,以期为彭县黄鸡的保护提供理论依据。为全面了解彭县黄鸡的种质资源特性和基本的生产性能,本研究通过对彭县黄鸡保种群体进行mtDNA D-loop区测序,结合GenBank已有数据,分析彭县黄鸡遗传多样性和起源;比较彭县黄鸡保种群体中不同胫色群体的生长性能和肉质品质,明确其选育开发方向;采用生长曲线拟合为彭县黄鸡制定一个合理化养殖程序和科学管理模式;分析180日龄彭县黄鸡体尺和屠宰性能的相关性,并对不同产蛋日龄的种蛋品质进行对比。主要结果如下:1.彭县黄鸡线粒体群体线粒体DNA D-loop区序列全长504bp506bp,共检测到15个多态位点,分为7个单倍型,核苷酸多样性（Pi）为0.00694±0.000758,单倍型多样性为（Hd）为0.713±0.041。NJ法构建系统系统发生树,发现彭县黄鸡有三个分支,可能来自3个母系起源。2.彭县黄鸡不同胫色群体屠宰率在88.04%89.47%,半净膛率在75.44%81.34%,全净膛率在60.71%63.64%,胸肌率在11.54%12.28%,腿肌率19.28%24.54%,表明彭县黄鸡优秀的产肉性能。除了腹指率指标白胫公鸡显着高于黄胫公鸡外（P<0.05）,其余屠宰指标差异都不显着。不同胫色群体间肉色、滴水损失、粗水分、干物质、肌内脂肪和粗蛋白等指标差异不显着;黄胫母鸡的总氨基酸、必需氨基酸以及鲜味氨基酸含量显着低于白胫母鸡（P<0.05）,但公鸡间差异不显着;此外,脂肪酸含量在不同胫色间差异不显着,而黄胫群体肌苷酸含量显着高于白胫群体（P<0.05）。3.采用Gompertz、Logistic和Bertalanffy三种模型均能用于彭县黄鸡生长发育曲线的拟合,拟合度（R2）都超过0.995,,其中Gompertz模型与各个周龄实测体重更加吻合,表明Gompertz模型对彭县黄鸡生长曲线的拟合效果最优。4.彭县黄鸡180日龄的体尺参数与屠宰性能间大多数性状均表现为显着或极显着正相关（P<0.05或P<0.01）;彭县黄鸡体尺性状和屠宰性能间的第一对典型相关系数分别是0.971和0.927,贡献率分别为0.974和0.817,都达到极显着水平。在体尺指标和屠宰性能中均是体斜长、半净膛率和全净膛率起决定因素。试验证明:可以将体斜长作为主要标准对彭县黄鸡进行屠宰性能的选择。5.彭县黄鸡蛋重、蛋壳重和蛋黄比率随产蛋日龄的增加而增加,且155日龄显着低于240日龄、300日龄和400日龄（P<0.05）;155日龄和400日龄的蛋壳强度、蛋壳厚度显着低于240日龄（P<0.05）,但与300日龄没有差异（P>0.05）;240日龄与300日龄的蛋白高度和哈夫单位较高,都显着高于155日龄（P<0.05）,但与400日龄没有差异（P>0.05）。结果表明彭县黄鸡以产蛋中期（240-300日龄）最佳,并随着日龄的增高蛋品质逐渐降低。综上,本研究表明彭县黄鸡mtDNA D-loop区的多态性较丰富,有3个母系起源。在进行彭县黄鸡选育时,可利用Gompertz模型进行生长曲线拟合,并通过体斜长作为主要参考指标进行生长性能的间接选择,且尽量选择产蛋中期（240-300日龄）的种蛋进行早期留种,为彭县黄鸡选育方案制定和早期选育留种提供科学指导。
周智红[9]（2014）在《近十年藏羚羊微卫星遗传多样性变化趋势》文中认为本研究采用微卫星分子标记对2002年和2013年藏羚羊种群的遗传多样性进行分析，以评估近10年间藏羚羊的遗传多样性变化趋势。主要研究结果如下：1．选取16对多态性微卫星引物对QH2002种群进行遗传多样分析。结果显示这16对微卫星引物在该藏羚羊群体中共检测到103个等位基因，每对引物在藏羚羊群体中都分别检测到7个以上的等位基因，平均等位基因数为12；各微卫星引物的有效等位基因数在3.84～13.32之间，平均有效等位基因数为7.87；16个微卫星标记的多态信息含量在0.7078～0.9134之间，其平均值为0.836；16个微卫星标记的观测杂合度在0.0366～0.8795之间，平均观测杂合度为0.4386，期望杂合度在0.7399～0.9249之间，平均期望杂合度为0.8565。以上结果显示出QH2002群体遗传变异较大，遗传多样性较丰富。2．选取15对多态性微卫星引物分析QH2013和XZ2013合并种群的遗传多样性，研究结果显示这15对微卫星引物在该藏羚羊群体中共检测到122个等位基因，每对引物在藏羚羊群体中都分别检测到17个以上的等位基因，平均等位基因数为23；各微卫星引物的有效等位基因数在5.54～15.87之间，平均有效等位基因数为10.59；15个微卫星标记的多态信息含量在0.8452～0.9387之间，其平均值为0.9075；15个微卫星标记的观测杂合度在0.1770～0.7708之间，平均观测杂合度为0.4486，期望杂合度在0.8194～0.9291之间，平均期望杂合度为0.8938。以上结果显示出QH2013和XZ2013合并种群遗传变异较大，遗传多样性较丰富。分子变异分析显示藏羚羊种群间的遗传变异指数为1.78%，种群内的遗传变异指数为98.22%，结果表明藏羚羊的遗传变异主要存在于种群内部而非种群之间，藏羚羊种群间不存在明显的遗传结构。青海和西藏种群间的遗传分化系数为0.02，种群间每世代的迁移个体数达31个，存在较大的基因流。3．通过对2002年和2013年两个藏羚羊种群的各项群体内遗传变异参数进行比较分析得出，2013年的各项指标相比2002年均有所增大，表明藏羚羊遗传多样性呈上升态势。国家对藏羚羊保护力度的加大和自然保护区的设立是藏羚羊种群持续增长和种群间基因流增加的重要原因，有助于藏羚羊遗传多样性的提高。
杜文兴[10]（2011）在《中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究》文中指出我国地方鹅品种资源丰富,品种间体型外貌,生产性能及遗传特性差异较大。为全面了解中国家鹅遗传资源现状、遗传多样性及遗传关系,本研究通过原产地调查并采集了来自中国不同地区的11个中国家鹅品种及7个江苏省内品种（类群）,2个引进的欧洲家鹅品种和来自2个动物园的灰雁、鸿雁,利用双重抑制PCR技术获得的10对鹅微卫星引物对437个鹅个体基因组DNA进行分析。分析了等位基因频率、群体杂合度（H）、有效等位基因数、多态信息含量、群体间的Nei氏标准遗传距离（DS）和DA遗传距离,采用UPGMA法、主成分分析（FCA）和群体遗传结构分析等方法,对11个中国家鹅品种及7个江苏省内地方品种的群体内的遗传变异进行了分析。基于线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段对13个品种79个个体和GenBank中相关序列的分析进行了中国鹅品种分类地位探讨。其研究结果如下：1.经双重抑制PCR技术分离得到鹅的微卫星引物12对,其中仅一对不能完全扩增出微卫星片段,其余均能扩出,且退火温度变化范围较大,很容易进行PCR扩增反应。有一对引物扩增后在所有品种上都呈单态,其余10对引物均具多态性。从微卫星引物扩增出的片段中选择两个相对较小且清晰的等位基因片段A和B,A等位基因为11个（CA/TG）重复,B为14个重复。结果显示,在鹅的基因组中可能存在大量的（TG）n重复序列。2.从上述获得的微卫星引物中筛选出10对具有较好多态性的引物,对13个国内外的鹅种基因组DNA进行PCR扩增和基因型判断；由Fstat软件计算结果显示,13个品种中共检测到61个等位基因；每个座位的等位基因数为4～11个。