一、稳定剂保护PCR扩增dU-DNA效果研究（论文文献综述）
刘乃新[1]（2020）在《甜菜SSR分子标记的开发应用及差异代谢产物分析》文中进行了进一步梳理甜菜属于苋科（Amaranthaceae）甜菜属（Beta L.）,一、二年及多年生草本植物。根据用途可将生产中的栽培型甜菜分糖甜菜、根甜菜、叶甜菜及饲料甜菜。甜菜具有较高的经济价值,如糖甜菜是工业制糖的原材料,世界上食糖的30%是由糖甜菜生产出来的。根甜菜和叶甜菜食用价值及观赏价值高,是非常好的园林结合生产的资源植物。为了能够很好的开发利用甜菜资源,本研究通过利用新开发的高多态性SSR标记,对搜集到的甜菜种质资源进行了遗传多样性分析,同时对甜菜的代谢产物进行研究,旨在为我国甜菜种质资源深度开发利用及育种研究奠定研究基础。主要研究结果如下:（1）利用三种栽培型甜菜的5个甜菜品种,通过全基因重测序开发甜菜基因组InDel标记。获得InDel标记的分布特征结果为:5个甜菜品种中分别发现了 343138、317057、281435、312444和316595个InDel位点。主要分布在基因间区,约占全部位点的55%,其次是基因区。在基因区内,大部分的InDel位点分布在内含子中,蛋白质编码区中分布的InDel位点最少。InDel位点的数量随着InDel长度的增加而减少（基因间区除外）,在基因区内大部分InDel位点的长度为3 bp或其整数倍,在基因间区内大部分InDel位点度为1 bp。5个甜菜品种的InDel位点在蛋白质编码区的分布趋势和数量也与参考基因组相似,分别有4828、4810、4473、4975和4824个InDel位点,这些InDel位点的差异几乎都会引起编码蛋白质的显着变化,因此不适合进行引物开发。（2）基于NCBI甜菜参考基因组数据分析和鉴定了甜菜全基因组SSR标记分布特征。结果表明,甜菜基因组共有174218个SSR位点,SSR重复基元类型主要以五核苷酸为主,占全部SSR的33.32%,其次是三核苷酸,占全部SSR的31.80%,二核苷酸SSR位点总数的20.37%,六核苷酸SSR位点总数的12.51%,四核苷酸SSR位点最少,占总数的2.00%。甜菜基因组中的二核苷酸重复基序大部分是TA/TA重复基序（占40.59%）,三核苷酸重复基序（AAT/ATT）n,（TAA/TTA）n 和（ATA/TAT）n 为最多,分别占了 22.51%,18.01%和16.50%。在甜菜基因组上设计出的27649对引物中,通过e-PCR预测,挑选出特异性引物18271对引物定位在甜菜基因组上,平均每Mb序列有48.52对引物。9条染色体中Chr3上引物的密度最高,其次是Chr4和Chr2,密度最低的是Chr9上,与NCBI数据库登入的SSR引物相比较,SSR分子标记在染色体的密度提高了 37倍。（3）以三种栽培型甜菜20个甜菜品种为研究材料,利用RAD-seq测序技术,鉴定出甜菜中含有38884682 SNP位点,17916个SSR位点。在这些SSR位点钟去除SNP,保留InDel,20个样本间两两比较后,共获得SSR标记698个。（4）以糖甜菜、根甜菜和叶甜菜三种栽培型甜菜18个甜菜品种为研究材料,筛选确定核心引物18对,分布于9条染色体上。18个SSR的PIC范围是0.32～0.72,PIC较高的（>0.5）的SSR有10个,其中6个是通过RAD-seq测序分析获得的,RAD62的PIC值最高,4个是甜菜参考基因组开发的SSR引物。（5）利用18对SSR引物对78个甜菜不同栽培型甜菜品种进行聚类分析,结果表明:78个样本按照用途聚类分为四个类群,第一类群资源仅有1份种质,为俄罗斯甜菜品种,引入中国后很少参与甜菜育种,与其它甜菜品种关系较远且保持独立一支;第二类群共有3份种质,均为黄梗叶甜菜;第三类群资源共有50份种质,以糖甜菜种质（46份）为主,同时与3份红梗叶甜菜和1份红叶甜菜有较近的亲缘关系;第四类群以叶甜菜品种（18份）为主,同时包括2份饲料甜菜、1份红根甜菜、3份糖甜菜,这可能与其它各类型甜菜最初起源于叶甜菜有关。叶甜菜、糖甜菜聚类明确,不同叶色甜菜起源复杂,红色系甜菜（红梗叶甜菜、红根甜菜、红叶甜菜）又存在多起源,黄梗叶甜菜嵌在叶甜菜、糖甜菜两个类群中。本分类结果较好的反应了品种间的谱系关系,与应用分类基本一致。可以认为基于基因组学开发的分子标记在鉴定甜菜亲缘关系中是有效的。（6）利用非靶向代谢组学技术分析糖甜菜、根甜菜、黄梗叶甜菜代谢产物,共鉴定甜菜代谢产物2545个。其中明确化学名称的物质有260个。两两比对确定可靠差异代谢物共计99个。三种甜菜样本差异代谢产物分布在56个KEGG代谢通路中。黄梗叶甜菜和根甜菜的差异代谢物较少,支持了分子标记聚类分析认为这两类甜菜存在较近的亲缘关系的结果。（7）确定根甜菜和黄梗叶甜菜间17种差异代谢物,分布在18个代谢通路中;糖甜菜和根甜菜间34种差异代谢物分布到31个KEGG途径。糖甜菜和叶甜菜间89种差异代谢物,分布在55个代谢通路中。这些代谢物和代谢途径的差异为探索不同栽培类型甜菜在特定生长阶段经济价值及代谢机理研究提供重要信息。（8）对糖甜菜、根甜菜和叶甜菜三种类型甜菜几种典型具有生物活性的功能性代谢产物的含量差异比较发现:皂苷类物质齐墩果酸3-O-葡萄糖酸苷在糖甜菜、根甜菜中含量较高;橙皮素含量在根甜菜和黄梗叶甜菜中较高;乙内酰脲衍生物尿囊素在糖甜菜中含量约是另外两种类型甜菜的3倍;甲基硫氧嘧啶是一种含氮杂环化合物,在糖甜菜中含量最高;在黄梗叶甜菜和根甜菜中,血清素显着高于糖甜菜。萘醌类化合物散沫花素在糖甜菜中是另外两种甜菜含量的3-4倍。在甜菜中新发现的具有生物活性的功能代谢物有棕榈酰溶血磷脂酸、萜类化合物诺米林,且在黄梗叶甜菜和根甜菜中,棕榈酰溶血磷脂酸显着高于糖甜菜;萜类化合物诺米林在根甜菜和黄梗叶甜菜中的含量约是糖甜菜中诺米林含量的2倍以上。
袁雨琼[2]（2020）在《浆果及其制品DNA条形码分子鉴定方法的建立及应用》文中研究指明浆果被称为“第三代黄金水果”,在人们生活水平日益丰富和提高的今天备受欢迎。但是由于需求大、产量低、采摘期短,不易储运等原因,其价格常常居高不下,因而这类浆果及其制品的掺假、造假行为也逐渐增多,引起了广大消费者对相关食品质量与安全的质疑和担忧。目前,对浆果及其制品真伪鉴别和检测方法的研究有很多,主要有基于光谱技术,色谱、质谱技术,电子舌技术,超声波技术,分子生物学技术等研发的鉴定方法。本研究利用现代分子生物学技术建立了一种可用于鉴别浆果及其制品真伪的DNA条形码技术,并试用于市售浆果制品的检测。主要结果如下:1、建立了浆果基因组DNA较优提取方法和DNA条形码扩增体系。选用改良CTAB 法、GMO Food DNA Extraction Kit 法、Plant Genomic DNA Kit 法提取浆果基因组DNA,电泳和核酸浓度、纯度分析结果表明改良CTAB法适合浆果基因组DNA提取。通过比较五种PCR扩增试剂盒对不同浆果物种DNA扩增效率,证明KAPA HiFi Hot Start Ready Mix和2×Ulta HiFidelity PCR Mix扩增效果较优,综合经济方面的考虑,选用KAPA HiFi Hot Start Ready Mix作为扩增试剂盒。2、建立了浆果DNA条形码鉴别体系。以车厘子、火龙果、红树莓、葡萄、桑葚、中国樱桃、苹果、蓝莓、桃、百香果、楷杷、梨、猕猴桃、黑加仑、红西柚、蔓越莓、杏、红石榴共18种水果为试验材料,提取其基因组DNA并用植物源性18S rRNA基因的实时荧光PCR法证明浆果基因组DNA质量符合模板要求。选用13对通用引物对18种浆果基因组DNA进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳检测证明通用引物为ITS2、rbcL-1、rbcL-2、rpoC-2、psbA-trnH、psbA-trnK、trnH-psbA-1 扩增效果较好。通过一代测序和BLAST 比对,结果证明rbcL-2、ITS2和pbsA-trnH最适合做浆果物种鉴别的DNA条形码序列。3、建立了浆果掺假模型体系及其鉴定方法。分别选取车厘子、蓝莓、猕猴桃、葡萄、苹果、梨为试验材料,定量提取基因组DNA。试验设计了车厘子掺葡萄、车厘子掺梨、蓝莓掺葡萄、蓝莓掺梨,猕猴桃掺梨、猕猴桃掺苹果共六个掺假模型,以基因组DNA水平掺假来推算原材料水平掺假,筛选出检出限最低的通用引物,建立浆果真伪鉴定方法。通过PCR反应、产物电泳、测序和序列比对,试验结果表明:通用引物ITS2和psbA-trnH联用可用于车厘子模型掺假;通用引物ITS2和rbcL-2联用可用于猕猴桃模型掺假;通用引物psbA-trnH和rbcL-2联用可用于蓝莓掺假模型,以此建立了三种鉴定浆果真伪的鉴定方法。4、DNA条形码鉴别方法在市售浆果制品检测上的应用。应用已建立的DNA条形码识别方法,对市售的浆果果汁、果浆、果干和果酱共计50份样品进行基于ITS2、psbA-trnH的DNA条形码的鉴定。结果表明:在50份样品中,检出符合标签值的占70.00%,不符合标签值的占20.00%,检测无效的占10.00%。上述结果表明,DNA条形码技术适用于市售浆果制品的真伪鉴别,为浆果及其制品的检测提供了新的思路。