61个等位基因中仅有7个在13个鹅品种中出现；有12个在11个中国鹅群体中出现,中国鹅中共有等位基因数占总等位基因数的19.56%。但有些特有的等位基因仅在某一群体中出现,如溆浦鹅、豁眼鹅、太湖鹅、狮头鹅分别在四个不同位点出现稀有的等位基因。除G08的143 bp位点在狮头鹅中出现较高的等位基因频率外（0.868）,其余三个稀有等位基因均只有较低的频率。同时还发现,个别品种存在个别位点等位基因缺失现象,如伊犁鹅中在G01的143bp位点上出现等位基因缺失。3.10个微卫星在13个中外鹅品种中的平均群体杂合度（H）为0.545；除G04、G09和G12位点平均杂合度低于0.5外,其余7个位点的平均杂合度都超过0.5。我国11个地方鹅品种的群体杂合度较高,最高的长乐鹅（0.605）,最低的东北籽鹅（0.488）,两个外来品种莱茵鹅和朗德鹅的群体杂合度较低,分别为0.470和0.421；表明我国地方鹅品种的遗传变异相对较大；外来鹅种遗传变异相对较小、品种比较纯、选育程度较高。13个品种所有基因座的平均多态信息含量（PIC）为0.485,仍以中国鹅种较高,外来鹅种较低；表明我国地方鹅品种内的遗传基因丰富,外来鹅种遗传基因相对较纯。10个微卫星在13个品种的平均等位基因观察数为3.53、平均有效等位基因数为2.539；中国鹅种普遍高于外来鹅种。品种间的遗传变异分析表明：10个微卫星在13个鹅种的FST（群体分化系数即遗传分化系数）为21.39%（p<0.001）,所有位点都出现极显着分化（p<0.001）。13个鹅品种的F（>）（总近交系数）值为23.7%,达到极显着水平（p<0.001）；其中G04、G06、G08、G09、G10和G12位点的Frr值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平（p<0.001）。13个鹅品种的FIs（鹅种间的近交系数）值为2.98%,达到显着水平（p<0.05）；其中G04、G08、G09、G10的FIs值偏离Hardy-Weinberg期望,达极显着水平（p<0.001）。Nm（基因流值）变化范围从G04的0.3863到G10的1.7854,平均值为0.8890。从FST和Nm值可知,FST值越大、Nm值越小,也即群体（品种间）分化程度越大、基因流值越小。通过分子方差分析得出我国新疆伊犁鹅与我国其它10个地方鹅品种间的FST值差异达到显着水平（P<0.05）。欧洲的莱茵鹅、朗德鹅与我国地方10个鹅品种（伊犁鹅除外）间的FST值差异达到极显着水平（P<0.01）。我国地方大型鹅品种与中、小型鹅之间的FST值差异达到显着水平（P<0.05）。从基因流值来看,皖西白鹅和雁鹅之间基因流值最大（Nm=9.554）；四川白鹅和雁鹅之间次之（Nm=7.947）；而朗德鹅和东北籽鹅之间基因流值最小（Nm=0.325）。莱茵鹅和朗德鹅两品种间遗传分化系数较小（FST=0.072）;皖西白鹅和雁鹅间遗传分化程度最小（FST=0.026）。但总体来说,中国地方鹅品种间（除伊犁鹅外）群体遗传分化系数较小,说明中国家鹅的起源均受到了同一祖先的影响；中国鹅品种间的基因流值大于与外来鹅种间的基因流值,说明中国鹅种间相互迁移率更高。4.UPGMA和NJ法聚类均能把13个鹅群体在总体上分为两大类：中国鹅种（伊犁鹅除外）聚为一类,外来2个鹅种先聚后再与伊犁鹅聚为第二类。用Structure程序对13个鹅种的遗传结构进行分析,当K=2时,13个鹅种分成二类,其中伊犁鹅和欧洲鹅聚在一类；当K=3时,伊犁鹅仍和欧洲鹅聚在一类；中国其他鹅种中的浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅、皖西白鹅聚为一类,其除中国鹅聚为一类；当K=4、5时,浙东白鹅、长乐鹅、太湖鹅聚为一类,豁眼鹅、东北籽鹅、皖西白鹅聚为一类,四川鹅、雁鹅、溆浦鹅聚为一类,狮头鹅单独一类；当K=6时,伊犁鹅从欧洲鹅中分离出来,其除中国鹅种间聚类基本不变。此结果与UPGMA和NJ法聚类结果基本一致。5.选择11个品种79个个体的线粒体DNA COI基因序列中的681bp片段进行分析。结果表明：11个群体的Hd（单培型多样度）为0.6219±0.036；Pi（核苷酸多样度）为0.00120±0.00011；11个群体共有6种单倍型,且以H2和H3为主体单倍型,两者频率分别为51.9%和31.65%；而H4、H5和H6单倍型仅为一个个体的少数单倍型。采用Mega4软件进行多序列比对后发现,其中保守位点677个,可变位点4个,简约信息位点4个,单信息位点2个。群体内单倍型多样度（Hd）以莱茵鹅最高（0.8100±0.0169）,其次为灰雁（0.7140±0.0151）,伊犁鹅品种Hd为0。将中国地方家鹅品种间的Hd进行比较,皖西白鹅明显高于其它鹅品种。群体内核苷酸多样度（Dx/Dy）以菜茵鹅最高（0.00168）,伊犁鹅最低为0。群体间核苷酸分歧度（Dxy）以鸿雁与中国鹅（伊犁鹅除外）间、灰雁与欧洲鹅及伊犁鹅间较小。群体间遗传分化指数（GST）,以中国伊犁鹅与鸿雁的GsT遗传分化大于与灰雁的遗传分化程度；除伊犁鹅之外,中国地方鹅种群体间的GST相对较小,表明除伊犁鹅外的中国鹅间遗传关系更一致。6.对雁亚科32条COI基因序列的统计分析发现,4种碱基（T、C、A、G）的平均含量分别为23.8%、34.6%、24.9%、16.7%,嘌呤平均含量与嘧啶平均含量相近,说明序列碱基不存在明显的偏向性。31条雁亚科mtDNACoI基因序列中共检测到24种单倍型,作为外群的鹊雁亚科（Anseranatinae）的鹊鹅（magpie goose）形成一个独立的单倍型,所有物种Hd为0.9819；其中中国家鹅、鸿雁与下载鸿雁序列共享同一单倍型,伊犁鹅、欧洲鹅与灰雁共享同一单倍型。7.基于10对鹅微卫星引物分析结果显示：鸿雁与莱茵鹅的遗传分化程度最高,为0.386；莱茵鹅与朗德鹅、伊犁鹅的遗传距离较近,分别为0.1484和0.2099,还与灰雁的距离相对较近,分别为0.2850和0.3031；中国家鹅（除伊犁鹅外）与鸿雁的遗传距离较近,为0.1768。鸿雁、中国家鹅与朗德鹅间的遗传距离最大,分别为0.855和0.854；相应地,它们之间的品种分化时间也最早,达到了777.2年和776.1年。中国家鹅（除伊犁鹅外）与上述集合中的所有群体的遗传距离均较远,伊犁鹅与欧洲鹅的分化时间较晚于与中国家鹅的分化时间。聚类分析结果发现：鸿雁与中国家鹅聚为一类,莱茵鹅与朗德鹅先聚,再分别与伊犁鹅、灰雁聚为一类。每个分枝上都获得较高的支持率。综合研究结果表明：中国家鹅（除伊犁鹅外）起源于鸿雁,欧洲鹅（包括伊犁鹅）起源于灰雁。8.基于10对鹅微卫星引物对江苏省鹅种遗传基因研究结果表明,江苏省内鹅品种资源可以分为四大类型。一类是太湖鹅：包括苏州种鹅场的太湖鹅、南农大种鹅场的太湖鹅、以及盐城建湖的太湖鹅。第二类是四季鹅：包括句容和溧水二地的四季鹅,以及含有浙东白鹅和皖西白鹅血缘的洪泽鹅。第三类是四川鹅：主要是引进饲养推广的四川白鹅,实际上常熟饲养的不是太湖鹅,而是引入的四川白鹅。第四类是扬州鹅：由于扬州鹅是通过引入四川白鹅等品种与太湖鹅杂交后选育的鹅种,所以遗传基因丰富,可以自成一体进行继续选育和推广。而豁眼鹅和狮头鹅至今仍游离于江苏养鹅业外。
二、利用微卫星标记分析溧阳鸡的群体遗传变异（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、利用微卫星标记分析溧阳鸡的群体遗传变异（论文提纲范文）
（1）利用全基因组测序数据解析藏鸡群体分层和遗传混杂现况（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 中国地方鸡及藏鸡的现状 |
| 1.2.1.1 中国地方鸡概况 |
| 1.2.1.2 藏鸡的品种特征 |
| 1.2.1.3 藏鸡群体遗传混杂现状 |
| 1.2.2 遗传混杂的研究方法及遗传数据的来源 |
| 1.2.2.1 遗传混杂的研究方法 |
| 1.2.2.2 遗传标记的来源 |
| 1.2.3 中国地方鸡及藏鸡全基因组测序应用进展 |
| 1.2.3.1 中国地方鸡全基因组测序应用研究进展 |
| 1.2.3.2 藏鸡全基因组测序应用研究进展 |
| 1.3 目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 数据分析软件及数据库 |
| 2.1.1 软件 |
| 2.1.2 数据库 |
| 2.2 实验动物 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 全基因组变异数据的识别 |
| 2.3.1.1 DNA提取 |
| 2.3.1.2 全基因组遗传变异检测 |
| 2.3.2 遗传多样性计算 |
| 2.3.3 群体遗传结构 |
| 2.3.4 群体基因交流分析 |
| 2.3.5 单倍型水平的祖先来源分析 |
| 2.3.5.1 评估拉萨白鸡的祖先来源 |
| 2.3.5.2 评估藏鸡亚群TBC2 的祖先来源 |
| 2.3.5.3 评估藏鸡亚群TBC3 的祖先来源 |
| 3 结果 |
| 3.1 测序数据统计 |
| 3.2 遗传多样性 |
| 3.3 主成分分析 |
| 3.4 Admixture分析 |
| 3.5 系统进化树 |
| 3.6 群体基因交流分析 |
| 3.7 单倍型水平的祖先来源分析 |
| 3.7.1 评估拉萨白鸡的祖先来源 |
| 3.7.2 评估藏鸡亚群TBC2 的祖先来源 |
| 3.7.3 评估藏鸡亚群TBC3 的祖先来源 |
| 4 讨论 |
| 4.1 遗传多样性 |
| 4.2 群体遗传结构 |
| 4.3 群体遗传混杂情况 |
| 4.4 单倍型水平的祖先来源情况 |
| 5 小结 |
| 5.1 本研究主要结果和讨论 |
| 5.2 本研究创新点及特色 |
| 5.3 本研究不足及进一步工作建议 |
| 5.3.1 本研究不足之处 |
| 5.3.2 进一步工作建议 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附图 |
| 致谢 |
（2）中-越地方鸡品种的遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英文缩略词 |
| 第1章 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 中-越地方鸡品种资源简介 |
| 3 畜禽品种鉴定的概述 |
| 4 微卫星标记 |
| 4.1 微卫星概述 |
| 4.2 微卫星分型技术 |
| 4.3 微卫星标记的优点 |
| 4.4 微卫星标记的不足 |
| 4.5 微卫星标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
| 5 SNP标记 |
| 5.1 SNP标记在家禽遗传育种研究中的应用 |
| 6 本研究的目的及意义 |
| 第2章 中-越地方鸡品种的遗传多样性分析 |
| 1 实验材料及分析方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 微卫星荧光引物筛选 |
| 1.3 实验仪器与试剂 |
| 1.3.1 主要仪器和设备 |
| 1.3.2 主要试剂 |
| 1.4 实验用鸡血液样本DNA提取 |
| 1.5 PCR反应体系建立 |
| 1.6 STR基因分型检测 |
| 1.6.1 电泳检测 |
| 1.6.2 STR检测 |
| 1.7 统计学原理 |
| 1.8 基因型判定方法 |
| 1.9 聚类方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 样本基因组提取 |
| 2.2 STR基因分型检测 |
| 2.3 微卫星位点的遗传学参数 |
| 2.4 群体遗传学参数 |
| 2.4.1 等位基因数 |
| 2.4.2 多态信息含量 |
| 2.4.3 杂合度 |
| 2.5 F统计量 |
| 2.6 遗传距离 |
| 2.6.1 基于遗传距离的聚类分析 |
| 2.7 PCA分析 |
| 2.8 群体遗传结构分析 |
| 2.9 特有等位基因型及品种鉴定 |
| 2.9.1 特有等位基因及频率 |
| 2.9.2 基因型赋值以及品种鉴别标签的构建 |
| 3 讨论 |
| 3.1 各群体的样本含量 |
| 3.2 SSR引物的选择及标记 |
| 3.3 群体遗传学参数与遗传距离 |
| 3.4 PCA分析 |
| 3.5 群体遗传结构分析 |
| 第3章 全基因组重测序检验分析部分地方鸡品种的群体遗传结构 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.1.1 血液基因组提取 |
| 1.2 全基因组重测序 |
| 1.2.1 群体进化简介 |
| 1.2.2 全基因组重测序群体进化 |
| 2 实验流程 |
| 2.1 样品检测 |
| 2.2 文库构建 |
| 2.3 库检 |
| 2.4 上机测序 |
| 2.5 主成分分析 |
| 2.6 群体遗传结构分析 |
| 2.7 群体进化树分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 主成分分析 |
| 3.2 群体遗传结构分析 |
| 3.3 系统发育树分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 主成分 |
| 4.2 群体遗传结构 |
| 4.3 系统发育树 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（3）笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究（论文提纲范文）
| 缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 安卡红鸡、巴布考克B380 蛋鸡、燕山红玉鸡的介绍 |
| 1.1.1 安卡红鸡的介绍 |
| 1.1.2 巴布考克B380 蛋鸡的介绍 |
| 1.1.3 燕山红玉鸡的介绍 |
| 1.2 国内外肉鸡生产现状 |
| 1.2.1 国外肉鸡业发展现状 |
| 1.2.2 国内肉鸡业发展现状 |
| 1.3 微卫星标记及在遗传育种中的运用 |
| 1.3.1 微卫星的结构 |
| 1.3.2 微卫星的功能 |
| 1.3.3 微卫星DNA标记作用机制 |
| 1.3.4 微卫星DNA标记在鸡遗传多样性研究中的应用 |
| 1.4 研究目的和意义 |