郝思源[3]（2019）在《pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌培养条件筛选及稳定性研究》文中研究表明为提高鸡球虫病活疫苗免疫效果,我们研发了鸡白介素4（chIL-4）和鸡白介素2（chIL-2）的融合基因真核表达载体pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP。该载体表达分泌的chIL-4-chIL-2融合蛋白可增强鸡球虫病活疫苗免疫效果,降低活疫苗副作用。为确立pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP的大规模生产、提取纯化工艺以及建立产品的质量控制体系,本研究对pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌的培养条件、保存稳定性和遗传稳定性进行研究,建立三级种子库,研究优化该重组质粒的提取纯化工艺,研究结果表明:（1）在37℃、42℃和生长对数期由37℃转42℃的条件下,pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌在2×YT、LB、SOB、TB四种培养基中获得的最高质粒产量依次降低,且差异极显着（P<0.01）,但生产1g质粒的成本,LB、SOB、2×YT、TB培养基依次增高,表明LB培养基更适于大规模发酵生产质粒;四种培养基在37℃转42℃、37℃、42℃培养温度下获得的最高质粒产量均依次降低,且差异极显着（P<0.01）,表明在生长对数期对该重组大肠杆菌进行42℃诱导,可显着提高质粒产量。（2）通过连续传代法对pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌进行30代传代,0代、5代、10代、15代、20代、25代、30代该重组大肠杆菌革兰氏阴性棒状短杆菌,均能发酵葡萄糖及甘露醇但不发酵乳糖,与大肠杆菌16S rRNA片段同源性均大于95%;各代质粒超螺旋比均大于90%,质粒丢失率均为0,且质粒双酶切产物凝胶电泳均出现约882bp和约4.7kb条带,表明30代内质粒未发生丢失且结构稳定;各代质粒细胞转染率、融合蛋白表达量差异不显着（P>0.05）,分泌蛋白均能有效促进鸡脾淋巴细胞增殖,且刺激指数差异不显着（P>0.05）,表明连续传代30代内该菌稳定,其重组质粒遗传稳定,该菌能稳定传代至少30代。同时,根据2015年版《中国兽药典》第三部建立了三级种子库,并对原始菌种、基础菌种和生产菌种进行了全面鉴定。（3）3个月内,冻干保存组各样品活菌数与保存前无显着差异（P>0.05）;4℃8%甘油保存菌保存2-3个月活菌数显着低于（P<0.05）保存前样品,下降率依次增高;保存3个月时,除4℃8%甘油保存菌活菌下降率（10.56%）显着（P<0.05）高于-80℃明胶蔗糖保存菌（-2.78%）外,其余条件保存菌活菌下降率间无显着差异（P>0.05）,质粒含量均无显着差异（P>0.05）,且质粒双酶切产物凝胶电泳均出现约882bp和约4.7kb条带,表明三个月内除4℃8%甘油外,蔗糖脱脂奶冻干、明胶蔗糖冻干及8%甘油保存条件均可稳定保存该重组大肠杆菌。（4）完全沉淀质粒DNA的最适十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）浓度为0.006%,用终浓度0.006%的CTAB和0.4 mol/L的MgCl2溶液提取的质粒DNA中检测不到菌体RNA及基因组DNA,质粒浓度为590μg/mL,纯度可达1.84,内毒素和杂蛋白含量分别为0.014 EU/μg质粒DNA和0.036μg/μg质粒DNA。
邹月[4]（2019）在《长白山不同生境梯度下网柄细胞状黏菌的生物多样性研究》文中研究说明网柄细胞状黏菌（简称网柄菌）是一类介于植物和动物之间的原生动物,它们以细菌为食,形态微小,兼具动植物的细胞特点。因其短暂易重复的生命周期、与哺乳动物相似的细胞学特性及同细菌竞争而演化出的互作关系,在生物学特性及应用方面具有很高的研究价值。本研究对长白山不同生境梯度下网柄细胞状黏菌的多样性进行研究,主要分为三个部分:一、在分类学研究中,共获得14种网柄菌,包括5个已知种（盘基网柄菌Dictyostelium discoideum、毛霉状网柄菌D.mucoroides、小雷珀菌Raperostelium minutum、金柄凯文德菌Cavenderia aureostipes、灰白异柄菌Heterostelium pallidum）、8个拟定新种（壮柄网柄菌D.robusticaule、折柄网柄菌D.flexicaule、小头网柄菌D.microcephalum、大紫轮柄菌Polysphondylium macroviolaceum、圆锥花序状轮柄菌P.panicleum、极小雷柏菌R.pusillum、略小雷柏菌R.minus、再生异柄菌H.recretum）与一个拟定新变种（金头网柄菌大孢变种D.aureocephalum var.macrosporum）,拟定新种及新变种均已在MycoBank上注册。二、在分子系统学研究中,提取18份网柄菌菌株的DNA,测得18S序列18条、atp1序列15条,构建了网柄菌的18S和atp1系统发育树,并明确了拟定新种及拟定新变种在系统发育树中的位置,发现atp1基因可作为网柄菌的条形码应用。三、在生物多样性研究中,获得了2016-2018年长白山不同生境梯度下的网柄菌的物种密度,明确该地区网柄菌的优势科为网柄菌科Dictyosteliaceae,优势属为网柄菌属Dictyostelium,优势种为盘基网柄菌D.discoideum、毛霉状网柄菌D.mucoroides、金柄凯文德菌C.aureostipes、灰白异柄菌H.pallidum。岳桦林分离得到的网柄菌物种数量最多,为4种,苔原带分离得到的网柄菌物种数量最少,仅为1种。推测林型对网柄菌物种密度的影响不是绝对的;随着长白山海拔的降低,网柄菌物种密度降低,而网柄菌物种丰富度增高;在长白山人为干扰的森林中,网柄菌的生物多样性低于未被干扰的森林;在海拔相近的情况下,pH值减少网柄菌的生物多样性略高;长白山不同的生境梯度中网柄菌各属的含量并不固定。
耿园[5]（2018）在《茭白黑粉菌人工接种雄茭技术体系的初步研究》文中研究说明茭白（Zizania latlfolia Turcz.）是中国传统的水生蔬菜之一,茭白黑粉菌（Ustilago esculenta）是导致肉质茎膨大的重要因素,茭白的孕茭机制、形成机理,黑粉菌对于单、双季茭形成的影响,生产上容易形成的雄茭和灰茭的原因等问题尚不明确,这些问题严重制约了茭白优质高产栽培的发展。为此,本研究以“YD-3”茭白为试验材料,探索黑粉菌在其体内的生长发育变化及分布位置、分离鉴定方法及适宜黑粉菌的培养条件,初步建立雄茭组织培养再生体系及人工接种技术,试图为黑粉菌影响茭白形成机理提供一些线索,为生产上单、双季茭和雄茭、灰茭形成机理提供一定的技术基础。结果如下:1、在茭白植株生长发育过程中,芽与苗期生长点、肉质茎膨大初期、中期、中后期,商品期及成熟老化期适宜的脱水时间依次是5/12h、1h、2h、4h,8h和12h,能清晰地观察到组织内茭白黑粉菌的变化和分布过程;芽期是茭白黑粉菌的初始生长阶段,肉质茎膨大初期是黑粉菌形态变化最为剧烈的时期,商品期和成熟老化期分别是黑粉菌的稳定生长和孢子形成期,这两个时期适合作为分离黑粉菌的材料;雄茭叶鞘中没有黑粉菌,而正常茭叶鞘中含有黑粉菌菌丝,可以作为黑粉菌人工接种雄茭是否成功的验证手段之一。2、用3%次氯酸钠对整个茭白消毒4min,再使用切片和孢子悬浮液涂布的分离方法可以成功分离出茭白黑粉菌,在鉴定过程中发现真菌通用引物ITS1和ITS4扩增黑粉菌的ITS-5.8S rDNA不能特异鉴定出黑粉菌,选用茭白黑粉菌Lam16A和Pra2两个基因片段设计了两对特异引物,可特异鉴定茭白黑粉菌;黑粉菌培养最适的培养基是PDA培养基,YEB不适宜培养黑粉菌。3、成功建立了雄茭组织培养再生体系,探索出组织培养过程中外植体适宜的消毒方法和最佳植物生长调节剂配方。外植体芽在清水冲洗2h后用0.1%氯化汞消毒8mmin,诱导、增殖和生根的最佳激素浓度配方依次是1.0 mg/L IAA+1.0 mg/L 6-BA、1.0 mg/L 2,4-D+1.0 mg/L 6-BA 和 0.5 mg/L NAA,增殖系数为 3.5±0.5。4、初步研究了黑粉菌人工接种雄茭的技术体系,发现经过形态鉴定和分子鉴定能成功接种的方法是菌液注射接种,具体流程是将带根的雄茭苗基部用75%酒精消毒擦干后,用带针头的注射器吸取黑粉菌菌液注射基部至有菌液溢出,栽入含有6cm基质的塑料盆中,保持2～3cm浅水层放在植物生长箱中,温度设置为15℃夜间,25℃白天,光周期12h/d,当菌液OD600为2.5时,接种成功率为40%。
张丽芳,方炎明[6]（2018）在《银缕梅SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选》文中指出为有效利用SSR-PCR技术分析国家一级重点保护植物银缕梅的遗传多样性,采用正交试验设计L16（43）,即3因素4水平,对影响SSR-PCR扩增结果的因素（引物,模板DNA浓度和循环数）进行优化筛选,并在此基础上对聚丙烯酰胺凝胶上样量进行优化,建立了适合银缕梅的最佳SSR-PCR反应体系:10μL 2×PCR Mix、40 ng模板DNA、10μmol/L引物,其余用dd H2O补齐至20μL。PCR扩增程序为:95℃预变性15 min,95℃变性30 s,57.5℃退火1.5 min,72℃延伸1 min,30个循环,循环结束后,60℃延伸30 min,扩增产物4℃保存。聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量以1.52.0μL为最佳。利用优化后体系进行引物筛选,从18对引物中筛选出11对具有多态性引物,说明该反应体系具有良好的稳定性。该体系的建立可以为今后利用SSR标记对银缕梅遗传多样性分析、系统发育研究、遗传图谱构建、基因定位和分子标记辅助育种等研究提供基础。
彭佳[7]（2016）在《基于内部竞争性片段提高基因痕量突变检测方法的构建及临床运用》文中提出肿瘤是机体细胞因失去正常调控,因过度增殖而形成的新组织,且可侵犯周围组织或发生转移,肿瘤威胁着大众健康并给社会家庭带来沉重的负担。有数据显示,我国2015年因肿瘤死亡人数为281万,即平均每天死亡人数约7500人,肿瘤防控形势在我国依然严峻。尽早控制肿瘤发生、发展,降低其患病率与死亡率已经成为相关研究者急需解决的重大问题。随着分子生物学技术的发展,肿瘤相关基因位点的改变与肿瘤的发生、发展、诊治及其预后与有着密切的关系,其中肿瘤相关基因位点的改变即基因突变是指基因发生了碱基对组成或排列顺序的改变。能够引起肿瘤恶性增生的基因中,KRAS与其下游的核心分子BRAF基因突变是近年来研究的热点,它们任何一个的突变将促使丝裂原活化蛋白激酶途径持续性激活,导致组织朝恶性增生的方向发展。更有临床研究已经证明,由于KRAS基因的突变往往导致临床常用单克隆抗体药物治疗肿瘤的失效,美国食品药品监督管理局已经将其推荐为单抗药物用药前检查项目之一。随着临床标本的多样化及循环肿瘤DNA的深入研究,血液、组织及其它临床标本,如尿液、粪便、唾液、口腔粘膜脱落细胞等标本均可用于肿瘤源性突变DNA无创检测,早期基因突变的筛查能够为肿瘤早期诊断及预后提供重要依据。由于肿瘤相关的突变型基因,常隐藏于大量野生型基因中,如何在临床标本中有效检测出痕量的肿瘤源性的基因突变就十分重要。基因痕量突变的检测就能在大量的野生型基因的背景中,有效富集并找到发生痕量突变的目的基因,结合标本的检测数据,精确计算出其突变率,为肿瘤个体化治疗提供有力依据。在种类繁多的基因突变检测技术中,锁式PCR是检测基因痕量突变有效的方法之一,其主要原理是使用锁核酸探针提高碱基错配识别能力,使检测的灵敏度更高,符合基因突变检测的要求。