| 第二章 笼养燕山红玉肉鸡生长及屠宰性能测定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料的选择与分组 |
| 2.1.2 饲养管理 |
| 2.1.3 测定指标与方法 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.2.1 体重测定结果 |
| 2.2.2 体尺测定结果 |
| 2.2.3 屠宰性能测定结果 |
| 2.3 燕山红玉鸡体重生长曲线研究 |
| 2.3.1 材料和方法 |
| 2.3.2 三种生长曲线模型 |
| 2.3.3 统计分析 |
| 2.3.4 生长曲线拟合结果 |
| 2.4 体尺指标与屠宰性能相关性分析 |
| 2.4.1 材料和方法 |
| 2.4.2 数据处理 |
| 2.4.3 实验结果 |
| 2.5 燕山红玉体尺性状与屠宰性能的多元回归分析 |
| 2.5.1 材料和方法 |
| 2.5.2 数据处理 |
| 2.5.3 实验结果 |
| 2.6 讨论 |
| 2.6.1 对体重、体尺和屠宰性能指标的分析 |
| 2.6.2 燕山红玉鸡0-12 周龄生长规律拟合模型分析 |
| 2.6.3 燕山红玉鸡体重、体尺与屠宰性能的相关指标分析 |
| 2.7 小结 |
| 第三章 燕山红玉肉鸡及其亲本微卫星多样性分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 试验鸡群 |
| 3.2.2 微卫星位点信息 |
| 3.2.3 微卫星多态检测 |
| 3.2.4 统计软件与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 4 个鸡种在20 个微卫星位点的等位基因频率及分布 |
| 3.3.2 4 个鸡种20 个座位的等位基因数和有效等位基因数 |
| 3.3.3 4 个鸡种的遗传进化分析 |
| 3.3.4 4 个鸡种的聚类分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 样本数量和微卫星引物的选择 |
| 3.4.2 遗传多样性分析 |
| 3.4.3 4 个群体遗传进化和聚类分析 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 笼养燕山红玉肉鸡与性状相关的微卫星分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 微卫星位点信息 |
| 4.2.3 微卫星多态检测方法 |
| 4.2.4 数据统计与分析 |
| 4.2.5 统计软件与分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 总DNA的提取与质检 |
| 4.3.2 PCR扩增产物检测 |
| 4.3.3 STR基因分型 |
| 4.3.4 各标记的等位基因数、等位基因频率、杂合度和多态信息含量 |
| 4.3.5 方差分析结果 |
| 4.3.6 与性状关联显着的标记座位的多重比较 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 笼养条件下燕山红玉鸡微卫星位点的群体遗传特性分析 |
| 4.4.2 微卫星标记与体尺和屠宰性状间的相关性分析 |
| 4.4.3 与性状关联显着的标记座位不同基因型间的多重比较 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 论文受资助情况 |
| 致谢 |
（4）香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 摘要 |
| ABSTRICT |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 家禽种质资源研究进展 |
| 1.1.1 家禽种质资源 |
| 1.1.2 中国家禽种质资源 |
| 1.1.3 中国地方家禽种质资源保护、开发与利用 |
| 1.2 贵州地方鸡种质资源 |
| 1.3 香炉山鸡概述 |
| 1.4 家禽线粒体DNA D-LOOP区分析研究 |
| 1.5 家禽微卫星标记遗传多样性研究 |
| 1.6 研究的目的与意义 |
| 第二章 香炉山鸡种质资源特性研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 主要实验仪器与试剂 |
| 2.1.3 试验方法 |
| 2.2 统计分析 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 香炉山鸡生长性能测定分析 |
| 2.3.2 香炉山鸡外貌特征观察 |
| 2.3.3 香炉山鸡繁殖性能和蛋品质分析 |
| 2.3.4 香炉山鸡屠宰性能测定分析 |
| 2.3.5 香炉山鸡部分肉品种分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 生长性能分析 |
| 2.4.2 繁殖性能与蛋品种分析 |
| 2.4.3 屠宰性能分析 |
| 2.4.4 肉品质分析 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验动物 |
| 3.1.2 基因组DNA提取 |
| 3.1.3 基因组DNA检测 |
| 3.1.4 主要仪器与试剂 |
| 3.1.5 10×TBE配置 |
| 3.1.6 其他试剂配制 |
| 3.1.7 引物及PCR扩增 |
| 3.1.8 8%聚丙烯酰胺凝胶制备 |
| 3.1.9 聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染 |
| 3.1.10 数据统计 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 香炉山鸡血液基因组DNA提取结果检测 |
| 3.2.2 香炉山鸡21个微卫星标记聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 3.2.3 香炉山鸡21个微卫星标记基因型频率 |
| 3.2.4 香炉山鸡21个微卫星标记等位基因频率 |
| 3.2.5 香炉山鸡21个微卫星标记遗传多样性 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 等位基因数分析 |
| 3.3.2 多态信息含量分析 |
| 3.3.3 杂合度分析 |
| 3.3.4 Shanon指数(SI)分析 |
| 3.4 结论 |
| 第四章 香炉山鸡MTDNA D-LOOP区遗传多样性与系统进化研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验动物 |
| 4.1.2 基因组DNA提取与检测 |
| 4.1.3 引物设计及PCR扩增 |
| 4.1.4 1×TBE配置 |
| 4.1.5 1.0%琼脂糖凝胶配置 |
| 4.1.6 主要仪器与试剂 |
| 4.1.7 数据处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 PCR扩增以及测序序列同源性比对 |
| 4.2.2 线粒体DNA D-Loop区全长序列碱基组成分析 |
| 4.2.3 线粒体DNA D-Loop区全长序列变异及遗传 |
| 4.2.4 遗传距离及聚类分析结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 线粒体DNA D-Loop区全长序列碱基组成分析 |
| 4.3.2 线粒体DNA D-Loop区全长序列变异分析 |
| 4.3.3 遗传多样性分析 |
| 4.3.4 母系遗传分析 |
| 4.4 结论 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 攻读硕士学位期间成果情况 |
（5）我国地方鸭资源遗传多样性分析及品种鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 本研究所用鸭遗传资源简介 |
| 1.3 微卫星标记 |
| 1.3.1 微卫星概述 |
| 1.3.2 微卫星标记优点 |
| 1.3.3 微卫星标记的局限性 |
| 1.3.4 微卫星分型技术 |
| 1.3.5 STR标记在畜禽传育种研究中的应用 |
| 1.4 畜禽品种鉴定的概述 |
| 1.4.1 形态学标记 |
| 1.4.2 细胞学标记 |
| 1.4.3 生化标记 |
| 1.4.4 DNA分子标记技术 |
| 1.4.5 微卫星标记在生物品种鉴定中的应用 |
| 1.5 研究的目的及意义 |
| 第2章 地方鸭遗传资源体重和体尺性状测定及分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 测量工具 |
| 2.1.3 测定指标 |
| 2.1.4 数据分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 鸭品种体重与体尺各项基本参数 |
| 2.2.2 鸭品种体重、体尺相关性分析 |
| 2.2.3 体尺对体重指标的回归分析(逐步回归分析) |
| 2.2.4 部分鸭品种体重和体尺性状与中国家禽品种志比较 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 体重与体尺指标的特征 |
| 2.3.2 体重与体尺相关性分析 |
| 第3章 基于全基因组重测序对不同鸭遗传资源群体结构分析及品种鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验动物 |
| 3.1.2 血液DNA提取 |
| 3.1.3 全基因组重测序 |
| 3.2 结果分析 |
| 3.2.1 基因组DNA检测结果 |
| 3.2.2 群体结构分析 |
| 3.2.3 品种鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 15个鸭遗传资源群体结构关系分析 |
| 3.3.2 15个鸭遗传资源的系统发生关系 |
| 3.3.3 15个鸭遗传资源鉴定 |
| 第4章 我国6个小体型鸭品种遗传多样性分析及品种鉴定 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 样本采集 |
| 4.1.2 主要仪器和设备 |
| 4.1.3 DNA提取 |
| 4.1.4 溶液配制 |
| 4.1.5 PCR反应体系及引物设计 |
| 4.1.6 PCR产物检测 |
| 4.1.7 STR分型测序 |
| 4.1.8 统计原理与基因型判定 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 基因组DNA的提取 |
| 4.2.2 PCR扩增产物聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 4.2.3 10对荧光引物的最优化反应条件 |
| 4.2.4 荧光PCR产物的STR分型 |
| 4.2.5 所选微卫星座位的遗传参数 |
| 4.2.6 引物在单个群体中的群体遗传学参数 |
| 4.2.7 F统计量 |
| 4.2.8 单个群体的遗传学参数分析 |
| 4.2.9 遗传距离及其初步应用 |
| 4.2.10 群体结构分析 |
| 4.2.11 利用特有等位基因型进行品种鉴定 |
| 4.2.12 利用共有基因型频率进行品种鉴定 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 各群体的样本含量 |
| 4.3.2 群体遗传学参数与遗传距离 |
| 4.3.3 Structure程序分析 |
| 4.3.4 品种鉴定 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
（6）深县猪不同世代间遗传变异的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩写词 |
| 1 引言 |
| 1.1 地方猪遗传资源状况 |
| 1.2 家畜遗传资源与遗传多样性 |
| 1.3 遗传多样性的分析方法 |
| 1.4 影响群体遗传多样性效果的因素 |
| 1.5 保种与遗传多样性的监测 |
| 1.6 本研究的内容与意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 试验试剂及仪器设备 |
| 2.2 试验方法与步骤 |
| 2.2.1 耳组织DNA的提取 |
| 2.2.2 微卫星位点的选择 |
| 2.2.3 PCR的扩增 |
| 2.2.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳试剂的制备 |
| 2.2.5 非变性聚丙烯凝胶电泳 |
| 2.2.6 mtDNA基因引物的设计、PCR扩增及测序 |
| 2.3 遗传多样性指标的计算 |
| 2.3.1 观察等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ne) |
| 2.3.2 杂合度(Heterozygosity,H) |
| 2.3.3 多态信息含量(Polymorphism Information Content,PIC) |
| 2.3.4 F-统计量(F-statistics) |
| 2.3.5 单倍型(H)和单倍型多样性(Hd) |
| 2.3.6 核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K) |
| 2.3.7 Tajima中性检验 |
| 2.3.8 CytB基因序列分子系统发育树的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 深县猪27 个微卫星位点遗传多样性分析 |
| 3.1.1 深县猪27 个微卫星位点等位基因频率 |
| 3.1.2 4个世代的等位基因数和有效等位基因数 |
| 3.1.3 4个世代的杂合度、多态信息含量 |
| 3.1.4 4个世代的遗传变异 |
| 3.2 深县猪mtDNA基因遗传多样性 |
| 3.2.1 深县猪mtDNA基因目的片段的扩增 |
| 3.2.2 PCR产物测序结果 |
| 3.2.3 基于mtDNA CytB基因遗传多样性分析 |