然而,这种方法仍然存在诸多问题,如需要特异性的DNA聚合酶、对扩增的DNA质量要求高、扩增过程中有碱基人工错配导致目的基因非特异性扩增的现象等,鉴于此,本课题拟采用内部竞争性扩增片段的参与来降低检测过程中的碱基人工错配,避免目的基因非特异性扩增的现象,同时提高锁核酸探针对大量的野生型基因的屏蔽,凸显出基因痕量突变的突变位点,从而构建一种基于内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性PCR（wirePCR）,对基因痕量突变特异性扩增,通过实时荧光定量PCR达到基因痕量突变的检出。目的:1.根据肿瘤中常见的基因突变位点,结合内部竞争性扩增片段提高锁核酸抑制野生型背景基因的办法,构建结直肠肿瘤中KRAS与BRAF基因痕量突变的wirePCR高灵敏度检测方法,并对该方法反应条件进行优化。2.将构建的wire PCR检测方法进行系统评价,并用优化好的反应条件对临床肠镜活检标本中KRAS与BRAF基因痕量突变进行检测并做验证分析。3.进一步将内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性方法运用于微滴数字PCR,用以检测循环肿瘤DNA基因痕量突变。4.构建内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性多重荧光PCR反应体系,达到多种基因痕量突变同时检测的目的。方法:1.设计合成引物对及荧光探针,对引物对和荧光探针浓度进行优化、采用温度梯度PCR对退火温度等条件进行优化;用已知KRAS和BRAF基因常见突变位点设计合成LNA/DNA嵌合体探针,以LEPTIN基因作为加入的内部竞争性扩增片段参与反应,构建内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性基因痕量突变荧光定量检测体系。并进一步对反应体系的引物、荧光探针、锁核酸探针等反应条件进行优化。2.以突变型的的HT-29人结肠癌细胞系和野生型DNA按比例混合作为扩增模板,用上述构建好的方法及优化好的反应体系分别对突变率50%、25%、10%、1%、0.1%、0.01%的模板进行wire PCR反应,并将扩增产物进行并将扩增产物进行测序,评价内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性基因痕量突变检测方法的灵敏度、特异性、及准确性等指标。3.收集肠镜活检组织标本50例,检测DNA浓度并将浓度统一调整至100ng/ul,按照优化的wirePCR反应条件分别对临床标本进行KRAS和BRAF基因突变检测,同时结合20倍镜下切片HE染色病理分析结果和直接测序结果,对该方法检测结果进行验证。4.为了适应微滴数字PCR的反应条件和操作流程,试验中对KRAS、BRAF基因的上下游引物进行升级,选用具有更高TM值适应数字PCR的反应体系。相应地荧光探针也做了相应改进,选用带VIC和FAM荧光基团的MGB探针参与反应体系,用构建的内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性数字PCR检测标本中循环肿瘤DNA的KRAS、BRAF基因痕量突变情况。5.在内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性基因痕量突变检测的三重荧光反应体系中,内参LEPTIN基因作为加入的内部竞争性扩增片段,其引物及探针工作浓度与前期实验一致,KRAS、BRAF基因痕量突变的荧光探针中的荧光基团分别采用VIC、HEX、FAM,并两两交叉搭配,结合前期优化好的的引物和屏蔽野生型的锁核酸探针浓度参与反应。结果:1.完成了相关引物对、荧光探针、及锁核酸探针（LNA/DNA嵌合体）的设计与合成。加入反应体系的内部竞争性扩增片段引物对为HQ-329/330终浓度500nM荧光探针终浓度为100nM。确定了检测KRAS基因突变检测的最佳反应体系:引物对终浓度为500n M荧光探针终浓度250nM,针对KRAS基因野生型设计嵌合体探针HQ-144,其终浓度为500nM时能够对50-150 ng/μL的野生型模板能有效屏蔽;检测BRAF基因突变的最佳反应体系:引物对终浓度为500n M荧光探针终浓度250nM,针对其野生型设计嵌合体探针HQ-356,其终浓度为500nM时能够对50-200 ng/μL的野生型模板能有效屏蔽,在加入反应体系的内部竞争性扩增片段和屏蔽野生型锁核酸探针作用下,循环数60 cycles不会出现非特异性扩增的现象。2.在评价内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性基因痕量突变检测方法的灵敏度、特异性试验中,运用优化好的wirePCR反应条件,能够对突变比例只有0.01%的DNA模板有效检出,并有较好重复性,该方法标准曲线相关系数R2为0.996,拟合满意,扩增效率较高。3.用构建好的wirePCR方法对50例疑似结直肠癌肠镜组织进行检测,共检测出18例KRAS基因突变型（36%）和8例BRAF基因突变的标本（16%）,本次检查突变标本均为KRAS或BRAF基因单一突变型,没有同时突变的现象,检测结果和切片HE染色镜下病理分析和直接测序结果相吻合。4.内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性微滴数字PCR中,体系中的引物终浓度均采用900n M,探针终浓度均采用200n M,模板DNA浓度为50 ng/μL。在检测KRAS基因痕量突变反应体系中,内部竞争性片段扩增引物对采用HQ-329/330,FAM荧光探针选用HQ-1433,KRAS基因引物对采用HQ-1595/1596,其VIC荧光探针选用HQ-1438,生成总油滴数1145800个,KRAS突变基因检出效率可以达到0.15%。在检测BRAF基因痕量突变反应体系中,内部竞争性片段荧光探针选用带有VIC基团的HQ-1434,BRAF基因引物对采用HQ-1592/1594,荧光探针选用带有FAM荧光基团HQ-671。生成总油滴数928355个,BRAF突变基因检出效率为0.11%。5.内部竞争性扩增片段参与的野生型抑制性基因痕量突变的三重荧光反应体系中,加入反应体系的内参LEPTIN基因和待测KRAS、BRAF基因引物对与前期实验条件一致,为了在相同CT值有相近的荧光强度,三重荧光反应体系中优化好的探针分别为:内部竞争性扩增片段即内参LEPTIN基因探针带有Texas Red荧光基团的探针HQ-1294探针终浓度为100n M,KRAS基因扩增检测中采用带有VIC荧光基团的MGB探针HQ-1438,BRAF基因采用带有FAM荧光基团的MGB探针HQ-671,荧光探针终浓度均为250n M,为避免反应中的非特异性扩增,退火温度选用60°C,循环数60 cycles。结论:1.构建基于内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性特异性扩增基因痕量突变实时荧光定量检测方法,选出适合结直肠肿瘤中KRAS基因痕量突变检测的引物及探针,并对反应体系的退火温度,循环数等反应条件进行摸索,分别明确了加入内部竞争性扩增片段、KRAS基因检测的引物及探针最佳反应浓度。2.构建内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性的BRAF基因基因痕量突变实时荧光定量检测方法,对引物、荧光探针和锁核酸探针进行一系列优化,使该反应体系可以对标本中的野生型DNA模板进行有效屏蔽,有较强选择性扩增能力,对BRAF基因突变识别灵敏度可以达到0.01%,满足基因痕量突变检测条件。3.将内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性的基因痕量突变检测方法运用于50例临床结直肠肿瘤组织标本的KRAS和BRAF基因痕量突变检测,本批标本中突变率分别为36%和16%,该方法灵敏度特异性高、操作与成本比直接测序法更有优势,可广泛应用于临床基因突变检测,为肿瘤监测及个体化用药提供参考。4.内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性的基因痕量突变检测方法结合微滴数字PCR可以检测循环肿瘤DNA的痕量突变,通过对野生型基因扩增的抑制,可以达到单拷贝数基因突变的绝对定量检测,也可用来评估相关基因痕量突变检测方法的灵敏度。5.内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性的三重荧光基因痕量突变检测结果提示,构建的基因痕量突变检测方法可以运用于多种基因痕量突变的联合检测,试验中闭管操作,在相同反应条件下的检测的数据结果更精确,且大大缩短反应时间,减少实验成本和重复性实验操作,有较强的临床使用价值。
陈睿赜[8]（2013）在《一种利用线粒体DNA鉴别羊肉、猪肉、鸡肉、鸭肉的PCR检测方法》文中研究指明近年来随着市场对羊肉的需求逐渐增加，羊肉的造假现象屡禁不止，不仅扰乱了经济秩序，而且危害人们身体健康。市场上尤以猪肉、鸡肉、鸭肉冒充绵羊肉的现象为多。但是现阶段我国对羊肉的制作加工没有任何标准可循，因此，要想打击假羊肉的制作销售，首先要制定统一的检测方法。本研究的目的是建立一种能够一次性的快速区分出绵羊肉中掺入的猪、鸡、鸭成分的多重PCR检测方法。动物的线粒体DNA具有分子量小、结构保守、热稳定性好、不易降解的结构特点和母系遗传、拷贝数多、进化速度快、不发生重组的遗传特点，对线粒体DNA的序列分析所提供的信息已广泛应用于研究物种之间和物种内部的系统进化分析、动物源性成分鉴定等领域。应用NCBI的在线BLAST程序、DNAMAN等软件分析线粒体DNA的保守区域和多变区域，用Oligo6.0、Primer5.0等设计引物，对所设计的30余对引物逐一进行试验，最终在线粒体DNA上确定了4对引物。每一对引物分别针对一种动物，能够检出4个物种的各自的特异性的线粒体DNA片段，4对引物扩增出来的片段长度有明显的差异，能在电泳检测中区分出来，同时这4对引物退火温度大致相同、对反应体系的要求差别不大（Mg2+浓度对该反应影响不大），实现了一次多重PCR反应能够扩增出4种目的条带。通过全面的试验，排除了4对引物和4种物种之间发生相互干扰的可能性，保证了多重PCR反应的准确性。最终确定了多重PCR方法的体系和条件。本研究建立的检测方法的步骤是：（1）用组织基因组DNA提取试剂盒提取待测样品的基因组DNA。（2）PCR扩增。（3）电泳检测扩增产物，与DNA Marker或标准样品的扩增产物对照确定待测样品成分。为了确认该检测方法的实际应用价值，必须估测其灵敏性、准确性。将基因组DNA稀释1000倍后，用该方法仍能检测出待测肉样。待测肉样的基因组DNA与其他物种的DNA混合后，检测的灵敏性不受影响。用玉米粉和鱼肉模拟实际应用时遇到的植物性或动物性杂质，在提取DNA时加入玉米粉或鱼肉，灵敏性可达到1/100。样品经高温处理后，基因组DNA大量降解，线粒体DNA能较完好的保存下来，但灵敏性仍有所降低。用试剂盒提取DNA时，消化时间越长，得到的DNA越多，检测结果的准确性越好，但耗时越长。最后用多种肉组织样品的混合物的多次重复试验验证了本方法的稳定性和可靠性。本方法已申报专利，国家发明专利申请受理号：201310123666.1
骞宇[9]（2013）在《抗消化淀粉对实验鼠肠道生理环境和胃肠功能性作用的影响》文中研究表明抗消化淀粉（resistant starch, RS）作为低热量淀粉添加到食物中,对机体产生的生理功能与膳食纤维类似：控制体重,预防便秘、结直肠癌等肠道疾病,改善肠道菌群,降低血脂血糖等。但RS具有比膳食纤维更加优质的加工特性,近来被广泛添加到各类食品中。不同种类的RS在机体肠道中的发酵模式是不同的,可能对机体肠道生理环境和胃肠功能性作用的影响也不相同。国内外关于不同种类和含量的RS对机体肠道生理环境和胃肠功能性作用比较的研究成果较少。本研究以不同种类（RS2、RS3、RS4）和含量（5%、10%、15%）的RS为研究对象,并建立大鼠、小鼠的病理模型进行动物实验,研究分析RS对机体肠道生理环境和胃肠功能性作用的影响。为以后进一步研究RS对机体肠道健康作用机制提供实验数据。本文主要研究成果如下：（1）不同种类（RS2、RS3、RS4）和含量（5%、10%、15%）的RS对健康SD大鼠肠道代谢产物和血脂影响的研究结果表明：RS组均能增加大鼠的摄食量,减少体重增加量和饲料效率；均能使大鼠盲肠内容物和粪便湿润变软；降低盲肠内容物和粪便的pH值、游离氨含量；增加盲肠内容物和粪便的SCFAs含量；显着降低血清中TG、TC和LDL-C的浓度。总体效果为：RS组均能改善大鼠肠道生理环境、降低血脂。其中不同种类的RS组间有显着差异,相对于RS2和RS4组,RS3组对改善大鼠肠道生理环境、降低血脂作用最明显；而不同含量的RS组中,15%RS组控制体重、增加盲肠内容物湿重和水分含量的效果较好。10%RS组在增加肠道主要产物SCFAs、减少游离氨含量、降低pH值、增加粪便的湿重及水分含量和血脂方面的作用最佳。（2）不同种类（RS2、RS3、RS4）和含量（5%、10%、15%）的RS对大鼠肠道形态结构的研究结果表明：RS组均能增加大鼠的盲肠总重量、盲肠壁重量和盲肠内容物重量。但不同种类的RS组间有显着差异,相对于RS2和RS4组,RS3组增重效果最明显；而不同含量的RS组中,15%RS组增重效果最明显。改变大鼠小肠、盲肠和结肠的形态结构的效果比较：15%RS>10%RS>5%RS。与对照组相比,5%RS组对大鼠小肠、盲肠、结肠肠道形态结构的影响不明显；10%RS组中,RS3组改变肠道肠粘膜结构的效果比RS2、RS4组更明显；而15%RS组中,RS4组改变肠道肠粘膜结构的效果比RS3组更明显。但是高、中、低含量的RS组都没有引起大鼠小肠、盲肠、结肠形态结构的病理变化。（3）不同种类（RS2、RS3、RS4）和含量（5%、10%、15%）的RS在大肠发酵,通过Nested PCR-DGGE技术对大鼠粪便中微生物区系进行了分析,研究结果表明：RS组具有对照组没有的4种优势菌,分别为产纤维二糖梭菌（Clostridium cellobioparum）、解纤维素醋弧菌（Acetivibrio cellulolyticus）、青春双歧杆菌（Bifidobacterium adolescentis）和乳酸杆菌（Lactobacillus oligofermentans）对照组具有RS组没有的3种优势菌,分别为粪球菌属（Coprococcus catus）、瘤胃球菌属（Ruminococcus gauvreauii）和Blautia schinkii。Allobaculum stercoricanis只出现在RS2组和RS4组,而在对照组和RS3组中未出现。Real-time PCR反应的数据分析表明,相对于对照组,实验期间RS实验组均能促进双歧杆菌和乳酸杆菌的生长增殖,降低肠杆菌的生长增殖。其中不同种类的RS组间有显着差异,相对于RS2和RS4组,各含量组均为RS3组对双歧杆菌、乳酸杆菌的生长增殖的促进效果和对肠杆菌的数量的控制效果更好；而不同含量的RS组中,10%RS组对双歧杆菌和乳酸杆菌的生长增殖的促进效果、对肠杆菌数量的控制效果均优于5%RS组和15%RS组。在整个实验过程中,相对于对照组,不同含量（5%、10%、15%）的RS组对大鼠粪便中肠球菌的数量变化影响不显着。这与RS组大鼠的粪便样品的细菌DGGE水平电泳的显示结果是一致的。（4）比较不同种类（RS2、RS3、RS4）的15%RS与便秘治疗药物秘可舒（bisacodyl）对活性炭诱导小鼠便秘的影响,研究结果表明,在诱导小鼠便秘模型前,预先给小鼠喂食不同种类的15%RS,均能不同程度的缓解、改善便秘小鼠的便秘症状：三种RS组小鼠的第一次排黑便的时间均低于便秘对照组；小肠推进率明显高于便秘对照组；小鼠小肠绒毛的损伤均低于便秘对照组；能增加血清中MTL、Gas、ET、AchE、SP和VIP因子水平,降低SS因子水平。相对于RS2组和RS4组,RS3组最接近正常组和便秘药物bisacodyl治疗组,表现出最好的便秘预防效果。（5）不同种类（RS2、RS3、RS4）的15%RS对盐酸/乙醇诱导大鼠胃损伤影响的研究表明,在诱导大鼠胃损伤模型前,预先给大鼠喂食不同种类的15%RS,均能不同程度的预防、减轻胃损伤大鼠的胃损伤情况：三种RS组大鼠的血清IL-6和TNF-α水平均低于胃损伤对照组；胃损伤程度显着低于胃损伤对照组,而损伤抑制率显着高于胃损伤对照组；均能减少胃液分泌量并增加胃液pH值；均能降低胃组织的炎症基因iNOS, COX-2, TNF-α和IL-1β的mRNA和蛋白质表达。相对于RS2组和RS4组,RS3组对化学诱导大鼠胃损伤的预防作用最佳。本文通过Nested PCR-DGGE和实时荧光定量PCR技术对RS在大肠发酵过程中微生物区系的变化进行了分析,初步推测RS组的4种优势细菌：产纤维二糖梭菌（Clostridium cellobioparum）、解纤维素醋弧菌（Acetivibrio cellulolyticus）、青春双歧杆菌（Bifidobacterium adolescentis）、乳酸杆菌（Lactobacillus oligofermentans）,和对照组中的3种优势细菌：粪球菌属（Coprococcus catus）、瘤胃球菌属（Ruminococcus gauvreauii）及Blautia schinkii共同作用,导致主要代谢产物SCFA的量发生变化,并选择性的促进有益菌群双歧杆菌和乳酸杆菌的生长增殖,控制条件致病菌肠球菌和肠杆菌的数量,而且因为不同种类和量的短链脂肪酸生理作用不同,最终导致其代谢结果的不同；间接影响肠道功能,起到改善肠道环境的作用。而只存在于RS2组和RS4组中的Allobaculum stercoricanis细菌可能是导致RS3组改善肠道环境优于RS2和RS4组的原因。但是,关于RS通过影响肠道中微生物区系的变化而间接影响肠道功能机理的研究还需要深入的试验进行探讨。大鼠肠道主要代谢产物SCFA、游离氨,肠道pH,血脂以及肠道形态结构的变化与肠道中微生物种类和数量变化基本一致。本实验建立小鼠便秘模型和大鼠胃损伤模型,运用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）、酶联免疫法（ELISA法）和蛋白质印迹（Western blot）等分子生物学方法,进一步来研究15%RS对肠胃功能性作用的影响,发现15%RS通过改变血清中MTL、Gas、ET、AchE、SP、VIP、SS胃肠激素的因子水平、降低组织炎症基因iNOS、COX-2、TNF-α和IL-1β的：mRNA和蛋白质表达来调节机体肠胃功能性作用,具有良好的改善肠道生理作用,跟前面的实验结果是一致的。说明RS确实对胃肠道具有保护作用,为进一步研究RS对肠道生理环境和胃肠道功能性作用提供实验依据；也为利用“药食两用”的天然、安全的RS食品资源,开发RS的保健功能性食品,研究通过食疗改善、缓解肠道疾病的不适症状提供实验数据。
岳凌粉[10]（2009）在《布氏田鼠群体遗传结构及婚配制度分析》文中认为布氏田鼠（Lasiopodomys brandtii）是我国典型的群居植食性草原害鼠,主要分布在内蒙古自治区的呼伦贝尔和锡林郭勒的典型草原区。对其种群结构和婚配制度的研究主要是从行为学和生态学的角度开展的,结果众多,结论不统一。目前,很少见到利用分子遗传学方法对布氏田鼠种群结构和婚配制度研究的报道。因此,本研究选取自然条件下生活的布氏田鼠为研究对象,利用高度多态的微卫星遗传标记,分析布氏田鼠群体遗传结构的基本特征及其季节差异,并根据孟德尔遗传理论对胚胎进行父权分析,探讨布氏田鼠的婚配制度类型。具体结果如下:1、微卫星标记的筛选:应用磁珠富集的方法构建了布氏田鼠微卫星富集文库,富集效率为61.25%（49/80）;对其中的25个位点进行引物设计和多态性检测,共获得了10个新的高多态性微卫星位点,为布氏田鼠遗传结构和父权分析奠定了基础。2、布氏田鼠遗传结构的分析:通过基因扫描法对采自不同季节的458个布氏田鼠样本的19个微卫星标记位点进行基因型判定,结果表明:19个微卫星位点均具有高多态性,其中17个位点为高度多态位点（PIC>0.5）,其它2个为中度多态位点,平均多态信息含量为0.710（0.370-0.890）;平均等位基因数和有效等位基因数分别为10.842和4.679;平均期望杂合度和观测杂合度为0.744和0.686。对不同洞群的UPGMA聚类分析表明,当洞群间物理距离较近时,物理距离同遗传距离之间并不存在相关关系;而当物理距离较远时,二者具有正相关关系。分别对春秋季不同个体的聚类结果分析表明,无论春季洞群还是秋季洞群,同一洞群内的大部分个体具有较近的遗传距离而被聚类在一起,亲缘关系较近,结果说明亲缘关系的远近可能是决定洞群组成的主要因素。对不同季节布氏田鼠的遗传结构分析显示,两个群体中共存在57个特有等位基因,（春季群体34个、秋季群体23个）,其中5个（春季3个、秋季2个）具有较高频率（P>0.03）,说明遗传结构在季节间存在差异。3、布氏田鼠婚配制度的遗传分析:利用Cervus3.0软件,对11只孕鼠的93个胚胎进行已知母亲的父权分析,结果显示63%（49/93）的胚胎能够找到生物学上的父亲,而且在布氏田鼠种群中雄性应该存在交配竞争和抑制。例如,在洞群12的4只孕鼠中均可检测到QY1201的胚胎,且该雄鼠对应的胚胎数量最多,我们推测QY1201在洞群12中具有优先交配权。而且,在同一繁殖季节,雌性鼠（82%,9/11）可以和多个雄性个体进行交配,雄性鼠（28%,5/18）也可以同时和多个雌性个体进行交配。结果表明,从遗传学角度分析,布氏田鼠的婚配制度存在混交制类型。