| 3.2.4 基于mtDNA COI基因遗传多样性分析 |
| 3.2.5 基于mtDNA ND1 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.6 基于mtDNA ND2 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.7 基于mtDNA ND5 基因遗传多样性分析 |
| 3.2.8 深县猪mtDNA5 个基因不同世代遗传多样性 |
| 3.2.9 基于CytB基因全序列的系统进化树 |
| 4 讨论 |
| 4.1 深县猪采集样品的代表性 |
| 4.2 基于微卫星位点深县猪群体遗传多样性变化 |
| 4.3 基于mtDNA基因深县猪群体遗传多样性变化 |
| 4.4 mtDNA CytB基因的系统发育 |
| 4.5 两种不同分子标记间的对比 |
| 4.6 深县猪保种工作的建议 |
| 4.7 本研究的局限性与有待进一步研究的问题 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附件 各微卫星位点聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱 |
| 在读期间发表的学术论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（7）乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文章综述 |
| 1 畜禽遗传资源现状 |
| 1.1 畜禽遗传资源 |
| 1.2 中国畜禽遗传资源 |
| 1.3 中国畜禽遗传资源现状 |
| 1.4 保护畜禽遗传资源的重要性 |
| 2 中国地方鸡种资源概况 |
| 2.1 中国地方鸡种资源 |
| 2.2 贵州地方鸡种 |
| 3 乌蒙凤鸡基本概况 |
| 4 线粒体DNAD-LOOP区在地方鸡种中的研究进展 |
| 4.1 mtDNAD-Loop区简介 |
| 4.2 禽类线粒体DNA遗传多样性研究 |
| 4.3 线粒体DNAD-Loop区在禽类中的研究进展 |
| 5 微卫星在地方鸡种中研究进展 |
| 5.1 微卫星的结构及分布 |
| 5.2 微卫星DNA特点 |
| 5.3 微卫星DNA标记作用机制 |
| 5.4 微卫星DNA标记在鸡遗传多样性研究中的应用 |
| 6 研究目的及意义 |
| 第二章 乌蒙凤鸡种质特性研究 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 饲养条件及营养需要 |
| 2.试验方法 |
| 2.1 体型外貌观察 |
| 2.2 生长指标测定 |
| 2.3 繁殖性能指标 |
| 2.4 屠宰性能测定 |
| 2.5 部分肉质特性 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 乌蒙凤鸡的体型外貌 |
| 3.2 乌蒙凤鸡的生长性能 |
| 3.3 乌蒙凤鸡的繁殖性能 |
| 3.4 乌蒙凤鸡的屠宰性能 |
| 3.5 部分肉品质指标分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 生长性能 |
| 4.2 繁殖性能 |
| 4.3 屠宰性能 |
| 4.4 鸡肉营养成分 |
| 第三章 乌蒙凤鸡线粒体DNAD-LOOP区遗传背景分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 药品及试剂 |
| 1.4 溶液配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 乌蒙凤鸡血液样品采集 |
| 2.2 血液基因组DNA提取 |
| 2.3 DNA浓度检测及琼脂糖凝胶检测 |
| 2.4 引物设计与合成 |
| 2.5 溶解与稀释 |
| 2.6 PCR扩增及产物检测 |
| 2.7 数据分析处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 血液基因组DNA提取结果检测 |
| 3.2 mtDNAD-Loop区PCR扩增产物检测 |
| 3.3 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区部分测序结果 |
| 3.4 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区碱基组成 |
| 3.5 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区序列变异 |
| 3.6 乌蒙凤鸡mtDNAD-Loop区多样性 |
| 3.7 乌蒙凤鸡种内聚类分析及各单倍型遗传距离 |
| 3.8 遗传进化分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 mtDNAD-Loop区碱基组成 |
| 4.2 mtDNAD-Loop区序列组成 |
| 4.3 mtDNAD-Loop区多样性 |
| 4.4 种内聚类分析及各单倍型遗传距离 |
| 4.5 乌蒙凤鸡遗传进化分析 |
| 第四章 乌蒙凤鸡微卫星标记分析 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验动物 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 药品及试剂 |
| 1.4 溶液配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 血液样品采集 |
| 2.2 血液基因组DNA提取 |
| 2.3 DNA浓度检测及琼脂糖凝胶检测 |
| 2.4 选择微卫星引物 |
| 2.5 聚丙烯酰胺凝胶制备 |
| 2.6 聚丙烯酰胺凝胶银染 |
| 2.7 基因型判定 |
| 2.8 数据统计及分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA检测 |
| 3.2 PCR产物检测 |
| 3.3 6个鸡群19个微卫星位点多态性检测 |
| 3.4 6个鸡种在19个微卫星位点的等位基因频率及分布 |
| 3.5 6个鸡种 19 个座位的等位基因多态性分析 |
| 3.6 6个鸡种的遗传进化分析 |
| 3.7 6个鸡种的聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 6个鸡种的19个微卫星位点的等位基因多态性 |
| 4.2 6个鸡种的19个微卫星位点的多态性分析 |
| 4.3 6个鸡种的遗传进化分析 |
| 4.4 6个鸡种的聚类分析 |
| 5 乌蒙凤鸡的保种和开发利用 |
| 第五章 小结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录Ⅰ |
| 附录Ⅱ |
| 附录Ⅲ |
| 附录Ⅳ |
（8）彭县黄鸡种质资源特性与生产性能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 文献综述 |
| 1.1 我国家禽遗传资源概况 |