二、稳定剂保护PCR扩增dU-DNA效果研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、稳定剂保护PCR扩增dU-DNA效果研究（论文提纲范文）
（1）甜菜SSR分子标记的开发应用及差异代谢产物分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 甜菜的概述 |
| 1.1.1 甜菜的起源、演化和分布 |
| 1.1.2 甜菜分类的研究现状 |
| 1.1.3 甜菜栽培型变种 |
| 1.1.4 甜菜的应用价值 |
| 1.2 植物SSR标记开发及应用研究进展 |
| 1.2.1 植物SSR标记的开发 |
| 1.2.2 植物SSR分子标记技术的应用 |
| 1.2.3 甜菜SSR标记的开发及应用研究进展 |
| 1.3 植物种质资源遗传多样性分析研究进展 |
| 1.3.1 遗传多样性的研究概念与意义 |
| 1.3.2 遗传多样性分析方法研究 |
| 1.4 代谢组学 |
| 1.4.1 代谢组学研究流程 |
| 1.4.2 代谢组学检测技术 |
| 1.4.3 代谢组学数据处理 |
| 1.4.4 代谢组学数据库 |
| 1.5 甜菜代谢组学研究进展 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 1.7 研究内容和技术路线 |
| 1.7.1 研究内容 |
| 1.7.2 技术路线 |
| 2 基于全基因组重测序技术分析甜菜InDel标记 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 甜菜品种的全基因组重测序分析 |
| 2.2.2 重测序结果与参考基因组的比对分析 |
| 2.2.3 InDel位点的注释分析 |
| 2.2.4 InDel序列长度分布分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 重测序甜菜品种基因组中InDel位点的分布 |
| 2.3.2 甜菜品种基因组中InDel序列长度分布 |
| 2.4 本章小结 |
| 3 甜菜全基因组SSR标记位点分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 基因组SSR位点的搜索 |
| 3.1.2 电子PCR引物设计 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 甜菜SSR基因座的丰度和相对丰度 |
| 3.2.2 甜菜SSR类型和频率特征 |
| 3.2.3 SSR引物的电子PCR(e-PCR) |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 甜菜全基因组SSR的分布 |
| 3.3.2 甜菜全基因组SSR多态性潜力分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 基于RAD-seq测序技术开发甜菜多态性SSR标记 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.3 搜索SNP和SSR位点 |
| 4.1.4 不同样品间测序数据比对开发特异性SSR标记 |
| 4.1.5 SSR引物设计及电子PCR引物多态性预测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 RAD测序并对其结果进行整合 |
| 4.2.2 GO分类 |
| 4.2.3 搜索SNP位点 |
| 4.2.4 群体SNP-InDel统计 |
| 4.2.5 不同样品SSR位点相互比对分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 甜菜种质资源遗传多样性分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 试验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 甜菜基因组DNA浓度与纯度检测 |
| 5.2.2 提取甜菜DNA的琼脂糖凝胶电泳分析结果 |
| 5.2.3 不同提取方法获得的甜菜DNA对PCR扩增产物检测结果的影响 |
| 5.2.4 不同PCR扩增程序扩增效果比较 |
| 5.2.5 SSR引物多态性评价 |
| 5.2.6 甜菜种质资源SSR标记聚类分析 |
| 5.2.7 甜菜种质资源遗传多样性比较 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 不同栽培型甜菜差异代谢物分析 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 试验材料 |
| 6.1.2 试剂、仪器与耗材 |
| 6.2 试验方法 |
| 6.2.1 代谢物提取 |
| 6.2.2 检测分析 |
| 6.2.3 数据评估和分析方法 |
| 6.3 结果与分析 |
| 6.3.1 样本质控分析 |
| 6.3.2 主成分分析结果 |
| 6.3.3 全部样本聚类热图分析 |
| 6.3.4 OPLS-DA分析及置换检验 |
| 6.3.5 差异代谢物的筛选和聚类分析 |
| 6.3.6 不同栽培类型甜菜差异代谢物及KEGG pathway综合比对分析 |
| 6.3.7 根甜菜和叶甜菜样本间差异代谢物及KEGG pathway分析 |
| 6.3.8 糖甜菜和根甜菜样本间差异代谢物及KEGG pathway分析 |
| 6.3.9 糖甜菜和叶甜菜样本间差异代谢物及KEGG pathway分析 |
| 6.3.10 不同栽培型甜菜其他差异代谢产物分析 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 甜菜色素研究进展 |
| 6.4.2 甜菜皂苷及黄酮类成分比较 |
| 6.5 本章小节 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A 简化基因组测序程序 |
| 附录B DNA提取方法 |
| 附录C 甜菜种质资源遗传多样性分析试验材料 |
| 附录D 不同栽培类型甜菜代谢产物总表 |
| 附录E 不同栽培类型甜菜差异代谢物总表 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（2）浆果及其制品DNA条形码分子鉴定方法的建立及应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景和意义 |
| 1.2 浆果真伪研究进展 |
| 1.2.1 浆果概述 |
| 1.2.2 浆果市场的现状 |
| 1.3 浆果的鉴别方法 |
| 1.3.1 感官鉴定技术 |
| 1.3.2 色谱、质谱技术 |
| 1.3.3 光谱技术 |
| 1.3.4 分子生物学技术 |
| 1.4 植物DNA条形码研究进展 |
| 1.4.1 单片段DNA条形码 |
| 1.4.2 多片段组合DNA条形码 |
| 1.5 DNA条形码在植源性食品中的应用 |
| 1.6 研究内容和技术路线 |
| 1.6.1 研究内容 |
| 1.6.2 技术路线 |
| 第二章 浆果基因组DNA提取方法比较 |
| 2.1 材料与设备 |
| 2.1.1 材料和试剂 |
| 2.1.2 仪器和设备 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA提取 |
| 2.2.2 浆果基因组DNA检测 |
| 2.2.3 浆果基因组DNA验证 |
| 2.2.4 PCR扩增试剂盒的选择 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 基因组DNA提取结果 |
| 2.3.2 基因组DNA质量的荧光定量PCR鉴定 |
| 2.3.3 PCR扩增试剂盒的确定 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 浆果DNA条形码鉴别方法的建立 |
| 3.1 材料和设备 |
| 3.1.1 材料与试剂 |
| 3.1.2 仪器与设备 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 DNA提取及测定 |
| 3.2.2 PCR扩增 |
| 3.2.3 浆果掺假模型的建立 |
| 3.2.4 序列测定 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 基因组DNA提取结果 |
| 3.3.2 通用引物的初步确定 |
| 3.3.3 PCR产物测序结果 |
| 3.3.4 掺假模型设计结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 市售样品的DNA条形码物种鉴别 |
| 4.1 材料与设备 |
| 4.1.1 材料与试剂 |
| 4.1.2 仪器与设备 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 样本处理 |
| 4.2.2 DNA提取 |
| 4.2.3 PCR扩增 |
| 4.2.4 PCR产物测序 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 市售样品DNA检测结果 |
| 4.3.2 市售样本电泳检测结果 |
| 4.3.3 市售样本测序比对结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（3）pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌培养条件筛选及稳定性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 前言 |
| 1 重组质粒DNA生产工艺研究进展 |
| 1.1 培养基 |
| 1.2 培养温度 |
| 2 重组质粒遗传稳定性研究进展 |
| 2.1 重组质粒DNA稳定性 |
| 2.2 影响质粒DNA稳定性的因素 |
| 3 三级种子库的建立 |
| 3.1 原始菌种鉴定 |
| 3.1.1 繁殖或培养特性 |
| 3.1.2 鉴别特征 |
| 3.1.3 纯净性 |
| 3.2 基础菌种鉴定 |
| 3.3 生产菌种鉴定 |
| 4 重组菌保存稳定性研究进展 |
| 4.1 保存温度 |
| 4.2 保护剂 |
| 4.3 保存稳定性测定周期规定 |
| 5 质粒提取纯化工艺的研究进展 |
| 5.1 菌体裂解 |
| 5.2 质粒纯化 |
| 5.3 纯化质粒质量标准 |
| 6 本课题的目的和意义 |
| 试验材料与方法 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 试验菌株和细胞 |
| 1.2 主要试剂 |
| 1.3 主要仪器 |
| 1.4 试剂配制 |
| 2 试验方法 |
| 2.1 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌培养条件筛选 |
| 2.1.1 冻存菌活化及菌液制备 |
| 2.1.2 试验分组及菌液培养 |
| 2.1.3 菌体密度检测 |
| 2.1.4 质粒产量检测 |
| 2.1.5 质粒材料成本计算 |
| 2.2 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌遗传稳定性研究 |
| 2.2.1 原始菌种传代 |
| 2.2.2 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌遗传稳定性鉴定 |
| 2.3 三级种子库的建立及鉴定 |
| 2.4 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌保存稳定性研究 |
| 2.4.1 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌的保存方式 |
| 2.4.2 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌的保存温度 |
| 2.4.3 保存稳定性检测指标与方法 |
| 2.5 质粒提取纯化工艺研究 |
| 2.5.1 传统碱裂解法与改良碱裂解法的比较 |
| 2.5.2 CTAB沉淀质粒DNA浓度选择 |
| 2.5.3 选择性释放质粒DNA的盐溶液及其浓度选择 |
| 2.5.4 材料成本计算 |
| 2.6 数据处理 |
| 试验结果 |
| 1 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌培养条件筛选 |
| 1.1 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌生长曲线 |
| 1.2 质粒产量 |
| 1.3 质粒材料成本 |
| 2 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌遗传稳定性 |
| 2.1 革兰氏染色 |
| 2.2 特定糖发酵 |
| 2.3 16SrRNA PCR鉴定 |
| 2.4 纯粹性 |
| 2.5 质粒丢失率 |
| 2.6 质粒双酶切及测序 |
| 2.7 细胞转染与表达效果 |
| 2.8 表达分泌产物活性 |
| 3 三级种子库建立 |
| 4 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌保存稳定性 |
| 4.1 冻干保存样品冻干效果检测结果 |
| 4.1.1 真空度测定 |
| 4.1.2 剩余水分测定 |
| 4.1.3 活菌下降率 |
| 4.2 保存样品纯粹性 |
| 4.3 保存样品活菌数 |
| 4.4 保存样品质粒含量 |
| 4.5 质粒双酶切鉴定 |
| 5 质粒提取纯化工艺研究 |
| 5.1 传统碱裂解法与改良碱裂解法的比较 |
| 5.2 CTAB沉淀质粒DNA浓度选择 |
| 5.3 选择性释放质粒DNA的盐溶液及其浓度选择 |
| 5.4 质粒提取材料成本 |
| 分析与讨论 |
| 1 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌发酵培养条件 |
| 2 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌遗传稳定性 |
| 3 pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌保存稳定性 |
| 4 质粒提取纯化工艺 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| Abstract |
| 致谢 |
（4）长白山不同生境梯度下网柄细胞状黏菌的生物多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 绪论 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 网柄菌及长白山生态环境介绍 |
| 1.1 网柄菌的生活史 |
| 1.2 网柄菌的生物学特性 |
| 1.3 网柄菌的生物多样性 |
| 1.4 网柄菌与免疫 |
| 1.5 网柄菌与疾病 |
| 1.6 网柄菌在农业环保及生活领域的作用 |
| 1.7 网柄菌的分类 |
| 1.8 网柄菌最新研究进展 |
| 1.9 长白山的生态环境 |
| 第二章 目的与意义 |
| 2.1 本研究的目的与意义 |
| 2.2 本研究的创新点 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 网柄菌形态分类学研究 |
| 1.1 材料和方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 第二章 网柄菌分子系统学研究 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 网柄菌生物多样性研究 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录:本研究得到的网柄菌生活史主要阶段图片 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（5）茭白黑粉菌人工接种雄茭技术体系的初步研究（论文提纲范文）
| 摘要 ABSTRACT 第一章 文献综述 |
| 1.1 茭白的研究概况 |
| 1.1.1 茭白的简介 |
| 1.1.2 茭白的生理生化研究 |
| 1.1.3 茭白的分子生物学研究 |
| 1.2 茭白黑粉菌的研究进展 |
| 1.2.1 茭白黑粉菌的简介 |
| 1.2.2 茭白黑粉菌的类型 |
| 1.2.2.1 茭白黑粉菌在生物学特性上的研究 |
| 1.2.2.2 茭白黑粉菌在分子生物学上的研究 |
| 1.3 内生真菌的分离培养与鉴定 |
| 1.3.1 内生真菌的分离培养 |
| 1.3.1.1 分离内生真菌的消毒方法 |
| 1.3.1.2 内生真菌的分离方法 |
| 1.3.1.3 内生真菌的分离培养基 |
| 1.3.2 内生真菌的鉴定方法 |
| 1.3.2.1 内生真菌的传统鉴定方法 |
| 1.3.2.2 内生真菌的分子生物学技术鉴定 |
| 1.3.2.2.1 内生真菌的分子鉴定标准 |
| 1.3.2.2.2 内生真菌的DNA分子标记技术 |
| 1.4 研究目的与意义 第二章 黑粉菌在茭白植株体内形态变化的初步研究 |
| 2.1 材料和方法 |
| 2.1.1 材料 |
| 2.1.1.1 植物材料 |
| 2.1.1.2 生化试剂、耗材与仪器 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.1.2.1 取样方法 |
| 2.1.2.1.1 石蜡切片材料的取样方法 |
| 2.1.2.1.2 徒手切片材料的取样方法 |
| 2.1.2.2 石蜡切片试验方法与处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 脱水时间处理对茭白体内黑粉菌观察的影响 |
| 2.2.2 黑粉菌在茭白生长发育中的变化过程 |
| 2.2.3 黑粉菌在芽萌发过程中的形态和分布情况 |
| 2.2.4 黑粉菌在苗中的形态和分布情况 |
| 2.2.5 黑粉菌在肉质茎膨大初期中的形态和分布情况 |
| 2.2.6 黑粉菌在茭白苗叶鞘中的形态和分布情况 |
| 2.3 讨论 第三章 茭白黑粉菌分离鉴定与培养的初步研究 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.1.1 植物材料 |
| 3.1.1.2 培养基 |
| 3.1.1.3 试验试剂和仪器 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.2.1 消毒方法及茭白组织块大小的选择 |
| 3.1.2.2 黑粉菌的不同分离方法 |
| 3.1.2.3 茭白黑粉菌的鉴定方法 |
| 3.1.2.3.1 茭白黑粉菌的通用引物分子鉴定 |
| 3.1.2.3.2 茭白黑粉菌的特异引物分子鉴定 |
| 3.1.2.4 黑粉菌适宜培养基的研究 |
| 3.1.2.4.1 黑粉菌适宜的液体培养基 |
| 3.1.2.4.2 黑粉菌适宜的固体培养基 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 消毒方法及茭白组织块大小对茭白黑粉菌分离菌率的影响 |
| 3.2.2 不同分离方法对茭白黑粉菌的影响 |
| 3.2.3 茭白黑粉菌的分子鉴定 |
| 3.2.3.1 待检测菌的基因组DNA提取 |
| 3.2.3.2 真菌通用引物PCR扩增待检测菌基因组DNA片段 |