| 1.2 我国家禽遗传资源现状 |
| 1.3 我国家禽品种的起源和多样性研究 |
| 1.3.1 我国家禽遗传品种的起源研究 |
| 1.3.2 我国家禽品种资源多样性研究 |
| 1.4 家禽品种特性与评价方法 |
| 1.4.1 从外貌特征、生产性能以及用途进行评价 |
| 1.4.2 从生化、分子遗传学角度进行评价 |
| 1.4.3 从肉品质、蛋品质角度进行评价 |
| 1.5 家禽遗传资源的保护开发利用 |
| 1.6 彭县黄鸡概况 |
| 1.6.1 外貌特征 |
| 1.6.2 资源现状 |
| 1.7 研究目的与意义 |
| 2 彭县黄鸡遗传多样性及其起源进化分析 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.3 数据处理 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 彭县黄鸡DNA-Dloop区序列测定结果 |
| 2.4.2 彭县黄鸡单倍型结果 |
| 2.4.3 彭县黄鸡与其他品种间的系统发育结果 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 彭县黄鸡mtDNAD-loop区结构特征分析 |
| 2.5.2 彭县黄鸡的母系起源 |
| 2.5.3 彭县黄鸡的开发利用方向 |
| 2.6 小结 |
| 3 彭县黄鸡不同胫色群体生产性能的比较分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.3 试验结果 |
| 3.3.1 体尺测定结果 |
| 3.3.2 屠宰性能测定结果 |
| 3.3.3 肉品质测定结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 彭县黄鸡体尺测定结果分析 |
| 3.4.2 彭县黄鸡屠宰性能测定结果分析 |
| 3.4.3 彭县黄鸡肉品质测定结果分析 |
| 3.5 小结 |
| 4 彭县黄鸡生长体重及生长曲线研究 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验动物 |
| 4.1.2 饲养管理 |
| 4.1.3 数据收集 |
| 4.2 数据处理 |
| 4.3 试验结果 |
| 4.3.1 体重生长发育结果 |
| 4.3.2 生长曲线拟合结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 彭县黄鸡体重生长发育分析 |
| 4.4.2 彭县黄鸡生长曲线拟合分析 |
| 5 体尺性状与屠宰性能相关性分析 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.2 数据处理 |
| 5.3 试验结果 |
| 5.3.1 体尺性状与屠宰性能简单相关结果 |
| 5.3.2 体尺性状与屠宰性能典型相关结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 彭县黄鸡体尺性状与屠宰性能简单相关性分析 |
| 5.4.2 彭县黄鸡体尺性状与屠宰性能典型相关性分析 |
| 6 彭县黄鸡不同产蛋日龄蛋品质比较分析 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 试验材料 |
| 6.1.2 试验方法 |
| 6.2 数据处理 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 蛋品质测定结果 |
| 6.3.2 蛋品质性状间相关性结果 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 彭县黄鸡蛋品质测定结果分析 |
| 6.4.2 彭县黄鸡蛋品质性状相关性结果分析 |
| 6.5 小结 |
| 7 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（9）近十年藏羚羊微卫星遗传多样性变化趋势（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 藏羚羊概述 |
| 1.1.1 生物学特征 |
| 1.1.2 分布及种群数量变化 |
| 1.1.3 迁徙及产仔地 |
| 1.1.4 藏羚羊保护现状 |
| 1.1.5 藏羚羊的研究现状 |
| 1.2 微卫星 |
| 1.2.1 微卫星的概念及其标记的特点 |
| 1.2.2 获得多态性微卫星位点的途径 |
| 1.2.3 微卫星在动物遗传多样性研究中的应用 |
| 1.3 遗传多样性 |
| 1.3.1 遗传多样性的概念 |
| 1.3.2 遗传多样性研究意义 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验群体 |
| 2.1.2 主要设备仪器 |
| 2.1.3 主要试剂及配置 |
| 2.1.4 微卫星座位及其引物序列 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 基因组 DNA 提取 |
| 2.2.2 藏羚羊微卫星引物多态性检测 |
| 2.2.3 藏羚羊群体 DNA 的 PCR 扩增 |
| 2.2.4 毛细管电泳检测 |
| 2.3 毛细管电泳数据读取 |
| 2.4 遗传多样性参数统计分析 |
| 2.4.1 群体内遗传变异参数 |
| 2.4.2 群体间遗传关系参数 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 基因组 DNA 提取结果 |
| 3.2 藏羚羊微卫星引物的多态性检测 |
| 3.3 藏羚羊群体 PCR 扩增产物电泳结果 |
| 3.4 2002 年藏羚羊样品群体遗传多样性水平 |
| 3.4.1 等位基因组成及频率 |
| 3.4.2 Hardy-Weinberg 平衡和连锁不平衡 |
| 3.4.3 多态信息含量 |
| 3.4.4 群体杂合度 |
| 3.4.5 Shannon 信息指数 |
| 3.5 2013 年藏羚羊样品群体遗传多样性水平 |
| 3.5.1 群体内的遗传参数分析 |
| 3.5.2 群体遗传关系 |
| 3.6 藏羚羊遗传多样性变化趋势分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 关于试验群体的选择 |
| 4.2 藏羚羊遗传多样性分析 |
| 4.3 藏羚羊遗传多样性变化趋势 |
| 4.4 群体遗传多样性研究对于保护遗传的意义 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 16 个微卫星位点对 2002 年的 83 个青海可可西里藏羚羊个体的微卫星扩增数据 |
| 附录2 15 个微卫星位点对 2013 年的 96 个分别来自青海可可西里和西藏阿里地区藏羚羊个体的微卫星扩增数据 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（10）中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 鸟类的起源、进化与鹅的起源、驯化 |