| 3.2.3.3 特异引物PCR扩增待检测菌基因组DNA片段 |
| 3.2.3.4 黑粉菌适宜培养的液体培养基 |
| 3.2.3.5 黑粉菌适宜培养的固体培养基 |
| 3.3 讨论 第四章 雄茭组织培养再生体系及黑粉菌人工接种雄茭的初步研究 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.1.1 植物材料 |
| 4.1.1.2 黑粉菌材料 |
| 4.1.1.3 培养基及生长调节剂的配制 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.2.1 外植体的消毒处理和培养 |
| 4.1.2.2 茭白芽的诱导、增殖和生根培养 |
| 4.1.2.3 再生植株的驯化 |
| 4.1.2.4 牙签嵌入和菌液注射接种 |
| 4.1.3 试验处理 |
| 4.1.3.1 消毒溶液及时间处理 |
| 4.1.3.2 诱导培养基不同激素浓度配方处理 |
| 4.1.3.3 增殖培养基不同激素浓度配方处理 |
| 4.1.3.4 生根培养基不同激素浓度配方处理 |
| 4.1.3.5 雄茭苗接种的黑粉菌处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 消毒溶液及时间对芽污染率和褐化率的影响 |
| 4.2.2 不同激素浓度配方处理对诱导培养基长芽率的影响 |
| 4.2.3 不同激素浓度配方处理对增殖培养基再生芽率的影响 |
| 4.2.4 不同激素浓度配方处理对生根培养基生根率的影响 |
| 4.2.5 再生植株的驯化和移栽 |
| 4.2.6 黑粉菌处理对雄茭苗接种存活率和成功率的影响 |
| 4.2.6.1 形态鉴定黑粉菌处理对雄茭苗接种存活率和成功率的影响 |
| 4.2.6.2 分子鉴定黑粉菌处理对雄茭苗接种成功率的影响 |
| 4.3 讨论 全文结论 参考文献 附录 图版说明 致谢 |
（6）银缕梅SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选（论文提纲范文）
| 1 结果与分析 |
| 1.1 DNA提取质量检测 |
| 1.2 正交设计PCR产物扩增检测 |
| 1.3 循环数对SSR-PCR体系的影响 |
| 1.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳不同上样量电泳 |
| 1.5 SSR-PCR优化体系扩增效果检测及多态性引物筛选 |
| 2 讨论 |
| 3 材料与方法 |
| 3.1 研究材料 |
| 3.2 试剂及仪器 |
| 3.3基因组DNA的提取 |
| 3.4 SSR-PCR反应因素水平确定和正交试验的设计 |
| 3.5 SSR-PCR扩增产物及产物检测 |
| 3.6 循环次数梯度 |
| 3.7 聚丙烯酰胺凝胶电泳上样量的优化 |
| 3.8 SSR-PCR反应体系扩增效果检测及引物筛选 |
（7）基于内部竞争性片段提高基因痕量突变检测方法的构建及临床运用（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 英文摘要 |
| 中文摘要 |
| 第一章 前言 |
| 第二章 基于内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性的KRAS基因痕量突变检测方法构建和条件优化 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 基于内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性的BRAF基因痕量突变检测方法构建及性能评价 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 基于内部竞争性扩增片段提高野生型抑制性基因痕量突变检测的临床应用 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.2 结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 内部竞争性片段提高野生型抑制性特异性扩增在数字PCR和多重荧光反应体系的应用 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 文献综述 结直肠癌抗表皮生长因子受体药物治疗耐药机制 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（8）一种利用线粒体DNA鉴别羊肉、猪肉、鸡肉、鸭肉的PCR检测方法（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 动物线粒体 DNA 的特点和遗传多样性 |
| 1.1.1 动物线粒体 DNA 的结构 |
| 1.1.2 动物线粒体 DNA 的遗传特点 |
| 1.1.3 动物线粒体 DNA 的遗传多样性 |
| 1.2 动物线粒体 DNA 的的提取 |
| 1.2.1 细胞器的游离 |
| 1.2.2 线粒体的分离 |
| 1.2.3 线粒体的鉴定 |
| 1.2.4 传统方法制备线粒体 DNA |
| 1.3 食品和饲料中动物源性成分的检测方法概述 |
| 1.3.1 研究食品及饲料中动物源性成分的检测方法的必要性 |
| 1.3.2 形态观察 |
| 1.3.3 以蛋白质为基础的检测技术 |
| 1.3.4 以 DNA 为基础的检测技术 |
| 2 试验研究 |
| 2.1 试验目的 |
| 2.2 试验材料 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.2.3 主要仪器 |
| 2.2.4 DNA 分析软件 |
| 2.2.5 引物 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 样品制备 |
| 2.3.2 DNA 的提取 |
| 2.3.3 DNA 的鉴定 |
| 2.3.4 特异性引物的设计 |
| 2.3.5 PCR 反应 |
| 2.3.6 PCR 产物的回收 |
| 2.3.7 DNA 序列测定及分析 |
| 2.3.8 电泳检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 引物各自最适反应条件的摸索 |
| 3.1.1 退火温度 |
| 3.1.2 引物浓度 |
| 3.1.3 Mg~(2+)浓度 |
| 3.2 引物特异性试验 |
| 3.3 引物之间的交叉试验 |
| 3.3.1 第一组引物之间的交叉试验 |
| 3.3.2 第二组引物之间的交叉试验 |
| 3.4 模板之间的交叉试验 |
| 3.5 多重 PCR 反应的体系和条件 |
| 3.6 灵敏性测试 |
| 3.6.1 对模板稀释一定倍数后的检验 |
| 3.6.2 稀释后的模板的与其他未稀释的模板对引物的竞争 |
| 3.6.3 对掺有杂质的样品的检验 |
| 3.6.4 对熟肉样品的检验 |
| 3.6.5 不同消化时间处理的样品的检验 |
| 3.7 多重 PCR 检测方法的应用 |
| 3.7.1 采样 |
| 3.7.2 检测 |
| 3.7.2.1 样品制备 |
| 3.7.2.2 DNA 的提取 |
| 3.7.2.3 PCR 反应 |
| 3.7.2.4 电泳检测 |
| 3.7.3 结果 |
| 4 讨论 |
| 结论 |
| 有待进一步开展的工作 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的学术论文 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（9）抗消化淀粉对实验鼠肠道生理环境和胃肠功能性作用的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 文献综述 |
| 1.1 抗消化淀粉 |
| 1.1.1 抗消化淀粉的分类 |
| 1.1.2 抗消化淀粉的结构特点和理化性质 |
| 1.1.3 抗消化淀粉的生理功能 |
| 1.1.4 抗消化淀粉的应用 |
| 1.2 肠道微生态的研究方法 |
| 1.2.1 传统培养技术 |
| 1.2.2 分子生物学技术 |
| 1.3 本论文中使用的动物模型及血清中细胞因子研究的方法 |
| 1.3.1 小鼠便秘模型 |
| 1.3.2 胃损伤大鼠模型 |
| 1.3.3 逆转录-聚合酶链式反应 |
| 1.3.4 蛋白质印迹(WESTERN BLOT)分析 |
| 1.3.5 酶联免疫法(ELISA法) |
| 1.4 本课题研究的目的、意义和主要研究内容 |
| 1.4.1 本课题研究的目的和意义 |
| 1.4.2 本课题的主要研究内容 |
| 1.5 本课题的研究思路 |
| 本章参考文献 |
| 第2章 抗消化淀粉对大鼠肠道代谢产物和血脂影响的研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 大鼠饲料配方 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.1.4 实验仪器与设备 |
| 2.1.5 实验方法 |
| 2.1.6 实验数据测定方法 |
| 2.1.7 实验数据处理方法 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同种类和含量的RS对大鼠摄食量、体重增加量和饲料效率的影响 |
| 2.2.2 不同种类和含量的RS对大鼠盲肠内容物或粪便pH的影响 |
| 2.2.3 不同种类和含量的RS对大鼠盲肠内容物或粪便水分含量的影响 |
| 3.2.4 不同种类和含量的RS对大鼠盲肠内容物或粪便中游离氨含量的影响 |
| 2.2.5 不同种类和含量的RS对大鼠盲肠内容物或粪便的短链脂肪酸含量的影响 |
| 2.2.6 不同种类和含量的RS对大鼠血脂的影响 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 本章参考文献 |
| 第3章 抗消化淀粉对大鼠肠道结构的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验样品的采集 |
| 3.1.2 实验试剂 |
| 3.1.3 主要仪器与设备 |
| 3.1.4 实验方法 |
| 3.1.5 实验数据测定方法 |
| 3.1.6 实验数据处理方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 不同种类和含量的RS对大鼠盲肠总重量、盲肠壁重量和盲肠内容物重量的影响 |
| 3.2.2 不同种类和含量的RS对大鼠小肠形态结构的影响 |
| 3.2.3 不同种类和含量的RS对大鼠盲肠形态结构的影响 |
| 3.2.4 不同种类和含量的RS对大鼠结肠形态结构的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 本章参考文献 |
| 第4章 抗消化淀粉对大鼠肠道微生物区系变化的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验样品采集 |
| 4.1.2 实验试剂 |
| 4.1.3 实验仪器与设备 |
| 4.1.4 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 不同种类和含量的RS对大鼠粪便中微生物区系影响的PCR-DGGE分析 |
| 4.2.2 不同种类和含量的RS对大鼠粪便中微生物区系聚类分析结果 |
| 4.2.3 不同种类和含量的RS对大鼠粪便样本中双歧杆菌、乳酸杆菌、肠球菌及肠杆菌数量变化的定量分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 本章参考文献 |
| 第5章 抗消化淀粉对活性炭诱导小鼠便秘影响的研究 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.1.2 实验试剂 |
| 5.1.3 主要仪器与设备 |
| 5.1.4 实验方法 |
| 5.1.5 实验数据处理方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 不同种类的RS对活性炭诱导便秘小鼠排出首粒黑便的时间的影响 |
| 5.2.2 不同种类的RS对活性炭诱导便秘小鼠的小肠推进率的影响 |
| 5.2.3 不同种类的RS对活性炭诱导便秘小鼠的小肠组织形态学的影响 |
| 5.2.4 不同种类的RS对活性炭诱导便秘小鼠的血清因子水平的影响 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 本章参考文献 |
| 第6章 抗消化淀粉对盐酸/乙醇诱导大鼠胃损伤影响的试验 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 大鼠饲料配方 |
| 6.1.3 实验试剂 |
| 6.1.4 实验仪器与设备 |
| 6.1.5 实验方法 |
| 6.1.6 实验数据处理方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 不同种类的RS对胃损伤大鼠血清细胞因子IL-6和TNF-α水平的影响 |
| 6.2.2 不同种类的RS对胃损伤大鼠胃损伤水平的影响 |
| 6.2.3 不同种类的RS对胃损伤大鼠的胃液量和胃液pH值的影响 |
| 6.2.4 不同种类的RS对胃损伤大鼠的胃组织炎症基因的mRNA和蛋白质表达的影响 |
| 6.3 讨论 |
| 6.4 本章小结 |
| 本章参考文献 |
| 第7章 全文结论与展望 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 研究展望 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间的主要科研成果 |
（10）布氏田鼠群体遗传结构及婚配制度分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 布氏田鼠 |
| 1.1.1 布氏田鼠的分布及危害 |
| 1.1.2 布氏田鼠的种群动态和社群结构 |
| 1.1.3 布氏田鼠的婚配制度(Mating system) |
| 1.2 分子标记(MOLECULAR MARKER) |
| 1.3 微卫星标记（MICROSATELLITE） |
| 1.3.1 微卫星标记概述 |
| 1.3.2 微卫星突变机制及其影响因素 |
| 1.3.3 微卫星标记的特点 |
| 1.3.4 微卫星荧光标记的方法 |
| 1.3.5 微卫星标记的筛选 |
| 1.3.6 微卫星标记的应用 |
| 1.4 研究的目的和技术路线 |
| 第二章 微卫星标记的筛选 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 实验动物 |
| 2.1.2 菌株与克隆载体 |
| 2.1.3 培养基的配置 |
| 2.1.4 溶液的配置 |
| 2.1.5 药品和酶 |
| 2.1.6 主要仪器 |
| 2.1.7 分析软件 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 基因组DNA 的提取 |
| 2.2.2 基因组DNA 双酶切的检测及纯化 |
| 2.2.3 接头（adaptors）的处理 |
| 2.2.4 300-10006p 纯化产物与接头的连接、检测及纯化 |
| 2.2.5 链霉亲和素捕获 |
| 2.2.6 双链DNA 目的片段的获得及纯化 |
| 2.2.7 文库构建 |
| 2.2.8 阳性克隆的筛选及测序 |
| 2.2.9 引物设计以及多态性微卫星标记位点的初步筛选 |
| 2.2.10 富集微卫星文库构建过程 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 布氏田鼠基因组的提取 |
| 2.3.2 酶切片段的回收 |
| 2.3.3 酶切产物与接头连接的效果检测 |
| 2.3.4 链霉亲和素的捕捉 |
| 2.3.5 测序 |
| 2.3.6 引物设计和多态性微卫星位点的初步筛选 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 基因组酶切后的片段回收范围 |
| 2.4.2 链霉亲和素的捕捉 |
| 2.4.3 测序 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 布氏田鼠群体遗传结构的微卫星分析 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 样本获得 |
| 3.1.2 溶液配置 |
| 3.1.3 试剂和酶 |
| 3.1.4 主要仪器 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 DNA 的提取 |
| 3.2.2 PCR 扩增条件的优化 |
| 3.2.3 引物的合成及分组 |
| 3.2.4 PCR 扩增 |
| 3.2.5 样本基因分型 |
| 3.2.6 布氏田鼠的遗传结构 |
| 3.3 结果和分析 |
| 3.3.1 基因组DNA 的提取 |
| 3.3.2 引物的组合及 PCR 扩增条件 |
| 3.3.3 PCR 扩增 |
| 3.3.4 基因分型 |
| 3.3.5 布氏田鼠群体遗传结构特征分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 基因扫描（Genescan） |
| 3.4.2 Genescan 常见问题的讨论 |
| 3.4.3 遗传结构 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 布氏田鼠婚配制度的遗传研究 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 样本 |
| 4.1.2 溶液配置 |
| 4.1.3 主要仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 基因分型 |
| 4.2.2 父权分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 母体、胚胎以及候选父亲 |
| 4.3.2 父权分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 微卫星 DNA 在分析亲缘关系中的局限性 |
| 4.4.2 父权分析的影响因素 |
| 4.4.3 布氏田鼠的婚配制度 |
| 4.4.4 婚配制度可变性 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 微卫星标记的筛选 |
| 5.2 布氏田鼠遗传结构分析 |
| 5.3 布氏田鼠婚配制度的遗传研究 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
四、稳定剂保护PCR扩增dU-DNA效果研究（论文参考文献）
- [1]甜菜SSR分子标记的开发应用及差异代谢产物分析[D]. 刘乃新. 东北林业大学, 2020
- [2]浆果及其制品DNA条形码分子鉴定方法的建立及应用[D]. 袁雨琼. 河北农业大学, 2020(01)
- [3]pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP重组大肠杆菌培养条件筛选及稳定性研究[D]. 郝思源. 山西农业大学, 2019(07)
- [4]长白山不同生境梯度下网柄细胞状黏菌的生物多样性研究[D]. 邹月. 吉林农业大学, 2019(03)
- [5]茭白黑粉菌人工接种雄茭技术体系的初步研究[D]. 耿园. 扬州大学, 2018(12)
- [6]银缕梅SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选[J]. 张丽芳,方炎明. 分子植物育种, 2018(16)
- [7]基于内部竞争性片段提高基因痕量突变检测方法的构建及临床运用[D]. 彭佳. 第三军医大学, 2016(12)
- [8]一种利用线粒体DNA鉴别羊肉、猪肉、鸡肉、鸭肉的PCR检测方法[D]. 陈睿赜. 河北农业大学, 2013(03)
- [9]抗消化淀粉对实验鼠肠道生理环境和胃肠功能性作用的影响[D]. 骞宇. 西南大学, 2013(02)
- [10]布氏田鼠群体遗传结构及婚配制度分析[D]. 岳凌粉. 中国农业科学院, 2009(10)