| 1 鸟类的起源与进化 |
| 1.1 鸟类的起源 |
| 1.2 鸟类的进化 |
| 1.3 鸟类的系统分类 |
| 2 鹅的起源和驯化 |
| 2.1 国外对鹅起源的研究 |
| 2.2 鹅的驯化历史 |
| 2.3 中国对鹅起源的研究 |
| 2.4 中国的养鹅技艺变迁 |
| 3 鹅的品种及生产特性 |
| 3.1 鹅品种分类和分布 |
| 3.2 世界标准鹅品种简介 |
| 3.3 中国鹅品种资源 |
| 第二章 鹅的生物学特性 |
| 1 鹅的生物学特性 |
| 1.1 喜水喜干习性 |
| 1.2 耐寒怕热习性 |
| 1.3 食性广,耐粗饲 |
| 1.4 生长速度快,成熟周期短 |
| 2 鹅的营养和经济价值 |
| 2.1 肉质好,营养价值高 |
| 2.2 副产品利用价值高 |
| 2.3 其他方面 |
| 第三章 鹅种选育研究进展与应用 |
| 1 常规选育 |
| 1.1 地方良种世代选育 |
| 1.2 不同地方品种杂交 |
| 1.3 引进外来品种杂交 |
| 1.4 品系(种)配套发展 |
| 2 鹅遗传特性的研究与应用 |
| 2.1 血液生化指标选育 |
| 2.2 DNA分子标记选育 |
| 3 常用的DNA分子标记及应用 |
| 3.1 限制性酶切片段长度多态性标记(RFLP) |
| 3.2 随机扩增DNA多态性标记(RAPD) |
| 3.3 扩增片段长度多态性(AFLP) |
| 3.4 微卫星DNA标记(Microsatellite) |
| 3.5 SNPs标记 |
| 参考文献 |
| 第二部分 研究内容 |
| 第四章 双重抑制PCR技术分离鹅微卫星标记 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 主要仪器设备 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 溶液配制 |
| 1.5 实验方法 |
| 1.6 双重抑制PCR技术分离鹅微卫星引物 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因组DNA的提取结果 |
| 2.2 筛选部分微卫星引物PCR扩增结果 |
| 2.3 微卫星位点测序结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 双重抑制PCR技术筛选微卫星标记的优缺点 |
| 3.2 鹅基因组DNA重复序列分析及双重抑制PCR技术的可行性 |
| 3.3 微卫星位点的筛选原则 |
| 第五章 中国地方鹅种遗传多样陛研究 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验动物及基因组DNA制备 |
| 1.2 主要仪器设备及主要试剂 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 微卫星引物 |
| 1.5 PCR扩增 |
| 1.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 1.7 银染 |
| 1.8 基因型分型 |
| 1.9 数据统计方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 微卫星DNA多态性检测 |
| 2.2 群体内的遗传变异分析 |
| 2.3 品种间的遗传变异分析 |
| 2.4 品种间遗传结构和亲缘关系分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 鹅微卫星标记在鹅品种中应用条件 |
| 3.2 中国在地方鹅种微卫星遗传多样性 |
| 3.3 群体遗传结构与遗传分化 |
| 3.4 群体间的遗传距离和聚类分析 |
| 第六章 基于微卫星标记和DNA条形码推断中国鹅种群分化及系统发育 |
| 1 材料和方法 |
| 1.1 实验动物及来源 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 目的基因测序 |
| 1.4 数据处理与系统发生分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 中国家鹅线粒体DNA COⅠ基因序列变异位点分析 |
| 2.2 中国家鹅群体内单倍型多样度及中性检验 |
| 2.3 中国家鹅群体内核苷酸多样度(Dx/Dy)、群体间核苷酸分歧度(Dxy)、遗传分化指数(GST)和净遗传距离(Da) |
| 2.4 鹅种群发育关系研究 |
| 2.5 微卫星分析结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 中国家鹅线粒体DNA COⅠ基因序列分析 |
| 3.2 COⅠ基因在系统发育中的适用性 |
| 3.3 基于线粒体DNA研究家鹅的遗传分化 |
| 3.4 家鹅的系统发生分析 |
| 第七章 江苏地方鹅品种(类群)的系统发育分析 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 试验方法 |
| 1.3 数据统计方法 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 各微卫星座位的部分扩增结果 |
| 2.2 等位基因及基因频率分布 |
| 2.3 各群体微卫星基因座的多态性 |
| 2.4 群体间遗传变异分析 |
| 2.5 品种间遗传距离 |
| 2.6 品种间的聚类分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 江苏地方鹅品种等位基因数和等位基因频率 |
| 3.2 江苏地方鹅品种的遗传多样性 |
| 3.3 群体系统发生关系分析 |
| 3.4 地方品种遗传多样性和品种保护 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 创新之处 |
| 攻读学位期间发表及待发表的学术论文 |
| 致谢 |
四、利用微卫星标记分析溧阳鸡的群体遗传变异（论文参考文献）
- [1]利用全基因组测序数据解析藏鸡群体分层和遗传混杂现况[D]. 董新宇. 华中农业大学, 2021(02)
- [2]中-越地方鸡品种的遗传多样性分析[D]. 赵龙. 扬州大学, 2021(08)
- [3]笼养燕山红玉肉鸡生长和屠宰性能测定及微卫星标记研究[D]. 王金帅. 河北科技师范学院, 2021(08)
- [4]香炉山鸡种质资源特性及其遗传多样性研究[D]. 李兴才. 贵州大学, 2020(02)
- [5]我国地方鸭资源遗传多样性分析及品种鉴定[D]. 王统苗. 扬州大学, 2020
- [6]深县猪不同世代间遗传变异的研究[D]. 刘津. 河北农业大学, 2019(01)
- [7]乌蒙凤鸡种质测定及其遗传多样性分析[D]. 白优. 贵州大学, 2018(05)
- [8]彭县黄鸡种质资源特性与生产性能分析[D]. 邹云峰. 四川农业大学, 2018(02)
- [9]近十年藏羚羊微卫星遗传多样性变化趋势[D]. 周智红. 青海师范大学, 2014(02)
- [10]中国地方鹅种遗传资源多样性与分类地位的研究[D]. 杜文兴. 南京农业大学, 2011(06)